Өнімдер

Өсімдік/жануар De Novo геномының реттілігі

Де НовоСеквенирлеу дегеніміз - анықтамалық геном болмаған кезде секвенирлеу технологияларын қолдана отырып, түрдің тұтас геномын құру. Ұзақ оқуларды қамтитын үшінші буын секвенирлеуінің енгізілуі және кеңінен қолданылуы оқулар арасындағы қабаттасуды арттыру арқылы геномның жиналуын айтарлықтай жақсартты. Бұл жақсарту әсіресе жоғары гетерозиготалылықты, қайталанатын аймақтардың жоғары қатынасын, полиплоидтарды және қайталанатын элементтері бар, қалыптан тыс GC мазмұны бар немесе әдетте тек қысқа оқу секвенирлеуін қолдана отырып нашар жиналатын жоғары күрделіліктегі геномдармен жұмыс істегенде өте маңызды.

Біздің бір терезелі шешіміміз жоғары сапалы жаңадан жиналған геномды қамтамасыз ететін интеграцияланған секвенирлеу қызметтерін және биоинформатикалық талдауды ұсынады. Illumina компаниясымен жүргізілген алғашқы геномдық зерттеу геномның өлшемі мен күрделілігін бағалауға мүмкіндік береді және бұл ақпарат PacBio HiFi көмегімен ұзақ оқу секвенирлеуінің келесі қадамын бағыттау үшін пайдаланылады, содан кейінжаңаданконтигтерді жинау. HiC жинағын кейіннен пайдалану контигтерді геномға бекітуге, хромосома деңгейіндегі жинақты алуға мүмкіндік береді. Соңында, геном генді болжау және экспрессияланған гендерді секвенирлеу арқылы аннотацияланады, қысқа және ұзақ оқулары бар транскриптомдарға жүгінеді.

Бізбен хабарласыңы

Қызмет көрсету мәліметтері

Биоинформатика

Демо нәтижелері

Таңдаулы басылымдар

Қызмет көрсету мүмкіндіктері

● Бірнеше секвенирлеу және биоақпараттық қызметтерді бір терезелі шешімге біріктіру:

Геном өлшемін бағалау және кейінгі қадамдарды бағыттау үшін Illumina компаниясымен геномды зерттеу;

Ұзақ оқу тізбегіжаңадантүйіспелерді құрастыру;

Хромосомаларды бекіту үшін Hi-C секвенирлеу;

гендерді аннотациялау үшін мРНҚ секвенирлеуі;

Жинақты валидациялау.

● Қызығушылық тудыратын түрлер үшін жаңа геномдарды құруға немесе бар анықтамалық геномдарды жақсартуға қолайлы қызмет.

Қызмет көрсетудің артықшылықтары

1 Жаңа геномды құрастыруда секвенирлеу және биоинформатиканы әзірлеу

Секвенирлеу платформалары мен биоинформатиканы әзірлеужаңадангеномның жиналуы

(Амарасингхе С.Л. және т.б.,Геном биологиясы, 2020)

●Кең ауқымды сараптама және жарияланым жазбасыBMKGene диплоидты геномдар мен полиплоидты және аллополиплоидты түрлердің өте күрделі геномдарын қоса алғанда, әртүрлі түрлердің жоғары сапалы геномын құрастыруда үлкен тәжірибе жинақтады. 2018 жылдан бастап біз ...-тан астам үлес қостық.300 жоғары әсерлі басылымдар, оның ішінде 20-дан астамы Nature Genetics журналында жарияланған..

● Бір терезелі шешімБіздің интеграцияланған тәсіліміз бірнеше секвенирлеу технологияларын және биоинформатикалық талдауларды біртұтас жұмыс процесіне біріктіреді, бұл жоғары сапалы жиналған геномды қамтамасыз етеді.

●Сіздің қажеттіліктеріңізге бейімделгенБіздің қызмет көрсету жұмыс процесіміз әртүрлі ерекшеліктері мен нақты зерттеу қажеттіліктері бар геномдарға бейімделуге мүмкіндік беретін теңшелетін болып табылады. Бұған алып геномдарды, полиплоидты геномдарды, жоғары гетерозиготалы геномдарды және т.б. орналастыру кіреді.

●Жоғары білікті биоинформатика және зертханалық топкүрделі геном жинақтарының эксперименттік және биоинформатикалық саласында үлкен тәжірибесі бар және бірқатар патенттер мен бағдарламалық жасақтамаға авторлық құқықтарға ие.

●Сатудан кейінгі қолдау:Біздің міндеттемеміз жобаны аяқтаудан тыс, сатудан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімін қамтиды. Осы уақыт ішінде біз жобаны бақылау, ақаулықтарды жою бойынша көмек және нәтижелерге қатысты кез келген сұрақтарға жауап беру үшін сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.

Қызмет көрсету сипаттамалары

Геномдық зерттеу

Геном жиынтығы

Хромосома деңгейінде

Геном аннотациясы

50X Illumina NovaSeq PE150

30X PacBio CCS HiFi оқулары

100X Hi-C

RNA-seq Illumina PE150 10 Gb

(міндетті емес)

Толық ұзындықтағы РНҚ-seq PacBio 40 Гб немесе

Nanopore 12 Гб

Қызмет көрсету талаптары

Геномды зерттеу, геномды жинау және жоғары сапалы жинау үшін:

Тін немесе экстракцияланған нуклеин қышқылдары	Геномдық сауалнама	PacBio көмегімен геномды жинау	Hi-C құрастырмасы
Жануарлардың ішкі мүшелері	0,5-1 г	≥ 3,5 г	≥2 г
Жануар бұлшықеті	0,5-1 г	≥ 5 г	≥2 г
Сүтқоректілердің қаны	1,5 мл	≥ 5 мл	≥2 мл
Құс еті/балық қаны	1,5 мл	≥ 0,5 мл	≥2 мл
Өсімдік - жаңа жапырақ	1-2 г	≥ 5 г	≥ 4 г
Өсірілген жасушалар		≥ 1x10⁸	≥ 1x10⁷
Жәндік	0,5-1 г	≥ 3 г	≥ 2 г
Алынған ДНҚ	Концентрациясы: ≥1 нг/мкл Мөлшері ≥ 30 нг Шектеулі немесе ыдырауы немесе ластануы жоқ	Концентрациясы: ≥ 50 нг/мкл Мөлшері: 10 мкг/ағынды жасуша/үлгі OD260/280=1,7-2,2 OD260/230=1,8-2,5 Шектеулі немесе ыдырауы немесе ластануы жоқ	-

Транскриптомикамен геномды аннотациялау үшін:

Тін немесе экстракцияланған нуклеин қышқылдары	Иллюминаның транскрипциясы	PacBio транскриптомы	Нанопоралық транскриптом
Өсімдік - тамыр/сабағы/жапырағы	450 мг	600 мг
Өсімдік – Жапырақ/Тұқым	300 мг	300 мг
Өсімдік - Жеміс	1,2 г	1,2 г
Жануарлардың жүрегі/ішек-қарыны	300 мг	300 мг
Жануарлардың ішкі мүшелері/миы	240 мг	240 мг
Жануар бұлшықеті	450 мг	450 мг
Жануарлардың сүйектері/жүні/терісі	1 г	1 г
Буынаяқты - жәндік	6	6
Буынаяқтылар - Шаянтәрізділер	300 мг	300 мг
Тұтас қан	1 түтік	1 түтік
Алынған РНҚ	Концентрациясы: ≥ 20 нг/мкл Мөлшері ≥ 0,3 мкг OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1	Концентрация: ≥ 100 нг/ мкл Мөлшері ≥ 0,75 мкг OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1	Концентрация: ≥ 100 нг/ мкл Мөлшері ≥ 0,75 мкг OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 RIN≥ 7.5 5≥28S/18S≥1

Ұсынылған үлгі жеткізу

Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі (қалайы фольга ұсынылмайды)

(Үлгілердің көпшілігі үшін этанолда сақтамауды ұсынамыз.)

Үлгілерді таңбалау: Үлгілер анық таңбаланған және ұсынылған үлгі ақпарат нысанымен бірдей болуы керек.

Жеткізу: Құрғақ мұз: Үлгілерді алдымен пакеттерге салып, құрғақ мұзға көму керек.

Жұмыс процесі

Қызмет көрсету жұмыс ағыны

Тәжірибелік дизайн

Үлгіні жеткізу

ДНҚ экстракциясы

Кітапхана құрылысы

Реттік реттеу

Деректерді талдау

Сатудан кейінгі қызметтер

Алдыңғы: Адамның тұтас экзомын секвенирлеу

Келесі: Hi-C негізіндегі геном жинағы

Толық биоинформатикалық талдау, 4 кезеңге бөлінген:

1) NGS көмегімен k-mer талдауына негізделген геномдық зерттеу:

Геном өлшемін бағалау

Гетерозиготалықты бағалау

Қайталанатын аймақтарды бағалау

2) PacBio HiFi көмегімен геномды құрастыру:

Жаңаданқұрастыру

Ассемблерлік бағалау: геномның толықтығын BUSCO талдауын және NGS және PacBio HiFi оқуларының артқы жағын картаға түсіруді қоса алғанда

3) Hi-C құрастырмасы:

Hi-C кітапханасының сапаны бақылауы: жарамды Hi-C өзара әрекеттесулерін бағалау

Hi-C құрастыруы: топтардағы контигтерді кластерлеу, содан кейін әр топ ішінде контигтік ретке келтіру және контигтік бағдарды тағайындау

Жоғары сапалы бағалау

4) Геном аннотациясы:

Кодталмаған РНҚ болжамы

Қайталанатын тізбектерді анықтау (транспозондар және тандем қайталаулары)

Гендерді болжау

§Жаңадан: ab initio алгоритмдері

§ Гомологияға негізделген

§ Транскриптомға негізделген, ұзын және қысқа оқулармен: оқуларжаңаданжоба геномына жиналған немесе картаға түсірілген

§ Бірнеше дерекқорлармен болжамды гендердің аннотациясы

1) Геномдық зерттеу - k-mer талдауы

2) Геном жинағы

2) Геномды жинау – PacBio HiFi жоба жинағына картаны оқиды

2) Hi-C құрастырмасы – Hi-C жарамды өзара әрекеттесу жұптарын бағалау

3) Жоғары сапалы құрастырудан кейінгі бағалау

4) Геном аннотациясы – болжамды гендердің интеграциясы

4) Геном аннотациясы – болжамды ген аннотациясы

BMKGene компаниясының de novo геномын құрастыру қызметтерінің арқасында қол жеткізілген жетістіктерді басылымдардың арнайы жинағы арқылы зерттеңіз:

Li, C. және т.б. (2021) «Геномдық тізбектер жаһандық таралу жолдарын ашады және теңіз жылқыларының эволюциясындағы конвергентті генетикалық бейімделулерді ұсынады», Nature Communications, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.

Li, Y. және т.б. (2023) 'Гайалда (Bos frontalis) геном деңгейіндегі экспрессияның өзгеруіне, қоршаған ортаға бейімделуіне және түрленуіне үлкен көлемді хромосомалық өзгерістер әкеледі', Molecular Biology and Evolution, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.

Tian, T. және т.б. (2023) «Құрғақшылыққа төзімді жүгері гермоплазмасының геномдық жинағы және генетикалық диссекциясы», Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), 496–506 беттер. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.

Zhang, F. және т.б. (2023) 'Solanaceae тұқымдасындағы екі геномды талдау арқылы тропан алкалоидтарының биосинтезінің эволюциясын анықтау', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), 1–18 беттер. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.

Қиын жағдайларды зерттеу:

Теломерден теломерге дейінгі құрастыру:Фу, А. және т.б. (2023) «Ащы қауынның (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) теломер-теломер геномының жиынтығы жемістің дамуын, құрамын және пісетін генетикалық сипаттамаларын анықтайды», Бағбандық зерттеулері, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.

Гаплотип құрастыруы:Ху, В. және т.б. (2021) «Аллельмен анықталған геном кассава эволюциясы кезінде биаллельді дифференциацияны анықтайды», Molecular Plant, 14(6), 851–854 беттер. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.

Алып геном жиынтығы:Yuan, J. және т.б. (2022) «Paeonia ostii ағаш пионының гига-хромосомалары мен гига-геномының геномдық негізі», Nature Communications 2022 13:1, 13(1), 1–16 беттер. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.

Полиплоидты геномның жиналуы:Zhang, Q. және т.б. (2022) «Saccharum spontaneum автополиплоидты қант қамысының хромосомаларының соңғы кездегі редукциясы туралы геномдық түсініктер», Nature Genetics 2022 54:6, 54(6), 885–896 беттер. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.