Өсімдік/жануар De Novo геномының реттілігі
Қызметтің артықшылықтары
секвенирлеу платформалары мен биоинформатиканың дамуыжаңадангеномдық жинақ
(Амарасингхе SL және т.б.,Геномдық биология, 2020)
● Жаңа геномдарды құру және қызығушылық тудыратын түрлер үшін бар анықтамалық геномдарды жақсарту.
● Құрастырудағы жоғары дәлдік, үздіксіздік және толықтық
● бірізділік полиморфизмі, QTL, гендік редакциялау, селекция және т.б. бойынша зерттеулер үшін іргелі ресурсты құру.
● Үшінші буын секвенирлеу платформаларының толық спектрімен жабдықталған: геномды жинақтау үшін бір терезе шешімі
● Түрлі ерекшеліктері бар әртүрлі геномдарды орындайтын икемді реттілік және жинақтау стратегиялары
● Күрделі геномдық жиындарда, соның ішінде полиплоидтар, алып геномдар және т.б. бойынша үлкен тәжірибесі бар жоғары білікті биоинформатиктер тобы.
● 900-ден астам жинақталған жарияланған импакт-факторы бар 100-ден астам сәтті жағдай
● Хромосома деңгейіндегі геномды жинақтау үшін 3 айға дейін жылдам айналу уақыты.
● Эксперименттік және биоинформатикада бірқатар патенттер мен бағдарламалық жасақтаманың авторлық құқықтарымен берік техникалық қолдау.
Қызмет сипаттамалары
|
Мазмұны
|
Платформа
|
Оқу ұзақтығы
|
Қамту
|
| Геномды зерттеу
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Геномды реттілік
| PacBio Revio
| 15 кб HiFi оқулары
| ≥ 30X
|
| Сәлем С
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Жұмыс барысы
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
Үлгіге қойылатын талаптар:
| Түрлер | Мата | PacBio үшін | Nanopore үшін |
| Жануарлар | Висцеральды органдар (бауыр, көкбауыр, т. | ≥ 1,0 г | ≥ 3,5 г |
| Бұлшық ет | ≥ 1,5 г | ≥ 5,0 г | |
| Сүтқоректілердің қаны | ≥ 1,5 мл | ≥ 5,0 мл | |
| Балықтардың немесе құстардың қаны | ≥ 0,2 мл | ≥ 0,5 мл | |
| Өсімдіктер | Жаңа піскен жапырақтар | ≥ 1,5 г | ≥ 5,0 г |
| Жапырақ немесе сабақ | ≥ 3,5 г | ≥ 10,0 г | |
| Тамырлар немесе тұқымдар | ≥ 7,0 г | ≥ 20,0 г | |
| Жасушалар | Жасуша мәдениеті | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі (қаңылтыр фольга ұсынылмайды)
Үлгілердің көпшілігі үшін этанолда сақтамауды ұсынамыз.
Үлгілерді таңбалау: Үлгілер нақты таңбалануы және ұсынылған үлгі ақпаратының пішінімен бірдей болуы керек.
Жеткізу: Құрғақ мұз: Үлгілерді алдымен қаптарға салып, құрғақ мұзға көму керек.
Қызметтің жұмыс ағыны
Эксперимент дизайны
Үлгіні жеткізу
ДНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
*Мұнда көрсетілген демонстрациялық нәтижелердің барлығы Biomarker Technologies компаниясымен жарияланған геномдардан алынған
1.Хромосома деңгейіндегі геномдық жинақтағы циркоздарG. rotundifoliumNanopore секвенирлеу платформасы арқылы
Ван М және т.б.Молекулалық биология және эволюция, 2021
2. Вейнинг қара бидай геномының жинақталуы және аннотациясының статистикасы
Ли Г және т.б.,Табиғат генетикасы, 2021
3. Гендік болжамSechium eduleүш болжау әдісінен алынған геном:De novoболжау, Гомология негізіндегі болжау және РНҚ-кезегі деректеріне негізделген болжау
Фу А және т.б.Бау-бақша шаруашылығын зерттеу, 2021
4. Үш мақта геномында бұзылмаған ұзын терминалды қайталауларды анықтау
Ван М және т.б.Молекулалық биология және эволюция, 2021
5.Hi-C жылу картасыC. acuminataжалпы геномдық өзара әрекеттесулерді көрсететін геном.Hi-C әрекеттесулерінің қарқындылығы контигтер арасындағы сызықтық қашықтыққа пропорционал.Бұл жылу картасындағы таза түзу сызық хромосомалардағы контигтердің жоғары дәлдікпен бекітілгенін көрсетеді.(Контигенді бекіту коэффициенті: 96,03%)
канг М және т.б.,Табиғат байланыстары,2021
BMK ісі
Жоғары сапалы геномдық жинақ қара бидайдың геномдық сипаттамаларын және агрономиялық маңызды гендерді көрсетеді
Жарияланды: Табиғат генетикасы, 2021
Тізбектеу стратегиясы:
Геном жинағы: 20 кб кітапханасы бар PacBio CLR режимі (497 Гб, шамамен 63×)
Кезеңді түзету: Illumina платформасында 270 бит ДНҚ кітапханасы (430 Гб, шамамен 54×) бар NGS
Контигтерді бекіту: Illumina платформасында Hi-C кітапханасы (560 Гб, шамамен 71×)
Оптикалық карта: (779,55 Гб, шамамен 99×) Bionano Irys сайтында
Негізгі нәтижелер
1. Вейнинг қара бидай геномының жиыны 7,74 Гб жалпы геном өлшемімен жарияланды (ағын цитометриясы бойынша болжанған геном мөлшерінің 98,74%).Осы жинақтың N50 тірегі 1,04 Гб жетті.Контигтердің 93,67% 7 псевдохромосомаға сәтті бекітілді.Бұл жиын сілтеме картасымен, LAI және BUSCO арқылы бағаланды, нәтижесінде барлық бағалауларда жоғары ұпайлар алынды.
2. Осы геном негізінде салыстырмалы геномика, генетикалық байланыс картасы, транскриптомикалық зерттеулер бойынша қосымша зерттеулер жүргізілді.Бірқатар белгілерге қатысты геномдық ерекшеліктер анықталды, соның ішінде геномдық гендік қайталанулар және олардың крахмал биосинтезі гендеріне әсері;Күрделі проламиндік локустардың физикалық ұйымы, қара бидайдағы бастапқы белгіге негізделген ген экспрессиясы және болжамды үйшілдірумен байланысты хромосомалық аймақтар мен локустар.
 Вайнинг қара бидай геномының геномдық ерекшеліктері туралы циркос диаграммасы |  Қара бидай геномының эволюциялық және хромосомалық синтениздік талдаулары |
Ли, Г., Ван, Л., Ян, Дж.т.б.Жоғары сапалы геномдық жинақ қара бидайдың геномдық сипаттамаларын және агрономиялық маңызды гендерді көрсетеді.Нат Генет 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
