Жануарлардан Ново геноменті
De novoТиептілік анықтамалық геном болмаған кезде бір реттілікті технология көмегімен түрлердің жалпы геномының құрылысын білдіреді. Үшінші буын тізімдемесін енгізу және кеңінен таралу, оқылымның ұзағырақ болуы, геномдық жиналыстар геномдық жиналыстарды едәуір жақсартып, оқылымның аралығын арттыру арқылы едәуір жақсартты. Бұл жақсарту, әсіресе, жоғары гетерозиционерді, мысалы, қайталанатын аймақтардың, қайталанатын аймақтардың, полиглолоидтардың, полиглолоидтардың, полиглолоидтардың және аймақтардың жоғары арақатынасын, әмбебап элементтері немесе жоғары компрекциясы бар аймақтардың жоғары арақатынасы жалғыз.
Біздің бір терезе шешімі жоғары сапалы De Novo жиналған геномын жеткізетін біріктірілген реттілік қызметтері мен биоинформациялық талдауды қамтамасыз етеді. Иллюминамен алғашқы Genome сауалнамасы геномдық мөлшер мен күрделілікке баға береді және бұл ақпарат Pacbio Hifi-мен ұзақ оқу реттегішінің келесі сатысын басқару үшін қолданылады, содан кейінde novoКонсолютті құрастыру. ХИК құрастыруды кейіннен пайдалану геномға Chromosome деңгейлі жинақ алуға мүмкіндік береді. Соңында, геном гендік болжам бойынша және қысқа және ұзақ оқылыммен транскриптомдыққа жүгінетін геномдық болжам бойынша аннотацияланады.
Қызмет көрсету ерекшеліктері
● Бір терезе шешімі бойынша бірнеше рет және биоинформатикалық қызметтерді біріктіру:
Геномды Genome-мен Genome мөлшерін бағалау және келесі қадамдарды бағалау;
Ұзақ оқуde novoКонгрессті құрастыру;
Хромосоманы байыту үшін сәлемдесу;
гендер туралы аннотация жасауды реттейтін мРНА;
Ассамблеяны тексеру.
● Қызмет роман геномдарын салуға немесе қызығушылық түрлеріне қатысты қолданыстағы анықтамалық геномдарды жақсартуға жарамды.
Қызметтің артықшылықтары
Реттеу платформалары мен биоинформатиканы дамытуde novoГеномды жиналыс
(Amarasinghe sl және al.,Геном биологиясы, 2020)
●Экспорттық сараптама және жариялау: BMKGENE әр түрлі түрлерінің, соның ішінде диплоид геномаларын және полиплоидты және аллоплоидоидты түрлердің жоғары сапалы геномдарында жинақталған. 2018 жылдан бастап біз бұдан былай үлес қостық300 жоғары әсер етуші жарияланымдар, олардың 20-данасы табиғат генетикаларында жарияланады.
● Бір терезе шешімі: Біздің интеграцияланған тәсіліміз бірнеше реттілік технологиялары мен биоинформатикалық талдаулармен бірге жоғары сапалы жиналған геномды жеткізе отырып, бірлескен жұмыс процесіне біріктіреді.
●Сіздің қажеттіліктеріңізге бейімделген: Біздің қызметіміздің жұмыс процесі теңшелетін, геномдар үшін әр түрлі ерекшеліктері мен нақты зерттеу қажеттіліктері бар бейімделуге мүмкіндік беріледі. Бұған алып геномдар, поликлоидты геномдар, жоғары гетоцигозды геномдар, және басқалар кіреді.
●Жоғары білікті биоинформатика және зертханалық команда: Тәжірибелік және биоинформатикалардағы керемет тәжірибемен де, геном жиналыстарының және бірнеше патенттер мен бағдарламалардың авторлық құқықтарының алдындағы үлкен тәжірибемен үлкен тәжірибемен үлкен тәжірибемен үлкен тәжірибеңіз бар.
●Сатудан кейінгі қолдау:Біздің міндеттемелеріміз жобаны аяқтағаннан кейін 3 айдан кейінгі қызмет көрсету мерзімін ұзартады. Осы уақыт ішінде біз нәтижелерге қатысты кез-келген сұраныстарды шешуге бағытталған, ақаулықтарды жою, ақаулықтарды жою, & A сессияларын ұсынамыз.
Қызмет көрсету ерекшеліктері
| Геномды зерттеу | Геномды жиналыс | Хромосома деңгейі | Геномды аннотация |
| 50x Иллюминина Новоек ПЭ150
| 30x pacbio ccs hifi оқылады | 100x Hi-C | RNA-SEQ Иллюминина PE150 10 ГБ + (міндетті емес) Толық ұзындығы РНҚ-сеп Пакбио 40 ГБ немесе Nanopore 12 gb |
Қызметке қойылатын талаптар
Геномды зерттеу, геномдық құрастыру және Hi-C құрастыруы үшін:
| Тіндер немесе шығарылған нуклеин қышқылдары | Геномды зерттеу | Пакбиомен бірге геном құрастыру | HI-C құрастыру |
| Жануарларға қатысты | 0,5-1 г
| ≥ 3.5 г | ≥2 g |
| Жануарлар бұлшықеті | ≥ 5 г | ||
| Сүтқоректілердің қаны | 1,5 мл
| ≥ 5 мл | ≥2 мл |
| Құс / балық қаны | ≥ 0,5 мл | ||
| Жаппай өсімдіктер | 1-2 г | ≥ 5 г | ≥ 4 г |
| Мәдени жасушалар |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Жәндік | 0,5-1 г | ≥ 3 г | ≥ 2 г |
| Өндірілген ДНҚ | Концентрация: ≥1 ng / мкл Сомасы ≥ 30 ng Шектеулі немесе деградация немесе ластану жоқ | Концентрация: ≥ 50 ng / мкл Сомасы: 10 мкг / ағынды ұяшық / үлгі OD260 / 280 = 1.7-2.2 OD260 / 230 = 1.8-2.5 Шектеулі немесе деградация немесе ластану жоқ |
-
|
Genome Annotation үшін транскриптомика үшін:
| Тіндер немесе шығарылған нуклеин қышқылдары | Иллюминина транскриптома | Pacbio транскриптома | Nanopore транскриптомені |
| Өсімдік - тамыр / сабағы / жапырақшалар | 450 мг | 600 мг | |
| Өсімдіктер - жапырақ / тұқым | 300 мг | 300 мг | |
| Өсімдіктер - жеміс | 1.2 г | 1.2 г | |
| Жануарлардың жүрек / ішек | 300 мг | 300 мг | |
| Жануарлардың Viscera / ми | 240 мг | 240 мг | |
| Жануарлар бұлшықеті | 450 мг | 450 мг | |
| Жануарлардың сүйектері / шашы / тері | 1 г | 1 г | |
| Артропод - жәндік | 6 | 6 | |
| Артропод -Croustacea | 300 мг | 300 мг | |
| Бүкіл қан | 1 түтік | 1 түтік | |
| Өндірілген РНҚ | Концентрация: ≥ 20 NG / мкл Сомасы ≥ 0,3 мкг OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Шаю≥ 6 5≥28s / 18s≥1 | Концентрация: ≥ 100 ng / мкл Сомасы ≥ 0.75 мкг OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Шаю≥ 8 5≥28s / 18s≥1 | Концентрация: ≥ 100 ng / мкл Сомасы ≥ 0.75 мкг OD260 / 280 = 1.7-2.5 OD260 / 230 = 0.5-2.5 Шаю≥ 7.5 5≥28s / 18s≥1 |
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі (қалайы фольгасы ұсынылмайды)
(Үлгілердің көпшілігінде этанолда сақтамауға кеңес береміз.)
Үлгіні таңбалау: Үлгілерді нақты таңбалануы керек және ұсынылған үлгі туралы ақпарат формасына ұқсас болуы керек.
Жеткізу: Құрғақ мұз: Үлгілерді алдымен сөмкелерге салу керек және құрғақ мұзға көмілген.
Жұмыс процесі
Қызмет көрсету ағымы
Эксперимент дизайны
Үлгіні жеткізу
ДНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Жүйелі кідіріс
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
4 сатыдан бөлінген биоинформатикалық талдауды аяқтаңыз:
1) NGS көмегімен K-Mer талдау негізінде геномдық сауалнама:
Геномдық мөлшерді бағалау
Гетерозиционтты бағалау
Қайталанатын аймақтарды бағалау
2) Pacbio Hifi бар геномды жинау:
De novoжиналыс
Ассамблеяны бағалау: геномды толықтығына және NGS мен Pacbio Hifi-дің керісін салуға арналған Busco талдауы
3) Hi-C құрастыру:
HI-c кітапханасы QC: Жарамды Hi-C өзара әрекеттесуін бағалау
HI-C құрастыру: топтардағы констругтерді кластерлеу, содан кейін әр топ ішіндегі байланыс және контигациялауды тағайындау
Хи-С бағалау
4) геномды аннотация:
Кодсыз RNN-ді болжау
Қайталанатын тізбектерді сәйкестендіру (транспоздар және тандем қайталайды)
Генді болжау
§De novo: ab initio алгоритмдері
§ гомология негізінде
§ транскриптоментоментомент бойынша, ұзақ және қысқа оқулары бар: оқылымдарde novoЖиналған немесе геномның жоятын
§ Бірнеше мәліметтер базасы бар болжамды гендердің аннотациясы
1) Genome сауалнамасы - K-MR талдау
2) геномды құрастыру
2) Genome құрастыру - Pacbio HiFi Жобаның жобасын картаға түсіруді оқыды
2) Hi-C құрастыру - Hi-C-нің жарамды өзара әрекеттесу жұптарын бағалау
3) HI-C Ассамблеядан кейінгі бағалау
4) Genome Annotion - болжамды гендердің интеграциясы
4) Genome Annotion - болжамды гендер туралы аннотация
Б.Р.Венің Ново геномдық құрастыру қызметтері басылымдар жинағы арқылы жеңілдетілген жетістіктерді зерттеңіз:
LI, C. және Al. (2021) «ЖАҢАЛЫҚТАРДЫҢ ЖАҢАЛЫҚТАРЫ Жаһандық дисперсиялық маршруттарды ашады және теңіз эволюциясындағы конвергентті генетикалық бейімделулерді, табиғат коммуникацияларының, 12 (1). Doi: 10.1038 / S41467-021-21-21-21-21-21-21-21-21-21-21-21-21-21-21-21-21-21-21379-x.
Ли, Ю.Т. (2023) 'Ауқымды хромосомалық өзгерістер геномдық деңгейлік өрнек өзгертулеріне, экологиялық бейімделуге және гейалдағы (BOS Frondalis)', молекулалық биологияға және эволюцияға, 40 (1). Doi: 10.1093 / Молбаев / msad006.
Тянь, Т. және басқалар. (2023) «Жем геномдық құрастыру және құрғақшылыққа төзімді жүгері-генетикалық бөліну», Табиғат генетикасы 2023 55: 3, 55 (3), 496-506 бет. Doi: 10.1038 / S41588-023-01297-y.
Чжан, Ф. және al. (2023) 'Солораее тұқымындағы екі геномды талдау арқылы тропаны алкоидты биосинтездің эволюциясын анықтау, табиғат коммуникациялары 2023 14: 1, 14 (1), 1-18 бет. Doi: 10.1038 / S41467-023-37133-4.
Қиындық-зерттеулер:
Теломер-Теломер жинағы:Фу, А. және басқалар. (2023) «Теломер-Тельомер-Тельомер» геномдық ассамблеясы (Momordica Charantia L. Var. Abbrevata ser.) Жемістердің дамуы, құрамы және пісетін генетикалық сипаттамалары ', бау-бақша зерттеулерінің, 10 (1). Doi: 10.1093 / HR / UHAC228.
Хаплотипті жинау:Ху, В.Т. (2021) 'Allele анықталған геном Кассава эволюциясы кезінде бииаллеликалық саралауды, молекулалық өсімдік, 14 (6), 851-854 б. Doi: 10.1016 / j.molp.2021.04.009.
Геномды геномдық жиналыс:Юань, Ж. және басқалар. (2022) 'Гига-хромосомалар мен ағаштың громосомаларының негізі және ағаш пекониясының геномы', табиғат коммуникациялары 2022 13: 1, 13 (1), 1-16 бет. Doi: 10.1038 / S41467-022-35063-1.
Полидоидты геномды құрастыру:Чжан, С. және al. (2022) «AutoSploid Sugarman Sugarman Sugarman Sugarman gromosome» геномдық түсініктері, табиғат генетикасы 2022 54: 6, 54 (6), 885-896 б. Doi: 10.1038 / S41588-022-01084-1.
