条形banner-03

Микробиомика

  • Метагеномикалық реттілік -NGS

    Метагеномикалық реттілік -NGS

    图片62

    Метагеном – қоршаған орта және адам метагеномдары сияқты организмдердің аралас қауымдастығының жалпы генетикалық материалының жиынтығы. Онда өсірілетін және өңделмейтін микроорганизмдердің геномдары бар. NGS көмегімен шолақ мылтық метагеномдық секвенирлеу таксономиялық профильден гөрі көбірек қамтамасыз ету арқылы қоршаған орта үлгілеріне енгізілген осы күрделі геномдық ландшафттарды зерттеуге мүмкіндік береді, сонымен қатар түрлердің әртүрлілігі, молшылық динамикасы және күрделі популяция құрылымдары туралы түйіршікті түсініктер береді. Таксономиялық зерттеулерден басқа, шолақ мылтық метагеномикасы кодталған гендерді және олардың экологиялық процестердегі болжамды рөлдерін зерттеуге мүмкіндік беретін функционалды геномика перспективасын ұсынады. Ақырында, генетикалық элементтер мен қоршаған орта факторлары арасындағы корреляциялық желілерді құру микробтық қауымдастықтар мен олардың экологиялық фонының арасындағы күрделі өзара әрекеттестік туралы тұтас түсінуге ықпал етеді. Қорытындылай келе, метагеномдық секвенирлеу әртүрлі микробтық қауымдастықтардың геномдық қыр-сырын ашудың негізгі құралы болып табылады, осы күрделі экожүйелердегі генетика мен экология арасындағы көп қырлы қатынастарды жарықтандырады.

    Платформалар: Illumina NovaSeq және DNBSEQ-T7

  • Метагеномикалық реттілік-TGS

    Метагеномикалық реттілік-TGS

    图片67

    Метагеном – қоршаған орта мен адам метагеномдары сияқты организмдердің аралас қауымдастығының генетикалық материалының жиынтығы. Онда өсірілетін және өңделмейтін микроорганизмдердің геномдары бар. Метагеномиялық секвенирлеу таксономиялық профильден гөрі көп қамтамасыз ету арқылы экологиялық үлгілерге енгізілген осы күрделі геномдық ландшафттарды зерттеуге мүмкіндік береді. Сондай-ақ, ол кодталған гендер мен олардың қоршаған орта процестеріндегі болжамды рөлдерін зерттеу арқылы функционалды геномика перспективасын ұсынады. Метагеномикалық зерттеулерде Illumina секвенциясы бар дәстүрлі шолақ мылтық тәсілдері кеңінен қолданылғанымен, Nanopore және PacBio ұзақ оқылатын секвенирлеудің пайда болуы өрісті өзгертті. Nanopore және PacBio технологиялары төменгі ағындағы биоинформатикалық талдауларды, атап айтқанда метагеномды жинақтауды жақсартады және үздіксіз жинақтарды қамтамасыз етеді. Есептер Nanopore негізіндегі және PacBio негізіндегі метагеномика күрделі микробиомалардан толық және жабық бактериялық геномдарды сәтті жасағанын көрсетеді (Moss, EL, және т.б., Nature Biotech, 2020). Nanopore оқуларын Illumina оқуларымен біріктіру Nanopore-ға тән төмен дәлдікті азайта отырып, қателерді түзету үшін стратегиялық тәсілді қамтамасыз етеді. Бұл синергетикалық комбинация әлеуетті шектеулерді еңсеру және метагеномикалық талдаулардың дәлдігі мен сенімділігін арттыру үшін сенімді шешім ұсынатын әрбір секвенирлеу платформасының күшті жақтарын қолданады.

    Платформа: Nanopore PromethION 48, Illumia және PacBio Revio

  • 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

    16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

    16S және 18S рРНҚ гендері Ішкі транскрипцияланған аралық (ITS) аймағымен бірге жоғары сақталған және гипер-өзгермелі аймақтарды біріктіруіне байланысты негізгі молекулалық саусақ іздерін белгілеу маркерлері ретінде қызмет етеді, бұл оларды прокариоттық және эукариоттық организмдерді сипаттау үшін баға жетпес құрал етеді. Бұл аймақтарды күшейту және секвенирлеу әртүрлі экожүйелердегі микробтардың құрамы мен әртүрлілігін зерттеу үшін оқшаулаусыз тәсілді ұсынады. Illumina реттілігі әдетте V3-V4 16S және ITS1 сияқты қысқа гиперайнымалы аймақтарға бағытталғанымен, жоғары таксономиялық аннотацияға 16S, 18S және ITS толық ұзындығын тізбектеу арқылы қол жеткізуге болатыны көрсетілді. Бұл жан-жақты тәсіл нақты жіктелген тізбектердің жоғары пайызын береді, түрлерді идентификациялауға дейін созылатын ажыратымдылық деңгейіне жетеді. PacBio бір молекулалық нақты уақыттағы (SMRT) секвенирлеу платформасы толық ұзындықтағы ампликондарды қамтитын жоғары дәлдіктегі ұзақ оқуларды (HiFi) қамтамасыз ету арқылы ерекшеленеді, бұл Illumina секвенирлеу дәлдігімен бәсекелеседі. Бұл мүмкіндік зерттеушілерге теңдесі жоқ артықшылыққа — генетикалық ландшафттың панорамалық көрінісіне қол жеткізуге мүмкіндік береді. Кеңейтілген қамту микробтар популяциясының қыр-сырын тереңірек түсінуге мүмкіндік беретін, әсіресе бактериялар немесе саңырауқұлақтар қауымдастығында түрлердің аннотациясының ажыратымдылығын айтарлықтай арттырады.

  • 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

    16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

    16S, 18S және ITS генетикалық маркерлеріне арнайы бағытталған Illumina технологиясымен ампликонды секвенирлеу микробтық қауымдастықтардағы филогенияны, таксономияны және түрлердің көптігін анықтаудың қуатты әдісі болып табылады. Бұл тәсіл үй шаруашылығының генетикалық маркерлерінің гипервариативтік аймақтарын секвенирлеуді қамтиды. Бастапқыда молекулалық саусақ ізі ретінде енгізілдіWoeses және т.б1977 жылы бұл әдіс оқшаулаусыз талдауға мүмкіндік беру арқылы микробиома профилін жасауда төңкеріс жасады. 16S (бактериялар), 18S (саңырауқұлақтар) және Internal Transcribed Spacer (ITS, саңырауқұлақтар) секвенциясы арқылы зерттеушілер мол түрлерді ғана емес, сирек кездесетін және анықталмаған түрлерін де анықтай алады. Негізгі құрал ретінде кеңінен қабылданған ампликонды секвенирлеу адамның аузын, ішектерін, нәжісін және одан тыс жерлерді қоса алғанда, әртүрлі орталарда дифференциалды микробтық композицияларды анықтауда маңызды рөл атқарды.

  • Бактериялық және саңырауқұлақтардың толық геномын қайта секвенирлеу

    Бактериялық және саңырауқұлақтардың толық геномын қайта секвенирлеу

    图片48

     

     

    Бактериялық және саңырауқұлақтардың тұтас геномын қайта секвенирлеу жобалары микробтық геномдарды аяқтауға және салыстыруға мүмкіндік беру арқылы микробтық геномиканы ілгерілету үшін маңызды болып табылады. Бұл ферменттеу инженериясын, өндірістік процестерді оңтайландыруды және қайталама метаболизм жолдарын зерттеуді жеңілдетеді. Сонымен қатар, саңырауқұлақтар мен бактериялардың қайта секвенциясы қоршаған ортаның бейімделуін түсіну, штаммдарды оңтайландыру және генетикалық эволюция динамикасын анықтау үшін өте маңызды, бұл медицинада, ауыл шаруашылығында және экология ғылымында кең әсер етеді.

  • Прокариоттық РНҚ секвенциясы

    Прокариоттық РНҚ секвенциясы

    РНҚ секвенциясы белгілі бір жағдайларда жасушалардағы барлық РНҚ транскрипттерінің жан-жақты профилін жасауға мүмкіндік береді. Бұл озық технология күрделі ген экспрессия профильдерін, гендік құрылымдарды және әртүрлі биологиялық процестермен байланысты молекулалық механизмдерді ашатын күшті құрал ретінде қызмет етеді. Іргелі зерттеулерде, клиникалық диагностикада және дәрілік препараттарды әзірлеуде кеңінен қабылданған РНҚ секвенциясы жасушалық динамика мен генетикалық реттеудің қыр-сырына түсінік береді. Біздің прокариоттық РНҚ үлгісін өңдеу прокариоттық транскриптомдарға арналған, рРНҚ-ның сарқылуын және бағытты кітапхананы дайындауды қамтиды.

    Платформа: Illumina NovaSeq

  • Метатранскриптомды реттілік

    Метатранскриптомды реттілік

    Illumina секвенирлеу технологиясын қолдана отырып, BMKGENE метатранскриптомды секвенирлеу қызметі топырақ, су, теңіз, нәжіс және ішек сияқты табиғи орталарда эукариоттардан прокариоттар мен вирустарға дейінгі микробтардың әртүрлі массивінің динамикалық генінің экспрессиясын ашады. Біздің жан-жақты қызметіміз зерттеушілерге күрделі микробтық қауымдастықтың толық ген экспрессиялық профильдерін зерттеуге мүмкіндік береді. Таксономиялық талдаудан басқа, біздің метатранскриптомды секвенирлеу қызметі дифференциалды түрде экспрессияланған гендер мен олардың рөлдеріне жарық түсіре отырып, функционалды байытуды зерттеуді жеңілдетеді. Осы әртүрлі экологиялық тауашалардағы гендер экспрессиясының, таксономиялық әртүрліліктің және функционалдық динамиканың күрделі ландшафттарын шарлау кезінде көптеген биологиялық түсініктерді ашыңыз.

  • Саңырауқұлақ геномының жаңа ассамблеясы

    Саңырауқұлақ геномының жаңа ассамблеясы

    图片53

     

     

    BMKGENE әртүрлі зерттеу қажеттіліктерін және қажетті геномның толықтығын қамтамасыз ететін саңырауқұлақ геномдары үшін жан-жақты шешімдерді ұсынады. Қысқа оқылатын Illumina реттілігін пайдалану геном жобасын жасауға мүмкіндік береді. Nanopore немесе Pacbio көмегімен қысқа оқылатын және ұзақ оқылатын секвенирлеу ұзағырақ контигтері бар неғұрлым тазартылған саңырауқұлақ геномы үшін біріктірілген. Сонымен қатар, Hi-C секвенциясын біріктіру толық хромосома деңгейіндегі геномға қол жеткізуге мүмкіндік беретін мүмкіндіктерді одан әрі арттырады.

  • De novo Бактериялық геномдық Ассамблея

    De novo Бактериялық геномдық Ассамблея

    图片49

     

     

    Біз 0 бос орынға кепілдік беретін толық бактериялық геномды құрастыру қызметін ұсынамыз. Бұл құрастыруға арналған Nanopore және PacBio сияқты ұзақ оқылатын секвенирлеу технологияларын біріктіру және жинақты тексеру және ONT оқуларының қателерін түзету үшін Illumina бағдарламасымен қысқа оқу ретін біріктіру арқылы мүмкін болады. Біздің қызметіміз жинақтаудан, функционалды аннотациядан және кеңейтілген биоинформатикалық талдаудан толық биоинформатикалық жұмыс процесін қамтамасыз етеді, нақты зерттеу мақсаттарын орындайды. Бұл қызмет әртүрлі генетикалық және геномдық зерттеулер үшін нақты анықтамалық геномдарды жасауға мүмкіндік береді. Сонымен қатар, ол ғылыми түсініктер мен биотехнологиялық инновацияларды ілгерілету үшін маңызды сенімді және бос геномдық деректерді қамтамасыз ететін штаммдарды оңтайландыру, гендік инженерия және микробтық технологияны әзірлеу сияқты қолданбаларға негіз болады.

Хабарламаңызды бізге жіберіңіз: