Жылу картасы
Матрицалық деректер файлы матрицалық деректерді сүзуге, қалыпқа келтіруге және кластерлеуге болатын жылу картасын салу үшін пайдаланылады.Ол көбінесе әртүрлі үлгілер арасындағы гендік экспрессия деңгейін кластерлік талдау үшін қолданылады.
Гендік аннотация
Ген функциясының аннотациясы FASTA файлындағы реттіліктерді әртүрлі дерекқорларға салыстыру арқылы орындалады.
Гендік аннотация
Негізгі жергілікті туралау іздеу құралы
CDS_UTR_Болжам
Бұл құрал белгілі ақуыз дерекқорына және ORF болжамына қарсы жарылыс негізінде берілген транскрипт реттіліктеріндегі кодтау аймақтарын (CDS) және кодталмаған аймақтарды (UTR) болжауға арналған.
Манхэттен сюжеті
Манхэттен сюжеті деректер нүктелерінің үлкен саны бар деректерді көрсетуге мүмкіндік береді.Ол әдетте геномдық ассоциациялық зерттеулерде (GWAS) қолданылады.
Циркос
CIRCOS диаграммасы геномға SNP, InDeL, SV, CNV үлестірімдерін тікелей көрсетуге мүмкіндік береді.
GO_Байыту
TopGO - функционалды байытуға арналған құрал.TopGO-Bioconductor пакеті дифференциалды экспрессиялық талдаудан, GO байыту талдауынан және нәтижелердің визуализациясынан тұрады.Ол topGO_BP, topGO_CC және topGO_MF нәтижелерін қамтитын "График" деп аталатын шығысы бар қалтаны жасайды.
WGCNA
WGCNA - гендік коэкспрессия модульдерін ашу үшін кеңінен қолданылатын деректерді іздеу әдісі.Ол келесі буын секвенирлеуінен алынған микромәліметтер мен гендік экспрессия деректерін қоса алғанда, әртүрлі өрнек деректер жиынына қолданылады.
InterProScan
InterPro ақуыз тізбегінің талдауы және классификациясы
GO_KEGG_Байыту
Бұл құрал берілген гендер жиынтығы мен сәйкес аннотация негізінде GO байыту гистограммасын, KEGG байыту гистограммасын және KEGG байыту жолын құруға арналған.