Жылулық картасы
Жылу картасы құралы матрицалық деректер файлын кіріс ретінде қабылдайды және пайдаланушыларға деректерді сүзуге, қалыпқа келтіруге және кластерлеуге мүмкіндік береді. Жылу карталарын пайдаланудың негізгі жағдайы - әртүрлі үлгілер арасындағы ген экспрессиясының деңгейінің кластерлік талдауы.
Ген аннотациясы
Ген аннотациясы құралы кіріс FASTA файлдарын әртүрлі дерекқорлармен реттілікпен туралау негізінде ген аннотациясын орындайды.
Негізгі жергілікті туралауды іздеу құралы (BLAST)
BLAST құралы - NCBI BLAST бағдарламасының BMKCloud интеграцияланған нұсқасы және оны BMKCloud тіркелгісіне жүктелген деректерді пайдаланып, сол функцияларды орындау үшін пайдалануға болады.
CDS_UTR болжамы
CDS_UTR болжау құралы белгілі ақуыз дерекқорлары мен ORF болжау нәтижелеріне негізделген BLAST нәтижелеріне негізделген берілген транскрипция тізбектеріндегі кодтау аймақтарын (CDS) және кодталмайтын аймақтарды (UTR) болжауға арналған.
Манхэттен учаскесі
Manhattan Plot құралы жоғары үлгідегі эксперименттерді көрсетуге мүмкіндік береді және геном бойынша ассоциациялық зерттеулерде (GWAS) жиі қолданылады.
Цирк диаграммасы
CIRCOS диаграммасы құралы геномдық белгілердің геном бойынша қалай таралғанын тиімді визуализациялауды қамтамасыз етеді. Жалпы белгілерге сандық локустар, SNP, InDels, құрылымдық және көшірме санының нұсқалары жатады.
Гендік онтологияны (GO) байыту
GO байыту құралы функционалды байыту талдауын қамтамасыз етеді. Бұл құралдағы негізгі бағдарламалық жасақтама - дифференциалды экспрессия талдауын, GO байыту талдауын және нәтижелерді визуализациялауды қамтитын TopGO-Bioconductor пакеті.
Салмақталған гендердің бірлескен экспрессия желісін талдау (WGCNA)
WGCNA - гендердің бірлескен экспрессия модульдерін анықтау үшін кеңінен қолданылатын деректерді іздеу әдісі. Ол микрочиптер мен NGS ген экспрессиясының деректерін қоса алғанда, әртүрлі экспрессия деректер жиынтығына қолданылады.
InterProScan
InterProScan құралы InterPro ақуыз тізбегін талдау және жіктеуді қамтамасыз етеді.
GO KEGG байыту
GO KEGG байыту құралы берілген гендер жиынтығы мен тиісті аннотация негізінде GO байыту гистограммасын, KEGG байыту гистограммасын және KEGG байыту жолын жасауға арналған.
