Жылу картасы
Жылу картасы құралы матрицалық деректер файлын кіріс ретінде қабылдайды және пайдаланушыларға деректерді сүзуге, қалыпқа келтіруге және кластерлеуге мүмкіндік береді. Жылу карталарын пайдаланудың негізгі жағдайы әртүрлі үлгілер арасындағы гендік экспрессия деңгейін кластерлік талдау болып табылады.
Гендік аннотация
Гендік аннотация құралы әр түрлі дерекқорларға қатысты кіріс FASTA файлдарының реттілігі негізінде гендік аннотацияны орындайды.
Негізгі жергілікті туралау іздеу құралы (BLAST)
BLAST құралы NCBI BLAST бағдарламасының BMKCloud біріктірілген нұсқасы болып табылады және оны BMKCloud тіркелгісіне жүктеп салынған деректерді пайдаланып бірдей функцияларды орындау үшін пайдалануға болады.
CDS_UTR болжамы
CDS_UTR Болжау құралы белгілі ақуыз дерекқорлары мен ORF болжау нәтижелеріне қарсы BLAST нәтижелеріне негізделген берілген транскрипт реттіліктеріндегі кодтау аймақтарын (CDS) және кодталмаған аймақтарды (UTR) болжауға арналған.
Манхэттен сюжеті
Manhattan Plot құралы жоғары үлгілік эксперименттерді көрсетуге мүмкіндік береді және әдетте геномдық қауымдастық зерттеулерінде (GWAS) қолданылады.
Циркос диаграммасы
CIRCOS Диаграмма құралы геномдық ерекшеліктің геном бойынша таралуының тиімді визуализациясын қамтамасыз етеді. Жалпы мүмкіндіктерге сандық локустар, SNPs, InDels, құрылымдық және көшірме саны нұсқалары жатады.
Гендік онтология (GO) байыту
GO байыту құралы функционалды байыту талдауын қамтамасыз етеді. Бұл құралдағы негізгі бағдарламалық құрал – дифференциалды өрнек талдауын, GO байыту талдауын және нәтижелердің визуализациясын қамтитын TopGO-Bioconductor пакеті.
Салмақты гендік коэкспрессиялық желілік талдау (WGCNA)
WGCNA - гендік коэкспрессия модульдерін ашу үшін кеңінен қолданылатын деректерді іздеу әдісі. Ол микромассив және NGS генінің өрнек деректерін қоса алғанда, әртүрлі өрнек деректер жиынына қолданылады.
InterProScan
InterProScan құралы InterPro ақуыз тізбегін талдауды және жіктеуді қамтамасыз етеді.
GO KEGG байыту
GO KEGG байыту құралы берілген гендер жиынтығына және сәйкес аннотацияға негізделген GO байыту гистограммасын, KEGG байыту гистограммасын және KEGG байыту жолын жасау үшін жасалған.