Ұзақ кодталмаған реттілік-Illumina
Қызметтің артықшылықтары
● Қызмет артықшылықтары
● Жасуша мен ұлпаға тән
● Арнайы кезең динамикалық өрнектің өзгеруін білдіреді және көрсетеді
● Уақыт пен кеңістікті білдірудің нақты үлгілері
● мРНҚ деректерімен бірлескен талдау.
● BMKCloud негізіндегі нәтижені жеткізу: платформада қол жетімді теңшелген деректерді іздеу.
● Сатудан кейінгі қызметтер жоба аяқталғаннан кейін 3 айға жарамды
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
| Кітапхана | Платформа | Ұсынылған деректер | Деректер QC |
| рРНҚ-ның сарқылуы | Illumina PE150 | 10 Гб | Q30≥85% |
| Конс.(нг/мкл) | Мөлшері (мкг) | Тазалық | Тұтастық |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Гельде ақуыз немесе ДНҚ ластануы шектеулі немесе жоқ. | Өсімдіктер үшін: RIN≥6,5; Жануарлар үшін: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; шектелген немесе жоқ бастапқы биіктік |
Нуклеотидтер:
Тін: Салмағы (құрғақ): ≥1 г
*5 мг-ден аз тіндер үшін флэш мұздатылған (сұйық азотта) тін үлгісін жіберуді ұсынамыз.
Жасуша суспензиясы: жасуша саны = 3×107
*Мұздатылған жасуша лизатын жөнелтуді ұсынамыз.Бұл ұяшық 5×10-нан аз болған жағдайда5, сұйық азотта мұздатылған жарқыл ұсынылады.
Қан үлгілері:
PA×genBloodRNATube;
6 мл ЛТРИзол және 2 мл қан (ТРИзол: Қан = 3: 1)
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі (қаңылтыр фольга ұсынылмайды)
Үлгі таңбалау: Топ+қайталау, мысалы, A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
жөнелту:
1. Құрғақ мұз: Үлгілерді қаптарға салып, құрғақ мұзға көму керек.
2.RNAstable түтіктер: РНҚ үлгілерін РНҚ тұрақтандыру түтігінде (мысалы, RNAstable®) кептіруге және бөлме температурасында жөнелтуге болады.
Қызметтің жұмыс ағыны
Эксперимент дизайны
Үлгіні жеткізу
РНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Биоинформатика
1. LncRNA классификациясы
Жоғарыдағы төрт бағдарламалық құрал болжаған LncRNA 4 санатқа жіктелді: lincRNA, анти-сенс-LncRNA, intronic-LncRNA;сезім-LncRNA.LncRNA классификациясы төмендегі гистограммада көрсетілген.
LncRNA классификациясы
2.DE-lncRNA байыту талдауының Cis-мақсатты гендері
ClusterProfiler биологиялық процестер, молекулалық функциялар және жасушалық компоненттер тұрғысынан дифференциалды түрде экспрессияланған lncRNA (DE-lncRNA) cis-мақсатты гендерінде GO байыту талдауында қолданылды.GO байыту талдауы – бүкіл геноммен салыстырғанда DEG бағытталған айтарлықтай байытылған GO терминдерін анықтау процесі.Байытылған терминдер төменде көрсетілгендей гистограммада, көпіршікті диаграммада және т.б. ұсынылды.
DE-lncRNA байыту талдауының Cis-мақсатты гендері - Көпіршікті диаграмма
3. mRNA және lncRNA ұзындығын, экзон санын, ORF және экспрессия мөлшерін салыстыра отырып, біз олардың арасындағы құрылымдағы, реттіліктегі және т.б. айырмашылықтарды түсіне аламыз, сонымен қатар біз болжаған жаңа lncRNA жалпы сипаттамаларға сәйкес келетінін тексере аламыз.
BMK ісі
KRAS-G12D мутациясы және P53 нокауты бар тінтуірдің өкпе аденокарциномаларында реттелмеген lncRNA экспрессия профилі
Жарияланды:Жасуша және молекулалық медицина журналы,2019
Тізбектеу стратегиясы
Иллюмин
Үлгі жинау
NONMMUT015812-нокдаун КП (shRNA-2) жасушалары және теріс бақылау (sh-Scr) жасушалары арнайы вирустық инфекцияның 6-шы күні алынды.
Негізгі нәтижелер
Бұл зерттеу P53 нокаутымен және KrasG12D мутациясымен тінтуірдің өкпе аденокарциномасындағы аберрантты экспрессияланған lncRNA-ларды зерттейді.
1,6424 lncRNA дифференциалды түрде көрсетілді (≥ 2 еселік өзгеріс, P <0,05).
2. Барлық 210 lncRNAs (FC≥8) арасында 11 lncRNAs экспрессиясы тиісінше P53 арқылы, 33 lncRNAs KRAS арқылы және 13 lncRNAs бастапқы KP жасушаларында гипоксия арқылы реттелді.
3.NONMMUT015812, ол тінтуірдің өкпе аденокарциномасында айтарлықтай жоғары реттеледі және P53 реэкспрессиясы арқылы теріс реттеледі, оның жасушалық функциясын талдау үшін анықталды.
4. NONMMUT015812 shRNAs арқылы нокдаун КП жасушаларының пролиферациясы мен миграциялық қабілетін төмендетті.NONMMUT015812 ықтимал онкоген болды.
 NONMMUT015812-нокдаун КП жасушаларындағы дифференциалды экспрессияланған гендердің KEGG жолын талдау |  NONMMUT015812-нокдаун КП жасушаларындағы дифференциалды экспрессияланған гендердің гендік онтологиялық талдауы |
Анықтама
KRAS-G12D мутациясымен және P53 нокаутымен [J] тінтуірдің өкпе аденокарциномаларында реттелмеген lncRNA экспрессия профилі.Жасушалық және молекулалық медицина журналы, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
