Ұзын кодталмайтын секвенирлеу-Illumina
Қызмет көрсетудің артықшылықтары
●мРНҚ және lncRNA бірлескен талдауы: мРНҚ транскрипттерін сандық анықтауды lncRNA және олардың нысаналарын зерттеумен біріктіру арқылы жасушалық реакцияның негізінде жатқан реттеуші механизмге терең шолу жасауға болады.
●Кең ауқымды сараптамаБіз әртүрлі үлгілер мен жобалардың мақсаттарын қамтитын 230 000-нан астам үлгіні өңдедік. Біз әрбір жобаға мол тәжірибе жинаймыз.
●мРНҚ және lncRNA бірлескен талдауыБіз мРНҚ транскрипттерін сандық анықтауды lncRNA және олардың нысаналарын зерттеумен біріктіреміз, бұл жасушалық реакцияның негізінде жатқан реттеуші механизмге терең шолу жасауға мүмкіндік береді.
●Қатаң сапаны бақылауБіз үлгі дайындаудан бастап кітапхана дайындауға, секвенирлеуге және биоинформатикаға дейінгі барлық кезеңдерде негізгі бақылау нүктелерін енгіземіз. Біздің мұқият мониторингіміз үнемі жоғары сапалы нәтижелердің берілуін қамтамасыз етеді.
●Кешенді аннотацияБіз дифференциалды экспрессияланған гендерді (ДЭГ) функционалды түрде аннотациялау және тиісті байыту талдауларын жүргізу үшін бірнеше дерекқорды пайдаланамыз. Бұл кешенді тәсіл транскриптом реакциясының негізінде жатқан жасушалық және молекулалық процестерге түсінік береді, бұл сіздің эксперимент деректеріңіз туралы барлық ақпаратты алуыңызды қамтамасыз етеді.
●Сатудан кейінгі қолдауБіз қатысудың қаншалықты маңызды екенін түсінеміз, сондықтан біздің міндеттемеміз жобаны аяқтаудан тысқары, сатудан кейінгі 3 айлық қызмет көрсету мерзімін қамтиды. Осы уақыт ішінде біз жобаны бақылау, ақаулықтарды жою бойынша көмек және нәтижелерге қатысты кез келген сұрақтарға жауап беру үшін сұрақ-жауап сессияларын ұсынамыз.
Үлгі талаптары және жеткізу
| Кітапхана | Платформа | Ұсынылған деректер | Деректерді сапаны бақылау |
| рРНҚ-ның таусылған бағыттық кітапханасы | Illumina PE150 | 10-16 ГБ | Q30≥85% |
Нуклеотидтер:
| Конц. (нг/мкл) | Мөлшері (мкг) | Тазалық | Тұтастық |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Гельде ақуыз немесе ДНҚ ластануы шектеулі немесе мүлдем жоқ. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; базалық биіктік шектеулі немесе мүлдем жоқ |
● Өсімдіктер:
Тамыр, сабақ немесе гүлшоғыр: 450 мг
Жапырақ немесе тұқым: 300 мг
Жеміс: 1,2 г
● Жануар:
Жүрек немесе ішек: 450 мг
Ішкі мүшелер немесе ми: 240 мг
Бұлшықет: 600 мг
Сүйектер, шаш немесе тері: 1,5 г
● Буынаяқтылар:
Жәндіктер: 9 г
Шаян тәрізділер: 450 мг
● Тұтас қан:2 түтік
● Ұяшықтар: 106 жасушалар
● Сарысу және плазма: 6 мл
Ұсынылған үлгі жеткізу
Контейнер: 2 мл центрифуга түтігі (қалайы фольга ұсынылмайды)
Үлгі таңбалау: Топ+көшірме, мысалы, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Жеткізу:
1. Құрғақ мұз: Үлгілерді пакеттерге салып, құрғақ мұзға көму керек.
2. РНҚ-тұрақты түтіктер: РНҚ үлгілерін РНҚ-тұрақтандыру түтігінде (мысалы, RNAstable®) кептіріп, бөлме температурасында жеткізуге болады.
Қызмет көрсету жұмыс ағыны
Тәжірибелік дизайн
Үлгіні жеткізу
РНҚ экстракциясы
Кітапхана құрылысы
Реттік реттеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Биоинформатика
- Шикі деректер
- Деректерді сапаны бақылау
- Геномды туралау
- Ген құрылымы (альтернативті сплайсинг, ген құрылымын оңтайландыру және жаңа гендерді болжау)
- Ген экспрессиясын сандық бағалау
- Дифференциалды экспрессияны талдау
- DEG аннотациясы және байыту + Дифференциалды экспрессияланған lncRNA нысана гендер
- Транскриптті анықтау
- lncRNA идентификациясы (lncRNA сақтау және белгілі lncRNA)
- lncRNA нысана гендерінің болжамы
- lncRNA экспрессиясын сандық анықтау
- мРНҚ деректерімен бірлескен талдау
Дифференциалды ген экспрессиясын (ДЭГ) талдау
lncRNA экспрессиясын сандық анықтау – кластерлеу
lncRNA нысана гендерінің байытылуы
Бірлескен мРНҚ және lncRNA позициясын талдау – Циркос графигі (ортаңғы шеңбер - мРНҚ, ал ішкі шеңбер - lncRNA)
BMKGene компаниясының lncRNA эквенирлеу қызметтерінің арқасында қол жеткізілген жетістіктерді басылымдардың арнайы жинағы арқылы зерттеңіз.
Джи, Х. және т.б. (2020) «Егеуқұйрық бауырындағы суық стресске байланысты lncRNA-ларды анықтау, функционалдық болжау және негізгі lncRNA тексеруі»,Ғылыми есептер2020 10:1, 10(1), 1–14 беттер. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. және т.б. (2021) «Интегративтік транскриптомиялық талдау CyHV-3-ке төзімді кәдімгі тұқы балығының иммундық механизмін ашады»,Иммунологиядағы шекаралар, 12, б. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Ван, XJ және т.б. (2022) «Кішкентай жасушалы өкпе обырындағы бәсекелес эндогенді РНҚ реттеу желілерінің мультиомикалы интеграцияға негізделген басымдығы: молекулалық сипаттамалары және дәрілік кандидаттар»,Онкологиядағы шекаралар, 12, б. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Сяо, Л. және т.б. (2020) «Populus-тағы фотосинтездің негізінде жатқан гендердің бірлескен экспрессия желісінің генетикалық диссекциясы»,Өсімдіктер биотехнологиясы журналы, 18(4), 1015–1026 беттер. doi: 10.1111/PBI.13270.
Чжэн, Х. және т.б. (2022) «Грейвс ауруы мен Хашимото тиреоидитінің микроортасында иммундық жасушалардағы ген экспрессиясының бұзылуы және метаболикалық сигнал берудің қалыптан тыс бұзылуына арналған жаһандық реттеуші желі»,Иммунологиядағы шекаралар, 13, б. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
