16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Қызмет мүмкіндіктері
● Тізбектеу платформасы: Illumina NovaSeq.
● Басқа күшейту мақсаттарымен қатар 16S, 18S және ITS қысқа аймақтарын күшейту.
● Ампликонның икемді таңдаулары.
● Бірнеше күшейту мақсаттары бар алдыңғы жоба тәжірибесі.
Қызметтің артықшылықтары
●Оқшауланбаған:Қоршаған орта сынамаларында микроб құрамын жылдам анықтау.
●Жоғары ажыратымдылық: Қоршаған орта үлгілеріндегі аз мөлшердегі құрамдастарда.
●Кеңінен қолданылатын: Әртүрлі микробтық қауымдастықты зерттеу.
●Кешенді биоинформатикалық талдау: Деректер базасы, аннотация, OTU/ASV тұрғысынан әртүрлі талдаулары бар соңғы QIIME2 пакеті (микробтық экология туралы сандық түсінік).
●Кең тәжірибе: Жыл сайын өткізілетін 150 мың ампликонды реттілік жобаларымен BMKGENE он жылдан астам тәжірибесін, жоғары білікті талдау тобын, жан-жақты мазмұнды және сатылымнан кейінгі тамаша қолдауды ұсынады.
Қызмет сипаттамалары
| Кітапхана | Тізбектеу стратегиясы | Деректер ұсынылады |
| Ампликон | Illumina PE250 | 50/100/300K тегтер (оқу жұптары) |
Қызметке қойылатын талаптар
| Концентрация (нг/мкл) | Жалпы сома (нг) | Көлемі (μL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Топырақ/шлам: 1-2г
● Ішек мазмұны-жануарлар: 0,5-2г
● Ішек мазмұны-жәндіктер: 0,1-0,25г
● Өсімдік беті (байытылған шөгінді): 0,1-0,5г
● Ашыту сорпасы байытылған тұнба): 0,1-0,5г
● Нәжіс (ірі жануарлар): 0,5-2г
● Нәжіс (тышқан): 3-5 дән
● Өкпенің альвеолярлы шаю сұйықтығы: сүзгі қағазы
● Қынаптық жағынды: 5-6 тампон
● Тері/жыныс жағынды/сілекей/ауыз қуысының жұмсақ тіндері/жұтқыншақ жағынды/тік ішек жағынды: 2-3 жағынды
● Беткі микроорганизмдер: сүзгі қағазы
● Су объектісі/ауа/биофильм: сүзгі қағазы
● Эндофиттер: 1-2г
● Тіс тақтасы: 0,5-1г
Қызметтің жұмыс ағыны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Келесі талдауды қамтиды:
- Шикі деректер сапасын бақылау
- OTU кластерленуі /De-noise(ASV)
- OTU аннотациясы
- Альфа әртүрлілігін талдау: бірнеше индекстер, соның ішінде Шеннон, Симпсон және ACE.
- Бета әртүрлілігін талдау
- Топ аралық талдау
- Корреляциялық талдау: қоршаған орта факторлары мен OUT құрамы мен әртүрлілігі арасындағы
- 16S функционалды генін болжау
Таксономиялық таралу гистограммасы
таксономиялық молшылық кластерлік жылу картасы
Альфа әртүрлілігін талдау: сиректеу қисығы
бета әртүрлілігін талдау: NMDS
Топаралық талдау: LEFSE биомаркерін ашу
BMKGene компаниясының Illumina көмегімен ампликонды секвенирлеу қызметтері септігін тигізетін жетістіктерді жарияланымдар жинағы арқылы зерттеңіз.
Dong, C. et al. (2022) 'Eucommia ulmoides-тегі ризосфералық топырақ пен қабық микробиотасының жиналуы, негізгі микробиотасы және қызметі', Микробиологиядағы шекаралар, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Ли, Y. және т.б. (2023) «Тышқандардағы Gardnerella vaginalis тудырған бактериялық вагинозды емдеуге арналған синтетикалық бактериялық консорциумдарды трансплантациялау», Microbiome, 11(1), 1-14 беттер. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Ян, Дж., Фу, Ю. және Лю, Х. (2022) «Ай сарайы 365» жердегі жабық биорегенеративті тіршілікті қолдау эксперименті кезінде жиналған ауа шаңының микробиомалары', Қоршаған орта микробиомалары, 17(1), 1-20 беттер. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Азот түрлендіруіне байланысты функционалдық гендердің шикізатқа тәуелді көптігі компосттаудағы азот жоғалуын бақылайтын', Биоресурс технологиясы, 361, б. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
