16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Қызметтің артықшылықтары
● Қоршаған орта үлгілеріндегі микробтық құрамды оқшаулаусыз және жылдам анықтау
● Қоршаған орта үлгілеріндегі аз мөлшердегі құрамдастарда жоғары ажыратымдылық
● Дерекқор, аннотация, OTU/ASV тұрғысынан әртүрлі талдаулары бар соңғы QIIME2 талдау ағыны.
● Жоғары өткізу қабілеті, жоғары дәлдік
● Әртүрлі микробтық қауымдастықты зерттеуге қолданылады
● BMK топырақты, суды, газды, шламды, нәжісті, ішектерді, теріні, ашыту сорпасын, жәндіктерді, өсімдіктерді және т.б. қамтитын 100 000-нан астам сынамалармен үлкен тәжірибеге ие.
● BMKCloud 45 жекелендірілген талдау құралын қамтитын деректерді түсіндіруді жеңілдетеді
Қызмет сипаттамалары
| ТізбектеуПлатформа | Кітапхана | Ұсынылған деректер шығымы | Болжалды айналым уақыты |
| Illumina NovaSeq платформасы | PE250 | 50K/100K/300K тегтер | 30 күн |
Биоинформатикалық талдаулар
● Шикі деректер сапасын бақылау
● OTU кластерлеу/шуды жою (ASV)
● OTU аннотациясы
● Альфа әртүрлілігі
● Бета әртүрлілігі
● Топ аралық талдау
● Эксперименттік факторларға қатысты ассоциациялық талдау
● Функция генін болжау
Үлгіге қойылатын талаптар және жеткізу
Үлгіге қойылатын талаптар:
ҮшінДНҚ сығындылары:
| Үлгі түрі | Сома | Шоғырлану | Тазалық |
| ДНҚ сығындылары | ＞ 30 нг | ＞ 1 нг/мкл | OD260/280= 1,6-2,5 |
Қоршаған ортаның үлгілері үшін:
| Үлгі түрі | Ұсынылатын сынама алу процедурасы |
| Топырақ | Сынама мөлшері: шамамен.5 г;Қалған қурап қалған затты бетінен алып тастау керек;Үлкен бөліктерді ұсақтап, 2 мм сүзгіден өткізіңіз;Брондау үшін стерильді EP-түтіктегі немесе циротүтіктегі аликвоттық үлгілер. |
| Нәжіс | Сынама мөлшері: шамамен.5 г;Брондау үшін стерильді EP-түтікке немесе криотрубаға үлгілерді жинаңыз және аликвотты алыңыз. |
| Ішек мазмұны | Үлгілерді асептикалық жағдайда өңдеу керек.Жиналған тіндерді PBS көмегімен жуыңыз;PBS-ті центрифугалаңыз және тұнбаны EP-түтіктерге жинаңыз. |
| Шлам | Сынама мөлшері: шамамен.5 г;Брондау үшін стерильді EP-түтікке немесе криотрубаға шлам үлгісін жинап алыңыз |
| Су қоймасы | Кран суы, құдық суы және т.б. сияқты микроб мөлшері шектеулі үлгі үшін кем дегенде 1 л су жинап, мембранадағы микробты байыту үшін 0,22 мкм сүзгіден өткізіңіз.Мембрананы стерильді түтікте сақтаңыз. |
| Тері | Терінің бетін стерильді мақта тампонымен немесе хирургиялық пышақпен абайлап қырыңыз және оны стерильді түтікке салыңыз. |
Ұсынылатын үлгіні жеткізу
Үлгілерді сұйық азотта 3-4 сағат мұздатып, сұйық азотта немесе -80 градусқа дейін ұзақ мерзімді резервте сақтаңыз.Құрғақ мұзбен үлгіні тасымалдау қажет.
Қызметтің жұмыс ағыны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Тізбектеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
1.Түрлердің таралуы
2.Жылу картасы: Түр байлығын топтастыру
3.Сирек фракция қисығы
4. NMDS талдауы
5. Lefse талдауы
BMK ісі
Семіздік 2 типті қант диабеті бар және онсыз адамдар ішектің микробтық функционалдық мүмкіндіктері мен құрамын әртүрлі көрсетеді.
Жарияланды:Cell Host & Microbe, 2019
Тізбектеу стратегиясы:
Арық емес қант диабеті (n=633);Қант диабеті емес семіздік (n=494);Семіздік 2 типті қант диабеті (n=153);
Мақсатты аймақ: 16S rDNA V1-V2
Платформа: Illumina Miseq (NGS негізіндегі ампликонды реттілік)
ДНҚ сығындыларының ішкі жиыны Illumina Hiseq бойынша метагеномдық реттілікке ұшырады
Негізгі нәтижелер
Бұл метаболикалық аурулардың микробтық профильдері сәтті сараланды.
16S секвенциясы арқылы пайда болған микробтық ерекшеліктерді салыстыру арқылы семіздік микроб құрамының, жеке ерекшеліктерінің өзгеруімен, әсіресе Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes және т.б. санының айтарлықтай төмендеуімен байланысты екені анықталды. Сонымен қатар, T2D Escherichia/shigella көбеюімен байланысты екені анықталды. .
Анықтама
Thingholm, LB және т.б.«2 типті қант диабеті бар және онсыз семіз адамдар ішектің микробтық функционалдық мүмкіндіктері мен құрамын көрсетеді.»Жасуша хосты және микроб26.2(2019).
