16S/18S/ITS ампликонды секвенирлеу-NGS
Қызмет көрсету мүмкіндіктері
● Секвенирлеу платформасы: Illumina NovaSeq.
● Басқа күшейту мақсаттарымен қатар, 16S, 18S және ITS қысқа аймақтарын күшейту.
● Ампликонның икемді таңдауы.
● Бірнеше күшейту мақсаттарымен бұрынғы жоба тәжірибесі.
Қызмет көрсетудің артықшылықтары
●Оқшауланбаған:Қоршаған орта үлгілеріндегі микробтық құрамды тез анықтау.
●Жоғары ажыратымдылықҚоршаған орта үлгілеріндегі аз мөлшердегі компоненттерде.
●Кеңінен қолданыладыӘртүрлі микробтық қауымдастық зерттеулері.
●Кешенді биоинформатикалық талдауДеректер базасы, аннотация, OTU/ASV тұрғысынан әртүрлі талдаулары бар ең соңғы QIIME2 пакеті (микробтық экологияға сандық түсінік).
●Кең ауқымды сараптамаЖыл сайын 150 мың ампликонды секвенирлеу жобаларын жүзеге асыратын BMKGENE он жылдан астам тәжірибені, жоғары білікті талдау тобын, жан-жақты мазмұнды және сатудан кейінгі тамаша қолдауды ұсынады.
Қызмет көрсету сипаттамалары
| Кітапхана | Реттік стратегия | Ұсынылатын деректер |
| Ампликон | Illumina PE250 | 50/100/300K тегтер (жұптарды оқу) |
Қызмет көрсету талаптары
| Концентрациясы (нг/µL) | Жалпы сома (нг) | Көлемі (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Топырақ/шлам: 1-2 г
● Жануарлардың ішек құрамы: 0,5-2 г
● Ішектің құрамы - жәндіктер: 0,1-0,25 г
● Өсімдік беті (байытылған тұнба): 0,1-0,5 г
● Ашыту сорпасымен байытылған тұнба): 0,1-0,5 г
● Нәжіс (ірі жануарлар): 0,5-2 г
● Нәжіс (тышқан): 3-5 дән
● Өкпе альвеолярлы жуынды сұйықтық: сүзгі қағазы
● Қынаптан алынған жағынды: 5-6 жағынды
● Тері/жыныстық мүшелерге арналған жағынды/сілекей/ауыз қуысының жұмсақ тіндері/жұтқыншақ жағындысы/тік ішек жағындысы: 2-3 жағынды
● Беткі микроорганизмдер: сүзгі қағазы
● Су айдындары/ауа/биопленка: сүзгі қағазы
● Эндофиттер: 1-2 г
● Тіс тастары: 0,5-1 г
Қызмет көрсету жұмыс ағыны
Үлгіні жеткізу
Кітапхана құрылысы
Реттік реттеу
Деректерді талдау
Сатудан кейінгі қызметтер
Келесі талдауды қамтиды:
- Шикі деректердің сапасын бақылау
- OTU кластерлеуі/шуды азайту (ASV)
- OTU аннотациясы
- Альфа әртүрлілігін талдау: Шеннон, Симпсон және ACE сияқты бірнеше индекстер.
- Бета әртүрлілігін талдау
- Топаралық талдау
- Корреляциялық талдау: қоршаған орта факторлары мен OUT құрамы мен әртүрлілігі арасындағы
- 16S функционалды генін болжау
Таксономик таралудың гистограммасы
таксономиялық молшылықтың кластерлік жылу картасы
Альфа әртүрлілігін талдау: сирек бөліну қисығы
бета әртүрлілігін талдау: NMDS
Топаралық талдау: LEFSE биомаркерлерін ашу
BMKGene компаниясының Illumina компаниясымен бірге ампликонды секвенирлеу қызметтерінің жетістіктерін басылымдардың жинақталған жинағы арқылы зерттеңіз.
Донг, К. және т.б. (2022) «Eucommia ulmoides-тегі ризосфера топырағы мен қабығы микробиотасының жиналуы, негізгі микробиотасы және қызметі», Микробиологиядағы шекаралар, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. және т.б. (2023) 'Тышқандардағы Gardnerella vaginalis тудырған бактериялық вагинозды емдеуге арналған синтетикалық бактериялық консорциум трансплантациясы', Microbiome, 11(1), 1–14 беттер. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. және Liu, H. (2022) 'Жердегі жабық биорегенеративті тіршілікті қолдау эксперименті «Ай сарайы 365» кезінде жиналған ауа шаңының микробиомдары', Environmental Microbiomes, 17(1), 1–20 беттер. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. және т.б. (2022) «Компосттау кезінде азоттың трансформациясымен байланысты функционалды гендердің шикізатқа тәуелді көптігі бақыланатын азот шығыны», Bioresource Technology, 361, 127678-бет. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
