lncrna

Pikad mittekodeerivad RNA-d (lncRNA-d) on RNA-d, mis on pikemad kui 200 nukleotiidi ja millel on madal kodeerimispotentsiaal, kuid kriitiliste regulatiivsete funktsioonidega. BMKCloud lncRNA torujuhe on loodud rRNA-st tühjendatud teekide analüüsimiseks kvaliteetse ja hästi annoteeritud referentsgenoomi abil, analüüsides lncRNA ja mRNA ekspressiooni koos. Pärast lugemise kärpimist ja kvaliteedikontrolli joondatakse lugemised referentsgenoomiga transkriptide kokkupanekuks ja järgnev geenistruktuuri analüüs paljastab alternatiivse splaissingu ja uued geenid. Transkriptid identifitseeritakse mRNA-de või lncRNA-dena ning diferentsiaalse ekspressiooni analüüs tuvastab diferentsiaalselt ekspresseeritud lncRNA-d, nende sihtmärgid ja diferentsiaalselt ekspresseeritud geenid (DEGS-id). Nii DEG-id kui ka diferentsiaalselt ekspresseeritud lncRNA sihtmärgid annoteeritakse funktsionaalselt, et leida rikastatud funktsionaalseid kategooriaid.