Secuenciación de amplicóns (16S/18S/ITS)

A secuenciación de amplicóns (16S/18S/ITS) con Illumina é un método de análise da diversidade microbiana mediante a identificación de perfís microbianos segundo as súas secuencias e, a continuación, un intento de descifrar a riqueza e diversidade da comunidade dentro de cada mostra e entre mostras. A canle de BMKCloud Amplicon (NGS) permite a análise de 16S, 18S, ITS e múltiples xenes funcionais. Comeza co recorte de lecturas, a ensamblaxe de lecturas de extremos emparellados e a avaliación da calidade, seguido da agrupación de lecturas similares para xerar Unidades Taxonómicas Operacionais (OTU) utilizadas en seis seccións de análise diferentes. A anotación taxonómica proporciona información sobre a abundancia e composición relativas de cada mostra, mentres que as análises de diversidade alfa e beta céntranse na diversidade microbiana dentro e entre mostras, respectivamente. A análise diferencial entre grupos atopa OTU que difiren utilizando probas paramétricas e non paramétricas, mentres que a análise de correlación relaciona estas diferenzas con factores ambientais. Finalmente, a abundancia de xenes funcionais predícese en función da abundancia de xenes marcadores, o que proporciona información sobre a función e a ecoloxía en cada mostra.