Secuenciación de amplicones (16S/18S/ITS)

La secuenciación de amplicones (16S/18S/ITS) con Illumina es un método para analizar la diversidad microbiana mediante la identificación de perfiles microbianos según sus secuencias, con el fin de descifrar la riqueza y diversidad de la comunidad dentro de cada muestra y entre muestras. El pipeline BMKCloud Amplicon (NGS) permite el análisis de 16S, 18S, ITS y múltiples genes funcionales. Comienza con el recorte de lecturas, el ensamblaje de lecturas de extremos emparejados y la evaluación de la calidad, seguido de la agrupación de lecturas similares para generar Unidades Taxonómicas Operativas (OTU) utilizadas en seis secciones de análisis diferentes. La anotación taxonómica proporciona información sobre la abundancia relativa y la composición de cada muestra, mientras que los análisis de diversidad alfa y beta se centran en la diversidad microbiana dentro y entre muestras, respectivamente. El análisis diferencial entre grupos encuentra OTU que difieren utilizando pruebas paramétricas y no paramétricas, mientras que el análisis de correlación relaciona estas diferencias con factores ambientales. Finalmente, la abundancia de genes funcionales se predice en función de la abundancia de genes marcadores, lo que proporciona información sobre la función y la ecología en cada muestra.