Secuenciación de amplicones (16S/18S/ITS)

La secuenciación de amplicones (16S/18S/ITS) con Illumina es un método para analizar la diversidad microbiana mediante la identificación de perfiles microbianos según sus secuencias y el posterior intento de descifrar la riqueza y diversidad de la comunidad dentro de cada muestra y entre muestras. El pipeline de amplicones de BMKCloud (NGS) permite el análisis de genes 16S, 18S, ITS y múltiples genes funcionales. Comienza con el recorte de lecturas, el ensamblaje de lecturas paired-end y la evaluación de la calidad, seguido de la agrupación de lecturas similares para generar Unidades Taxonómicas Operativas (UTO) que se utilizan en seis secciones de análisis diferentes. La anotación taxonómica proporciona información sobre la abundancia y composición relativas de cada muestra, mientras que los análisis de diversidad alfa y beta se centran en la diversidad microbiana dentro y entre muestras, respectivamente. El análisis diferencial entre grupos encuentra UTO que difieren mediante pruebas paramétricas y no paramétricas, mientras que el análisis de correlación relaciona estas diferencias con factores ambientales. Finalmente, la abundancia de genes funcionales se predice a partir de la abundancia de genes marcadores, lo que proporciona información sobre la función y la ecología de cada muestra.