การจัดลำดับแอมพลิคอน (16S/18S/ITS)

การจัดลำดับแอมพลิคอน (16S/18S/ITS) ด้วย Illumina เป็นวิธีการวิเคราะห์ความหลากหลายทางชีวภาพของจุลินทรีย์ โดยการระบุโปรไฟล์ของจุลินทรีย์ตามลำดับเบส แล้วพยายามถอดรหัสความอุดมสมบูรณ์และความหลากหลายของชุมชนภายในแต่ละตัวอย่างและระหว่างตัวอย่าง ไปป์ไลน์ BMKCloud Amplicon (NGS) ช่วยให้สามารถวิเคราะห์ 16S, 18S, ITS และยีนที่ทำหน้าที่หลายอย่างได้ เริ่มต้นด้วยการตัดแต่งลำดับเบส การประกอบลำดับเบสแบบคู่ และการประเมินคุณภาพ ตามด้วยการจัดกลุ่มลำดับเบสที่คล้ายกันเพื่อสร้างหน่วยอนุกรมวิธานปฏิบัติการ (OTUs) ซึ่งใช้ในหกส่วนการวิเคราะห์ที่แตกต่างกัน การระบุอนุกรมวิธานให้ข้อมูลเกี่ยวกับความอุดมสมบูรณ์และองค์ประกอบสัมพัทธ์ของแต่ละตัวอย่าง ในขณะที่การวิเคราะห์ความหลากหลายอัลฟาและเบตาจะเน้นที่ความหลากหลายทางชีวภาพของจุลินทรีย์ภายในและระหว่างตัวอย่างตามลำดับ การวิเคราะห์ความแตกต่างระหว่างกลุ่มจะค้นหา OTUs ที่แตกต่างกันโดยใช้ทั้งการทดสอบแบบพาราเมตริกและไม่พาราเมตริก ในขณะที่การวิเคราะห์ความสัมพันธ์จะเชื่อมโยงความแตกต่างเหล่านี้กับปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อม สุดท้ายนี้ ปริมาณยีนที่ทำหน้าที่จะถูกทำนายโดยอิงจากปริมาณยีนเครื่องหมาย ซึ่งให้ข้อมูลเชิงลึกเกี่ยวกับหน้าที่และระบบนิเวศในแต่ละตัวอย่าง