การจัดลำดับแอมพลิคอน (16S/18S/ITS)

การหาลำดับเบส Amplicon (16S/18S/ITS) ด้วย Illumina เป็นวิธีการวิเคราะห์ความหลากหลายของจุลินทรีย์โดยการระบุโปรไฟล์ของจุลินทรีย์ตามลำดับ จากนั้นจึงพยายามถอดรหัสความอุดมสมบูรณ์และความหลากหลายของชุมชนภายในแต่ละตัวอย่างและระหว่างตัวอย่าง กระบวนการ BMKCloud Amplicon (NGS) ช่วยให้สามารถวิเคราะห์ยีน 16S, 18S, ITS และยีนที่มีหน้าที่หลายตัวได้ เริ่มต้นด้วยการตัดแต่งการอ่าน การประกอบการอ่านแบบปลายคู่ และการประเมินคุณภาพ ตามด้วยการจัดกลุ่มของยีนที่อ่านคล้ายกันเพื่อสร้างหน่วยอนุกรมวิธานปฏิบัติการ (OTU) ซึ่งใช้ในส่วนการวิเคราะห์ที่แตกต่างกันหกส่วน คำอธิบายประกอบทางอนุกรมวิธานให้ข้อมูลเกี่ยวกับความอุดมสมบูรณ์สัมพัทธ์และองค์ประกอบของแต่ละตัวอย่าง ในขณะที่การวิเคราะห์ความหลากหลายแบบอัลฟ่าและเบตามุ่งเน้นไปที่ความหลากหลายของจุลินทรีย์ภายในและระหว่างตัวอย่างตามลำดับ การวิเคราะห์ความแตกต่างระหว่างกลุ่มจะค้นหา OTU ที่แตกต่างกันโดยใช้การทดสอบทั้งแบบพารามิเตอร์และแบบไม่ใช่พารามิเตอร์ ในขณะที่การวิเคราะห์สหสัมพันธ์จะเชื่อมโยงความแตกต่างเหล่านี้กับปัจจัยด้านสิ่งแวดล้อม ในที่สุด ความอุดมสมบูรณ์ของยีนการทำงานจะถูกทำนายโดยอาศัยความอุดมสมบูรณ์ของยีนเครื่องหมาย ซึ่งจะทำให้เข้าใจถึงหน้าที่และระบบนิเวศในแต่ละตัวอย่าง