Pengurutan Amplikon (16S/18S/ITS)

Pengurutan amplikon (16S/18S/ITS) dengan Illumina adalah metode untuk menganalisis keanekaragaman mikroba dengan mengidentifikasi profil mikroba berdasarkan urutannya, kemudian mencoba untuk menguraikan kekayaan dan keanekaragaman komunitas di dalam setiap sampel dan antar sampel. Pipeline BMKCloud Amplicon (NGS) memungkinkan analisis 16S, 18S, ITS, dan beberapa gen fungsional. Proses dimulai dengan pemangkasan bacaan, perakitan bacaan berpasangan, dan penilaian kualitas, diikuti oleh pengelompokan bacaan serupa untuk menghasilkan Unit Taksonomi Operasional (OTU) yang digunakan dalam enam bagian analisis yang berbeda. Anotasi taksonomi memberikan informasi tentang kelimpahan relatif dan komposisi setiap sampel, sementara analisis keanekaragaman alfa dan beta berfokus pada keanekaragaman mikroba di dalam dan antar sampel. Analisis diferensial antar kelompok menemukan OTU yang berbeda menggunakan uji parametrik dan non-parametrik, sementara analisis korelasi menghubungkan perbedaan ini dengan faktor lingkungan. Terakhir, kelimpahan gen fungsional diprediksi berdasarkan kelimpahan gen penanda, memberikan wawasan tentang fungsi dan ekologi di setiap sampel.