Секвенаванне ампліконаў (16S/18S/ITS)

Секвенаванне ампліконаў (16S/18S/ITS) з дапамогай Illumina — гэта метад аналізу мікробнай разнастайнасці, які дазваляе вызначыць мікробныя профілі ў адпаведнасці з іх паслядоўнасцямі, а затым паспрабаваць расшыфраваць багацце і разнастайнасць супольнасцей у кожным узоры і паміж узорамі. Канвеер BMKCloud Amplicon (NGS) дазваляе аналізаваць гены 16S, 18S, ITS і некалькі функцыянальных генаў. Ён пачынаецца з абрэзкі прачытаных фрагментаў, зборкі парных канцоў прачытаных фрагментаў і ацэнкі якасці, а затым кластэрызацыі падобных прачытаных фрагментаў для стварэння аперацыйных таксанамічных адзінак (OTU), якія выкарыстоўваюцца ў шасці розных раздзелах аналізу. Таксанамічная анатацыя дае інфармацыю аб адноснай колькасці і складзе кожнага ўзору, у той час як аналіз альфа- і бэта-разнастайнасці сканцэнтраваны на мікробнай разнастайнасці ўнутры і паміж узорамі адпаведна. Дыферэнцыяльны аналіз паміж групамі выяўляе OTU, якія адрозніваюцца, з выкарыстаннем як параметрных, так і непараметрычных тэстаў, у той час як карэляцыйны аналіз звязвае гэтыя адрозненні з фактарамі навакольнага асяроддзя. Нарэшце, колькасць функцыянальных генаў прагназуецца на аснове колькасці маркерных генаў, што дае ўяўленне аб функцыі і экалогіі ў кожным узоры.