Amplikonu sekvencēšana (16S/18S/ITS)

Amplikona (16S/18S/ITS) sekvencēšana ar Illumina ir mikrobu daudzveidības analīzes metode, identificējot mikrobu profilus atbilstoši to sekvencēm un pēc tam mēģinot atšifrēt kopienas bagātību un daudzveidību katrā paraugā un starp paraugiem. BMKCloud Amplicon (NGS) cauruļvads ļauj analizēt 16S, 18S, ITS un vairākus funkcionālos gēnus. Tas sākas ar nolasījumu apgriešanu, pāru galu nolasījumu montāžu un kvalitātes novērtēšanu, kam seko līdzīgu nolasījumu klasterizācija, lai ģenerētu operacionālās taksonomiskās vienības (OTU), kas tiek izmantotas sešās dažādās analīzes sadaļās. Taksonomiskā anotācija sniedz informāciju par katra parauga relatīvo pārpilnību un sastāvu, savukārt alfa un beta daudzveidības analīzes koncentrējas uz mikrobu daudzveidību attiecīgi paraugos un starp tiem. Diferenciālā analīze starp grupām atrod OTU, kas atšķiras, izmantojot gan parametriskus, gan neparametriskus testus, savukārt korelācijas analīze saista šīs atšķirības ar vides faktoriem. Visbeidzot, funkcionālo gēnu pārpilnība tiek prognozēta, pamatojoties uz marķiergēnu pārpilnību, sniedzot ieskatu katra parauga funkcijā un ekoloģijā.