ამპლიკონის სეკვენირება (16S/18S/ITS)

Illumina-ს გამოყენებით ამპლიკონების (16S/18S/ITS) სეკვენირება მიკრობული მრავალფეროვნების ანალიზის მეთოდია, რომელიც ხორციელდება მათი თანმიმდევრობების მიხედვით მიკრობული პროფილების იდენტიფიცირებით და შემდეგ თითოეულ ნიმუშში და ნიმუშებს შორის საზოგადოების სიმდიდრისა და მრავალფეროვნების გაშიფვრის მცდელობით. BMKCloud Amplicon (NGS) მილსადენი საშუალებას იძლევა გაანალიზდეს 16S, 18S, ITS და მრავალი ფუნქციური გენი. ის იწყება წაკითხვის ტრიმინგით, დაწყვილებული ბოლოების წაკითხვის აწყობით და ხარისხის შეფასებით, რასაც მოჰყვება მსგავსი წაკითხვების კლასტერიზაცია ოპერაციული ტაქსონომიური ერთეულების (OTU) გენერირებისთვის, რომლებიც გამოიყენება ექვს სხვადასხვა ანალიზის განყოფილებაში. ტაქსონომიური ანოტაცია იძლევა ინფორმაციას თითოეული ნიმუშის ფარდობითი სიმრავლისა და შემადგენლობის შესახებ, ხოლო ალფა და ბეტა მრავალფეროვნების ანალიზი ფოკუსირებულია მიკრობულ მრავალფეროვნებაზე ნიმუშებში და ნიმუშებს შორის, შესაბამისად. ჯგუფებს შორის დიფერენციალური ანალიზი პოულობს განსხვავებულ OTU-ებს როგორც პარამეტრული, ასევე არაპარამეტრული ტესტების გამოყენებით, ხოლო კორელაციის ანალიზი ამ განსხვავებებს გარემო ფაქტორებს უკავშირებს. და ბოლოს, ფუნქციური გენების სიმრავლე იწინასწარმეტყველება მარკერის გენების სიმრავლის საფუძველზე, რაც იძლევა წარმოდგენას თითოეული ნიმუშის ფუნქციისა და ეკოლოგიის შესახებ.