Pagsunod-sunod ng Amplicon (16S/18S/ITS)

Ang Amplicon (16S/18S/ITS) sequencing gamit ang Illumina ay isang paraan ng pagsusuri ng microbial diversity sa pamamagitan ng pagtukoy sa mga microbial profile ayon sa kanilang mga sequence at pagkatapos ay pagtatangkang tukuyin ang community richness at diversity sa loob ng bawat sample at sa pagitan ng mga sample. Ang BMKCloud Amplicon (NGS) pipeline ay nagbibigay-daan sa pagsusuri ng 16S, 18S, ITS at maraming functional genes. Nagsisimula ito sa read trimming, paired-end read assembly at quality assessment, na sinusundan ng clustering ng mga katulad na reads upang makabuo ng Operational Taxonomic Units (OTUs) na ginagamit sa anim na magkakaibang seksyon ng pagsusuri. Ang taxonomic annotation ay nagbibigay ng impormasyon tungkol sa relatibong kasaganaan at komposisyon ng bawat sample, habang ang alpha at beta diversity analyses ay nakatuon sa microbial diversity sa loob at sa pagitan ng mga sample, ayon sa pagkakabanggit. Ang differential analysis sa pagitan ng mga grupo ay nakakahanap ng mga OTU na magkakaiba gamit ang parehong parametric at non-parametric tests, habang ang correlation analysis ay nag-uugnay sa mga pagkakaibang ito sa mga environmental factor. Panghuli, ang functional gene abundance ay hinuhulaan batay sa marker gene abundance, na nagbibigay ng insight sa function at ecology sa bawat sample.