ריצוף אמפליקונים (16S/18S/ITS)

ריצוף אמפליקון (16S/18S/ITS) עם Illumina הוא שיטה לניתוח גיוון מיקרוביאלי על ידי זיהוי פרופילים מיקרוביאליים לפי הרצפים שלהם ולאחר מכן ניסיון לפענח את העושר והגיוון הקהילתי בתוך כל דגימה ובין דגימות. צינור האמפליקון (NGS) של BMKCloud מאפשר ניתוח של גנים 16S, 18S, ITS וגנים פונקציונליים מרובים. זה מתחיל בחיתוך קריאות, הרכבת קריאות זוגיות והערכת איכות, ולאחר מכן קיבוץ של קריאות דומות כדי ליצור יחידות טקסונומיות תפעוליות (OTUs) המשמשות בשישה מקטעי ניתוח שונים. ביאור טקסונומי מספק מידע על השפע וההרכב היחסיים של כל דגימה, בעוד שניתוחי גיוון אלפא ובטא מתמקדים בגיוון מיקרוביאלי בתוך ובין דגימות, בהתאמה. ניתוח דיפרנציאלי בין קבוצות מוצא OTUs הנבדלים זה מזה באמצעות בדיקות פרמטריות ולא פרמטריות, בעוד שניתוח קורלציה מקשר הבדלים אלה לגורמים סביבתיים. לבסוף, שפע גנים פונקציונלי ניבא על סמך שפע גן סמן, ומספק תובנות לגבי תפקוד ואקולוגיה בכל דגימה.