진핵세포 mRNA 분석 (참조 기반 및 신규 분석 옵션 제공)
이 파이프라인은 NGS RNA-Seq 데이터를 입력으로 사용하여 시퀀싱 데이터 품질 평가를 포함하되 이에 국한되지 않는 다양한 하위 분석 결과를 생성합니다.데 노보전사 부위 주석, 가변 스플라이싱 분석, 차등 발현 분석, 기능 주석 및 풍부도 분석.
장쇄 비코딩 RNA 분석
긴 비코딩 RNA(lncRNA)는 200nt보다 긴 길이를 가진 비코딩 전사체로, 크로마틴 구조 및 조절에 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 있습니다. 고처리량 시퀀싱 기술과 생물정보학의 발전으로 lncRNA 서열 및 위치 정보를 이해하고 중요한 조절 기능을 가진 lncRNA를 식별할 수 있게 되었습니다. 이 파이프라인은 진핵생물 mRNA 분석 파이프라인에서 언급된 분석 외에도 lncRNA 분석 기능을 제공합니다.
16S/18S/ITS 앰플리콘 시퀀싱
앰플리콘 시퀀싱 미생물 다양성 분석 파이프라인은 수년간의 미생물 다양성 프로젝트 분석 경험을 바탕으로 개발되었습니다. 이 파이프라인은 현재 미생물 연구의 주류 분석 내용을 포괄하는 표준화된 기본 분석과 맞춤형 분석을 제공합니다. 분석 보고서는 풍부하고 포괄적이며, 다양한 개인 맞춤 분석을 수행할 수 있는 옵션을 제공합니다. 또한, 샘플 및 그룹을 실시간으로 수정하여 추가적인 맞춤 설정 및 제어가 가능합니다.
샷건 메타게놈 분석
샷건 메타게놈 분석 파이프라인은 환경 샘플에서 추출한 혼합 유전체 물질의 NGS 데이터를 사용합니다. 포함된 분석은 종 다양성 및 풍부도, 개체군 구조, 계통 발생 관계, 기능 유전자, 환경 요인과의 상관관계 네트워크에 대한 자세한 정보를 제공합니다.
NGS-WGS 변이 분석
NGS-WGS 변이 분석은 데이터 품질 관리, 서열 정렬, 주석 및 유전자 돌연변이 분석을 수행하는 통합 변이 검출 파이프라인입니다. 이 파이프라인은 SNP 및 InDel 검출을 위해 GATK의 모범 사례를 따르고 구조적 변이 검출에는 Manta를 사용합니다.
게놈 전체 연관성 연구(GWAS)
GWAS 파이프라인은 이전에 생성된 VCF 파일과 해당 개체군의 표현형 데이터를 입력으로 사용하는 후속 분석 단계입니다. GWAS는 특정한 통계적 방법론을 사용하여 표현형 차이와 연관된 게놈 전체의 뉴클레오티드 변이를 밝히는 것을 목표로 합니다. 이는 복잡한 인간 질병 및 식물과 동물의 복잡한 형질과 관련된 기능 유전자를 탐색하는 데 중요한 역할을 합니다.
대량 분리 분석(BSA)
BSA 분석은 분리 집단에서 극단적인 표현형 특성을 가진 개체들을 한데 모으는 과정을 포함합니다. 이렇게 모인 샘플들 간의 차별적인 유전자좌를 비교함으로써, 이 방법은 목표 유전자와 연관된 밀접하게 연결된 분자 마커를 신속하게 식별합니다. 식물과 동물의 유전자 지도 작성에 널리 사용되는 이 방법은 마커 보조 육종에 매우 유용한 도구입니다.
진화 유전학 분석
진화 유전학 분석 워크플로는 BMKGENE의 광범위한 유전 진화 프로젝트 경험을 활용하며, 계통수 구축, 연관 불균형 분석, 유전적 다양성 평가, 선택적 스윕 식별, 근연도 분석, 주성분 분석 및 개체군 구조 특성화를 포함합니다.
