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제품

메타게놈 시퀀싱 -NGS

메타지놈은 환경 메타게놈, 인간 메타게놈 등 유기체의 혼합 공동체의 전체 유전 물질 집합을 말하며, 재배 가능한 미생물과 재배 불가능한 미생물의 게놈을 모두 포함합니다.Metagenomic sequencing은 환경 시료에서 추출한 혼합 게놈 물질을 분석하는 데 사용되는 분자 도구로 종 다양성 및 풍부도, 개체군 구조, 계통 발생 관계, 기능 유전자 및 환경 요인과의 상관 네트워크에 대한 자세한 정보를 제공합니다.

플랫폼:Illumina NovaSeq 플랫폼


서비스 내용

데모 결과

사례 연구

서비스 장점

● 미생물 군집 프로파일링을 위한 분리 및 무배양

● 환경 시료에 존재하지 않는 종을 고해상도로 검출합니다.

● '메타'라는 개념은 기능적 수준, 종 수준, 유전자 수준의 모든 생물학적 특징을 통합하여 현실에 더 가까운 역동적인 관점을 반영합니다.

● BMK는 10,000개 이상의 샘플을 처리하며 다양한 샘플 유형에 대한 방대한 경험을 축적하고 있습니다.

서비스 사양

 플랫폼

시퀀싱

권장 데이터

처리 시간

Illumina NovaSeq 플랫폼

PE150

6G/10G/20G

45 근무일

생물정보학 분석

● 원시 데이터 품질 관리

● 메타게놈 조립

● 중복되지 않는 유전자 세트 및 주석

● 종 다양성 분석

● 유전기능 다양성 분석

● 그룹 간 분석

● 실험적 요인과의 연관성 분석

liuchengtu11

샘플 요구 사항 및 배송

샘플 요구사항:

을 위한DNA 추출물:

샘플 유형

집중

청정

DNA 추출물

> 30ng

> 1ng/μl

OD260/280= 1.6-2.5

환경 샘플의 경우:

샘플 유형

권장 샘플링 절차

토양

샘플링 양: 약.5g;표면에 남아있는 시든 물질을 제거해야 합니다.큰 조각을 갈아서 2mm 필터를 통과시킵니다.예약을 위해 멸균 EP-튜브 또는 사이로튜브에 샘플을 나누어 담습니다.

대변

샘플링 양: 약.5g;예약을 위해 멸균 EP-튜브 또는 저온튜브에서 샘플을 수집하고 분취합니다.

장 내용물

샘플은 무균 상태에서 처리되어야 합니다.수집된 조직을 PBS로 세척합니다.PBS를 원심분리하고 EP-튜브에서 침전물을 수집합니다.

진흙

샘플링 양: 약.5g;예약을 위해 멸균 EP-튜브 또는 저온튜브에서 슬러지 샘플을 수집하고 분취합니다.

수역

수돗물, 우물물 등 미생물 양이 제한된 시료의 경우 최소 1L의 물을 수집하고 0.22μm 필터를 통과하여 막에 있는 미생물을 농축합니다.멤브레인을 멸균 튜브에 보관하십시오.

피부

멸균된 면봉이나 수술용 칼날로 피부 표면을 조심스럽게 긁어낸 후 멸균 튜브에 넣습니다.

권장 샘플 배송

샘플을 액체질소에서 3~4시간 동안 동결시킨 후 액체질소 또는 장기 보관을 위해 영하 80도에 보관하세요.드라이아이스를 이용한 샘플 배송이 필요합니다.

서비스 작업 흐름

샘플 배송

샘플 배송

도서관 준비

도서관 건립

시퀀싱

시퀀싱

데이터 분석

데이터 분석

판매 서비스 후

판매 후 서비스


  • 이전의:
  • 다음:

  • 1.히스토그램: 종 분포

    삼

    2.KEGG 대사 경로에 주석이 달린 기능성 유전자

    4

    3. 히트맵: 상대적인 유전자 풍부도를 기반으로 한 미분 함수54.CARD 항생제 내성 유전자의 Circos

    6

    BMK 케이스

    토양 맹그로브 뿌리 연속체를 따라 항생제 저항성 유전자와 세균성 병원체의 유병률

    게시된 날짜:유해물질 저널, 2021

    시퀀싱 전략:

    재료: 맹그로브 뿌리 관련 샘플 4개 조각의 DNA 추출물: 심지 않은 토양, 근권, 표면권 및 내권 구획
    플랫폼: Illumina HiSeq 2500
    대상: 메타지놈
    16S rRNA 유전자 V3-V4 영역

    주요 결과

    토양에서 식물로 항생제 저항성 유전자(ARG)의 전파를 연구하기 위해 맹그로브 묘목의 토양-뿌리 연속체에 대한 메타유전체 시퀀싱 및 메타바코딩 프로파일링을 처리했습니다.Metagenomic 데이터에 따르면 위에서 언급한 4개의 토양 구획 모두에서 항생제 내성 유전자의 91.4%가 공통적으로 식별되었으며 이는 지속적인 방식을 보여주었습니다.16S rRNA 앰플리콘 서열분석은 346종을 대표하는 29,285개의 서열을 생성했습니다.앰플리콘 서열 분석을 통한 종 프로파일링과 결합하여 이러한 전파는 뿌리 관련 미생물군과 무관한 것으로 밝혀졌지만 유전 요소의 이동에 의해 촉진될 수 있습니다.이 연구는 상호 연결된 토양-뿌리 연속체를 통해 토양에서 식물로 ARG와 병원균의 흐름을 확인했습니다.

    참조

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).토양-맹그로브 뿌리 연속체를 따라 항생제 저항성 유전자와 박테리아 병원균의 유병률.유해 물질 저널, 408, 124985.

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