메타게놈 시퀀싱 -NGS
메타게놈은 환경 메타게놈과 인간 메타게놈과 같은 혼합된 생물 군집의 전체 유전 물질의 집합체입니다. 여기에는 배양 가능한 미생물과 배양 불가능한 미생물의 유전체가 모두 포함됩니다. NGS를 이용한 샷건 메타게놈 시퀀싱은 분류학적 프로파일링 이상의 정보를 제공하여 환경 시료에 내재된 이러한 복잡한 유전체적 환경을 연구할 수 있도록 하며, 종 다양성, 개체군 밀도 역학, 그리고 복잡한 개체군 구조에 대한 세부적인 통찰력을 제공합니다. 샷건 메타게놈은 분류학적 연구 외에도 기능 유전체학적 관점을 제공하여 암호화된 유전자와 생태학적 과정에서의 추정 역할을 탐구할 수 있도록 합니다. 마지막으로, 유전적 요소와 환경 요인 간의 상관관계 네트워크 구축은 미생물 군집과 그 생태적 배경 간의 복잡한 상호작용에 대한 총체적인 이해에 기여합니다. 결론적으로, 메타게놈 시퀀싱은 다양한 미생물 군집의 유전체적 복잡성을 밝히는 데 중요한 도구로서, 이러한 복잡한 생태계 내에서 유전학과 생태학 사이의 다면적인 관계를 밝혀냅니다.
플랫폼: Illumina NovaSeq 및 DNBSEQ-T7
서비스 장점
●미생물 군집 프로파일링을 위한 분리 및 무배양 방법: 배양할 수 없는 생물체의 유전 물질의 시퀀싱을 가능하게 합니다.
●고해상도: 환경 샘플에서 풍부도가 낮은 종을 감지합니다.
●포괄적인 생물정보학 분석:분류학적 다양성뿐만 아니라 공동체의 기능적 다양성에도 초점을 맞췄습니다.
●풍부한 경험:다양한 연구 분야에서 다수의 메타게놈학 프로젝트를 성공적으로 마무리하고 20만 개가 넘는 샘플을 처리한 실적을 바탕으로, 저희 팀은 모든 프로젝트에 풍부한 경험을 제공합니다.
서비스 사양
| 시퀀싱 플랫폼 | 시퀀싱 전략 | 추천 데이터 | 품질 관리 |
| Illumina NovaSeq 또는 DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20Gb | Q30≥85% |
서비스 요구 사항
| 농도(ng/µL) | 총량(ng) | 용량(µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● 토양/슬러지 : 2-3g
● 장내 내용물-동물 : 0.5-2g
● 장내 내용물-곤충 : 0.1-0.25g
● 식물 표면(농축 퇴적물) : 0.5-1g
● 발효액 농축 침전물): 0.2-0.5g
● 대변(대형동물) : 0.5~2g
● 분변(쥐): 3-5그레인
● 폐포세척액: 여과지
● 질 면봉 : 5~6회
● 피부/생식기 면봉/타액/구강 연조직/인두 면봉/직장 면봉: 2~3회
● 표면 미생물 : 5~6회 면봉
● 수역/공기/바이오필름 : 여과지
● 내생균 : 2-3g
● 치태 : 0.5~1g
서비스 워크플로
샘플 배송
도서관 건설
시퀀싱
데이터 분석
애프터 서비스
다음 분석이 포함됩니다.
● 시퀀싱 데이터 품질 관리
● 메타게놈 조립 및 유전자 예측
● 유전자 주석
● 분류학적 알파 다양성 분석
● 군집 기능 분석: 생물학적 기능, 대사, 항생제 내성
● 기능적 다양성과 분류학적 다양성에 대한 분석:
베타 다양성 분석
집단 간 분석
상관관계 분석: 환경 요인과 OUT 구성 및 다양성 간
기능 분석: CARD 항생제 내성
KEGG 대사 경로의 차등 분석: 주요 경로의 히트맵
분류학적 분포의 알파 다양성: ACE 지수
분류학적 분포의 베타 다양성: PCoA
Illumina와 협력하여 큐레이팅된 출판물 컬렉션을 통해 BMKGene의 메타게놈 시퀀싱 서비스를 통해 이루어진 발전을 살펴보세요.
Hai, Q. et al. (2023) '감염성 조혈괴사 바이러스에 감염된 무지개송어(Oncorhynchus mykiss)의 장내 내용물 변화에 대한 메타게놈 및 대사체 분석',미생물학의 최전선, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) '다양한 영양 상태의 도시 호수에서의 미생물 군집, 내성 유전자 및 내성 위험: 내부 연결 및 외부 영향',유해물질진흥저널, 9, p. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) '메타게놈 분석을 통해 양 반추위의 액체 관련 미생물과 고체 관련 미생물의 구성 및 기능 차이가 밝혀졌습니다.'미생물학의 최전선, 13, p. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) '비만 Ningxiang 돼지 유래 미생물군은 마른 DLY 돼지의 근육 지방산 축적을 촉진하기 위해 카르니틴 대사를 재구성합니다.'혁신, 4(5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) '중국 Haihe 강어귀 상류 및 하류의 대표적인 생물학적/비분해성 플라스틱 및 비플라스틱 파편의 잠재적 위험에 대한 메타게놈학적 통찰력'전체 환경 과학, 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
