Metagenomic 시퀀싱 -NGS
서비스 장점
● 미생물 군집 프로파일링을 위한 분리 및 무배양
● 환경 샘플에서 미미한 종을 높은 해상도로 검출
● "meta-"의 개념은 기능적 수준, 종 수준 및 유전자 수준에서 모든 생물학적 특징을 통합하여 현실에 가까운 역동적인 관점을 반영합니다.
● BMK는 10,000개 이상의 샘플을 처리하는 다양한 샘플 유형에 대한 방대한 경험을 축적하고 있습니다.
서비스 사양
| 플랫폼 | 시퀀싱 | 추천 데이터 | 처리 시간 |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE150 | 6G/10G/20G | 45일 |
생물 정보학 분석
● 원시 데이터 품질 관리
● 메타게놈 어셈블리
● 비중복 유전자 세트 및 주석
● 종 다양성 분석
● 유전적 기능 다양성 분석
● 그룹 간 분석
● 실험적 요인에 대한 연관성 분석
샘플 요구 사항 및 배송
샘플 요구 사항:
을 위한DNA 추출물:
| 샘플 유형 | 양 | 집중 | 청정 |
| DNA 추출물 | ＞ 100ng | ＞ 1ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
환경 샘플의 경우:
| 샘플 유형 | 권장 샘플링 절차 |
| 토양 | 샘플링 량: 약.5g;남은 시든 물질은 표면에서 제거해야 합니다.큰 조각을 갈아서 2mm 필터를 통과하십시오.예약을 위해 멸균 EP-튜브 또는 cyrotube의 분취량 샘플. |
| 대변 | 샘플링 량: 약.5g;예약을 위해 멸균 EP-튜브 또는 저온 튜브에 샘플을 수집하고 분주합니다. |
| 장 내용물 | 샘플은 무균 상태에서 처리해야 합니다.수집된 조직을 PBS로 세척하십시오.PBS를 원심분리하고 EP-튜브에서 침전제를 수집합니다. |
| 진흙 | 샘플링 량: 약.5g;예약을 위해 멸균 EP-튜브 또는 저온 튜브에 슬러지 샘플 수집 및 분주 |
| 수역 | 수돗물, 우물물 등 미생물 양이 제한된 시료의 경우 최소 1L의 물을 모아 0.22μm 필터를 통과시켜 멤브레인에 미생물을 풍부하게 합니다.멤브레인을 멸균 튜브에 보관하십시오. |
| 피부 | 멸균 면봉이나 수술용 칼날로 피부 표면을 조심스럽게 긁어 멸균 튜브에 넣습니다. |
권장 샘플 배송
샘플을 액체 질소에서 3-4시간 동안 동결하고 액체 질소 또는 -80도에서 장기간 보관하십시오.드라이 아이스와 함께 샘플 배송이 필요합니다.
서비스 작업 흐름
샘플 배송
도서관 건설
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
1.히스토그램: 종 분포
2. KEGG 대사 경로에 주석이 달린 기능적 유전자
3.Heat map: 상대 유전자 풍부도에 따른 미분 함수
4. CARD 항생제 내성 유전자의 Circos
비엠케이 케이스
토양-맹그로브 뿌리 연속체를 따라 항생제 내성 유전자 및 세균성 병원균의 유병률
게시됨:위험 물질 저널, 2021
시퀀싱 전략:
재료: 맹그로브 뿌리 관련 샘플 4개 조각의 DNA 추출물: 심지 않은 토양, 근권, 표피 및 내구 구획
플랫폼: Illumina HiSeq 2500
대상: 메타게놈
16S rRNA 유전자 V3-V4 영역
주요 결과
맹그로브 묘목의 토양-뿌리 연속체에 대한 Metagenomic 시퀀싱 및 메타바코딩 프로파일링은 토양에서 식물로 항생제 내성 유전자(ARG)의 전파를 연구하기 위해 처리되었습니다.Metagenomic 데이터는 항생제 내성 유전자의 91.4%가 위에서 언급한 4개의 토양 구획 모두에서 공통적으로 확인되었으며, 이는 지속적인 방식을 보였다.16S rRNA amplicon 시퀀싱은 346종을 나타내는 29,285개의 서열을 생성했습니다.앰플리콘 시퀀싱에 의한 종 프로파일링과 결합하여 이 보급은 뿌리 관련 미생물군과 독립적인 것으로 밝혀졌지만 유전 요소의 이동에 의해 촉진될 수 있습니다.이 연구는 상호 연결된 토양-뿌리 연속체를 통해 토양에서 식물로의 ARG 및 병원균의 흐름을 확인했습니다.
참조
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).토양-맹그로브 뿌리 연속체를 따라 항생제 내성 유전자와 세균성 병원균의 유병률.위험 물질 저널, 408, 124985.
