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제품

Metagenomic 시퀀싱 -NGS

메타게놈은 환경메타게놈, 인간메타게놈 등 유기체가 혼합된 군집의 전체 유전물질 집합체를 말하며, 배양가능 미생물과 배양불능 미생물의 유전체를 모두 포함한다.Metagenomic sequencing은 환경 샘플에서 추출한 혼합 게놈 물질을 분석하는 데 사용되는 분자 도구로 종 다양성 및 풍부성, 개체군 구조, 계통 발생 관계, 기능 유전자 및 환경 요인과의 상관 네트워크에 대한 자세한 정보를 제공합니다.

플랫폼:일루미나 NovaSeq6000


서비스 내용

데모 결과

사례 연구

서비스 장점

● 미생물 군집 프로파일링을 위한 분리 및 무배양

● 환경 샘플에서 미미한 종을 높은 해상도로 검출

● "meta-"의 개념은 기능적 수준, 종 수준 및 유전자 수준에서 모든 생물학적 특징을 통합하여 현실에 가까운 역동적인 관점을 반영합니다.

● BMK는 10,000개 이상의 샘플을 처리하는 다양한 샘플 유형에 대한 방대한 경험을 축적하고 있습니다.

서비스 사양

 플랫폼

시퀀싱

추천 데이터

처리 시간

Illumina NovaSeq 6000

PE150

6G/10G/20G

45일

생물 정보학 분석

● 원시 데이터 품질 관리

● 메타게놈 어셈블리

● 비중복 유전자 세트 및 주석

● 종 다양성 분석

● 유전적 기능 다양성 분석

● 그룹 간 분석

● 실험적 요인에 대한 연관성 분석

liuchengtu11

샘플 요구 사항 및 배송

샘플 요구 사항:

을 위한DNA 추출물:

샘플 유형

집중

청정

DNA 추출물

> 100ng

> 1ng/μl

OD260/280= 1.6-2.5

환경 샘플의 경우:

샘플 유형

권장 샘플링 절차

토양

샘플링 량: 약.5g;남은 시든 물질은 표면에서 제거해야 합니다.큰 조각을 갈아서 2mm 필터를 통과하십시오.예약을 위해 멸균 EP-튜브 또는 cyrotube의 분취량 샘플.

대변

샘플링 량: 약.5g;예약을 위해 멸균 EP-튜브 또는 저온 튜브에 샘플을 수집하고 분주합니다.

장 내용물

샘플은 무균 상태에서 처리해야 합니다.수집된 조직을 PBS로 세척하십시오.PBS를 원심분리하고 EP-튜브에서 침전제를 수집합니다.

진흙

샘플링 량: 약.5g;예약을 위해 멸균 EP-튜브 또는 저온 튜브에 슬러지 샘플 수집 및 분주

수역

수돗물, 우물물 등 미생물 양이 제한된 시료의 경우 최소 1L의 물을 모아 0.22μm 필터를 통과시켜 멤브레인에 미생물을 풍부하게 합니다.멤브레인을 멸균 튜브에 보관하십시오.

피부

멸균 면봉이나 수술용 칼날로 피부 표면을 조심스럽게 긁어 멸균 튜브에 넣습니다.

권장 샘플 배송

샘플을 액체 질소에서 3-4시간 동안 동결하고 액체 질소 또는 -80도에서 장기간 보관하십시오.드라이 아이스와 함께 샘플 배송이 필요합니다.

서비스 작업 흐름

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샘플 배송

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도서관 건설

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시퀀싱

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데이터 분석

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판매 후 서비스


  • 이전의:
  • 다음:

  • 1.히스토그램: 종 분포

    삼

    2. KEGG 대사 경로에 주석이 달린 기능적 유전자

    4

    3.Heat map: 상대 유전자 풍부도에 따른 미분 함수54. CARD 항생제 내성 유전자의 Circos

    6

    비엠케이 케이스

    토양-맹그로브 뿌리 연속체를 따라 항생제 내성 유전자 및 세균성 병원균의 유병률

    게시됨:위험 물질 저널, 2021

    시퀀싱 전략:

    재료: 맹그로브 뿌리 관련 샘플 4개 조각의 DNA 추출물: 심지 않은 토양, 근권, 표피 및 내구 구획
    플랫폼: Illumina HiSeq 2500
    대상: 메타게놈
    16S rRNA 유전자 V3-V4 영역

    주요 결과

    맹그로브 묘목의 토양-뿌리 연속체에 대한 Metagenomic 시퀀싱 및 메타바코딩 프로파일링은 토양에서 식물로 항생제 내성 유전자(ARG)의 전파를 연구하기 위해 처리되었습니다.Metagenomic 데이터는 항생제 내성 유전자의 91.4%가 위에서 언급한 4개의 토양 구획 모두에서 공통적으로 확인되었으며, 이는 지속적인 방식을 보였다.16S rRNA amplicon 시퀀싱은 346종을 나타내는 29,285개의 서열을 생성했습니다.앰플리콘 시퀀싱에 의한 종 프로파일링과 결합하여 이 보급은 뿌리 관련 미생물군과 독립적인 것으로 밝혀졌지만 유전 요소의 이동에 의해 촉진될 수 있습니다.이 연구는 상호 연결된 토양-뿌리 연속체를 통해 토양에서 식물로의 ARG 및 병원균의 흐름을 확인했습니다.

    참조

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L.(2020).토양-맹그로브 뿌리 연속체를 따라 항생제 내성 유전자와 세균성 병원균의 유병률.위험 물질 저널, 408, 124985.

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