메타게놈 시퀀싱 - NGS
메타게놈은 환경 및 인간 메타게놈과 같이 다양한 미생물 군집의 전체 유전 물질을 모아놓은 것입니다. 여기에는 배양 가능한 미생물과 배양 불가능한 미생물의 게놈이 모두 포함됩니다. 차세대 염기서열 분석(NGS)을 이용한 샷건 메타게놈 시퀀싱은 환경 시료에 내재된 이러한 복잡한 게놈 구조를 연구할 수 있게 해줍니다. 단순한 분류학적 분석을 넘어 종 다양성, 개체수 변동, 복잡한 개체군 구조에 대한 세밀한 분석까지 가능하게 합니다. 분류학적 연구를 넘어, 샷건 메타게놈 분석은 기능 유전체학적 관점을 제공하여 암호화된 유전자와 생태학적 과정에서의 잠재적 역할을 탐색할 수 있도록 합니다. 또한, 유전적 요소와 환경적 요인 간의 상관관계 네트워크를 구축함으로써 미생물 군집과 그 생태학적 배경 간의 복잡한 상호작용을 총체적으로 이해할 수 있습니다. 결론적으로, 메타게놈 시퀀싱은 다양한 미생물 군집의 게놈적 복잡성을 밝히고 이러한 복잡한 생태계 내에서 유전학과 생태학 간의 다면적인 관계를 규명하는 데 중요한 도구입니다.
플랫폼: Illumina NovaSeq 및 DNBSEQ-T7
서비스 장점
●미생물 군집 프로파일링을 위한 분리 및 배양 없는 방법배양 불가능한 유기체의 유전 물질 염기서열 분석을 가능하게 합니다.
●고해상도환경 시료에서 저농도 종을 검출합니다.
●종합적인 생물정보학 분석:분류학적 다양성뿐만 아니라 군집의 기능적 다양성에도 초점을 맞추었습니다.
●풍부한 경험:다양한 연구 분야에서 여러 메타게놈 프로젝트를 성공적으로 완료하고 20만 개 이상의 샘플을 처리한 실적을 보유한 저희 팀은 모든 프로젝트에 풍부한 경험을 제공합니다.
서비스 사양
| 시퀀싱 플랫폼 | 시퀀싱 전략 | 데이터 권장 사항 | 품질 관리 |
| 일루미나 노바시퀀스 또는 DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20GB | Q30≥85% |
서비스 요구사항
| 농도(ng/µL) | 총량(ng) | 부피(µL) |
| ≥1 | 30세 이상 | 20세 이상 |
● 토양/슬러지: 2-3g
● 장 내용물(동물 기준): 0.5~2g
● 곤충의 장 내용물: 0.1-0.25g
● 식물 표면(부유 침전물): 0.5-1g
● 발효액 농축 침전물): 0.2-0.5g
● 대변 (대형 동물): 0.5-2g
● 대변(쥐): 3-5 그레인
● 폐포 세척액: 여과지
● 질 분비물 검사: 5~6개
● 피부/생식기 면봉/타액/구강 연조직/인두 면봉/직장 면봉: 2-3개
● 표면 미생물: 면봉 5~6개
● 수역/공기/생물막: 여과지
● 내생균: 2-3g
● 치태: 0.5-1g
서비스 워크플로우
샘플 배송
도서관 건설
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
다음 분석 내용이 포함됩니다.
● 시퀀싱 데이터 품질 관리
● 메타게놈 조립 및 유전자 예측
● 유전자 주석
● 분류학적 알파 다양성 분석
● 군집의 기능 분석: 생물학적 기능, 대사, 항생제 내성
● 기능적 다양성과 분류학적 다양성 모두에 대한 분석:
베타 다양성 분석
그룹 간 분석
환경 요인과 OUT 구성 및 다양성 간의 상관관계 분석
기능 분석: CARD 항생제 내성
KEGG 대사 경로의 차별적 분석: 주요 경로의 히트맵
분류학적 분포의 알파 다양성: ACE 지수
분류학적 분포의 베타 다양성: PCoA
BMKGene의 일루미나 메타게놈 시퀀싱 서비스가 가져온 발전상을 엄선된 논문 모음을 통해 살펴보세요.
Hai, Q. et al. (2023) '다양한 양식 수온에서 전염성 조혈 괴사 바이러스에 감염된 무지개송어(Oncorhynchus mykiss)의 장 내용물 변화에 대한 메타게놈 및 대사체 분석'미생물학의 최전선, 14, p. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) '다양한 영양 상태의 도시 호수에서 미생물 군집, 저항성 유전자 및 저항체 위험: 내부 연결 및 외부 영향',유해물질 발전 저널, 9, p. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) '메타게놈 분석을 통해 양의 반추위 내 액체 관련 미생물과 고체 관련 미생물의 구성 및 기능 차이가 밝혀졌다',미생물학의 최전선, 13, p. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) '비만 닝샹 돼지 유래 미생물총이 마른 DLY 돼지의 근육 지방산 축적을 촉진하기 위해 카르니틴 대사를 재구성함',혁신, 4(5), p. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) '중국 하이허 하구 상류 및 하류에서 대표적인 생분해성/비분해성 플라스틱 및 비플라스틱 파편의 잠재적 위험에 대한 메타게놈적 통찰',총체적 환경 과학, 887, p. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
