Hi-C 기반 게놈 어셈블리
Hi-C는 근접 기반 상호작용 탐지와 고처리량 시퀀싱을 결합하여 염색체 구조를 파악하도록 설계된 방법입니다. 이러한 상호작용의 강도는 염색체 상의 물리적 거리와 음의 상관관계를 갖는 것으로 알려져 있습니다. 따라서 Hi-C 데이터는 조립된 서열들을 게놈 초안에서 클러스터링, 순서 지정, 방향 설정에 활용하고, 특정 개수의 염색체에 고정하는 데 사용됩니다. 이 기술은 집단 기반 유전자 지도가 없는 상황에서도 염색체 수준의 게놈 조립을 가능하게 합니다. 모든 게놈에는 Hi-C 분석이 필요합니다.
서비스 특징
● Illumina NovaSeq PE150 장비를 이용한 시퀀싱.
● 이 서비스는 추출된 핵산 대신 조직 샘플을 사용하여 포름알데히드로 가교시켜 DNA-단백질 상호작용을 보존합니다.
● Hi-C 실험은 점착성 말단의 제한 및 비오틴을 이용한 말단 복구 과정을 포함하며, 그 결과 생성된 무딘 말단을 상호작용을 유지하면서 원형화합니다. 그런 다음 스트렙타비딘 비드를 이용하여 DNA를 침전시키고 정제하여 후속 라이브러리 준비를 진행합니다.
서비스 장점
Hi-C 개요
(리버만-에이든 E 외,과학, 2009)
●유전적 인구 데이터의 필요성 제거:Hi-C는 컨티그 앵커링에 필요한 필수 정보를 대체합니다.
●높은 마커 밀도:그 결과 90% 이상의 높은 컨티그 고정 비율을 달성했습니다.
●풍부한 전문 지식과 출판 실적:BMKGene은 1,000여 종에 걸친 2,000건 이상의 Hi-C 게놈 어셈블리 경험과 다양한 특허를 보유하고 있습니다. 200건 이상의 발표된 사례는 누적 영향력 지수(impact factor)가 2,000을 넘습니다.
●고도로 숙련된 생물정보학 팀:Hi-C 실험 및 데이터 분석을 위한 자체 특허 및 소프트웨어 저작권을 보유한 자체 개발 시각화 데이터 소프트웨어는 수동으로 블록을 이동, 되돌리기, 취소 및 다시 실행할 수 있도록 합니다.
●판매 후 지원:저희는 프로젝트 완료 후에도 3개월간의 사후 관리 서비스를 제공하여 고객 만족을 최우선으로 생각합니다. 이 기간 동안 프로젝트 진행 상황 점검, 문제 해결 지원, 그리고 결과 관련 문의 사항에 대한 질의응답 시간을 제공합니다.
●종합 주석우리는 여러 데이터베이스를 활용하여 식별된 변이를 가진 유전자에 기능적 주석을 달고 해당 풍부도 분석을 수행함으로써 다양한 연구 프로젝트에 대한 통찰력을 제공합니다.
서비스 사양
| 도서관 준비 | 시퀀싱 전략 | 권장 데이터 출력 | 품질 관리 |
| Hi-C 라이브러리 | 일루미나 노바시크 PE150 | 100배 | Q30 ≥ 85% |
샘플 요구 사항
| 조직 | 필요한 금액 |
| 동물의 내장 | 1g 이상 |
| 동물 근육 | |
| 포유류 혈액 | 2mL 이상 |
| 가금류/생선 피 | |
| 식물 - 신선한 잎 | 2g 이상 |
| 배양 세포 | ≥ 1x107 |
| 곤충 | 1g 이상 |
| 수생 생물 - 근육 조직 | 1g 이상 |
| 수생 생물 - 조류 | 2g 이상 |
서비스 워크플로우
실험 설계
샘플 배송
도서관 건설
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
1) 원시 데이터 품질 관리
2) Hi-C 라이브러리 QC: 유효한 Hi-C 상호작용 추정
3) Hi-C 어셈블리: 컨티그를 그룹으로 묶은 후, 각 그룹 내에서 컨티그 순서를 정하고 컨티그 방향을 지정합니다.
4) Hi-C 평가
Hi-C 라이브러리 QC – Hi-C 유효 상호작용 쌍 추정
Hi-C 조립 - 통계
조립 후 평가 – 빈 사이 신호 강도의 히트맵
BMKGene의 Hi-C 어셈블리 서비스가 가능하게 한 발전 사항들을 엄선된 간행물 모음을 통해 살펴보세요.
Tian, T. et al. (2023) '주요 가뭄 저항성 옥수수 유전자원의 게놈 조립 및 유전적 분석', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) '아시아 꿀벌 Apis cerana 게놈의 염색체 규모 조립', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) '가지과(Solanaceae)의 두 게놈을 분석하여 트로판 알칼로이드 생합성의 진화를 밝히다', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) '반얀나무와 수분매개벌의 게놈은 무화과-벌 공진화에 대한 통찰력을 제공한다', Cell, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
