De novo 박테리아 게놈 어셈블리
저희는 갭이 전혀 없는 완벽한 세균 게놈 어셈블리 서비스를 제공합니다. 이는 나노포어(Nanopore) 및 팩바이오(PacBio)와 같은 장거리 시퀀싱 기술을 어셈블리에 활용하고, 일루미나(Illumina)를 이용한 단거리 시퀀싱 기술을 어셈블리 검증 및 ONT 리드 오류 수정에 통합함으로써 가능합니다. 저희 서비스는 어셈블리, 기능 주석, 고급 생물정보학 분석에 이르는 완벽한 생물정보학 워크플로우를 제공하여 특정 연구 목표를 달성할 수 있도록 지원합니다. 이 서비스를 통해 다양한 유전학 및 게놈 연구를 위한 정확한 참조 게놈을 구축할 수 있습니다. 또한, 균주 최적화, 유전자 공학, 미생물 기술 개발과 같은 응용 분야의 기반을 마련하여 과학적 통찰력과 생명공학적 혁신을 촉진하는 데 필수적인 신뢰할 수 있고 갭 없는 게놈 데이터를 제공합니다.
서비스 특징
● 원하는 유전체 완전성 수준에 따라 두 가지 옵션 중에서 선택할 수 있습니다.
● 게놈 초안 옵션: Illumina NovaSeq PE150을 이용한 단일 염기서열 분석.
● 갭이 0개인 완전한 게놈.
● 게놈 조립을 위해 Nanopore PromethION 48 또는 PacBio Revio를 이용한 장거리 시퀀싱을 수행합니다.
● 일루미나 노바시퀀싱(Illumina NovaSeq)을 이용한 단일 염기서열 분석을 통해 게놈 검증 및 오류 수정(나노포어) 또는 게놈 초안 생성을 수행합니다.
서비스 장점
●제로갭 게놈 보장이는 일루미나 시퀀싱과 장거리 시퀀싱(나노포어 또는 팩바이오)의 통합 덕분입니다.
●생물정보학 워크플로우 전체 보기:여기에는 게놈 조립 및 다양한 게놈 요소 예측, 기능 유전자 주석, 그리고 Circos 플롯과 같은 게놈 시각화가 포함됩니다.
●폭넓은 전문 지식2만 개 이상의 미생물 게놈을 구축한 BMKGENE은 10년 이상의 경험, 뛰어난 분석팀, 포괄적인 콘텐츠 및 탁월한 사후 지원을 제공합니다.
●판매 후 지원:저희는 프로젝트 완료 후에도 3개월간의 사후 관리 서비스를 제공하여 고객 만족을 최우선으로 생각합니다. 이 기간 동안 프로젝트 진행 상황 점검, 문제 해결 지원, 그리고 결과 관련 문의 사항에 대한 질의응답 시간을 제공합니다.
●다양한 시퀀싱 전략을 사용할 수 있습니다.연구 목표와 유전체 완전성에 대한 요구 사항이 다르기 때문입니다.
서비스 사양
| 서비스 | 시퀀싱 전략 |
| 게놈 초안 | 일루미나 PE150 100배율 |
| 0 갭 게놈 | 나노포어 100배 + 일루미나 PE150 100배 Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (선택 사항) |
샘플 요구 사항:
| 농도(ng/µL) | 총량(µg) | 부피(µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| 팩바이오 | 20세 이상 | ≥1.2 | 20세 이상 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| 나노포어 | 40세 이상 | ≥2 | 20세 이상 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| 일루미나 | ≥1 | ≥0.06 | 20세 이상 | - | - |
· 박테리아: ≥3.5x1010 세포
서비스 워크플로우
샘플 배송
도서관 건설
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
다음 분석 내용이 포함됩니다.
● 시퀀싱 데이터 품질 관리
● 게놈 어셈블리
● 게놈 구성 요소 분석: CDS 및 다양한 게놈 요소 예측
● GO, KEGG 등 여러 일반 데이터베이스와 CARD, CAZy 등 고급 데이터베이스를 활용한 기능 주석
● 게놈 시각화
저희는 쉽게 접근할 수 있는 fasta 형식의 게놈 데이터와 게놈 주석 파일(gff)을 제공합니다.
유전자 주석 – GO
유전자 주석 – CAZY 탄수화물
게놈 시각화 – Circos 플롯
BMKGene의 박테리아 게놈 조립 서비스가 가져온 발전상을 엄선된 논문 모음을 통해 살펴보세요.
Dai, W. et al. (2023) '건강한 인간 결장에서 유래한 궤양성 대장염 치료를 위한 안전하고 새로운 프로바이오틱 박테리아인 Bacteroides uniformis F18-22의 발견'국제 분자 과학 저널, 24(19), p. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) '중국 야생동물에서 분리된 blaOXA-1 및 blaNDM-1 유전자를 보유한 다제내성 Proteus mirabilis 균주: 공중보건 위험 증가'통합 동물학, 16(6), pp. 798–809. 도이: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) '내생균 Bacillus flexus KLBMP 4941의 전체 게놈 서열 분석을 통해 식물 생장 촉진 메커니즘과 내염성 유전적 기반을 밝혀냈다',생명공학 저널, 260, 38~41페이지. 도이: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) '클렙시엘라의 다중 복제체 내성 플라스미드는 항균 유전자의 광범위한 확산을 매개합니다',미생물학의 최전선, 12, p. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
