De novo 박테리아 게놈 어셈블리
저희는 완벽한 박테리아 유전체 조립 서비스를 제공하며, 갭(gap)을 최소화합니다. 이는 Nanopore 및 PacBio와 같은 롱 리드(long-read) 시퀀싱 기술과 Illumina의 숏 리드(short-read) 시퀀싱 기술을 통합하여 조립 검증 및 ONT 리드 오류 수정을 통해 가능합니다. 저희 서비스는 조립, 기능 주석, 고급 생물정보학 분석에 이르는 완벽한 생물정보학 워크플로우를 제공하여 특정 연구 목표를 달성합니다. 이 서비스를 통해 다양한 유전 및 유전체 연구를 위한 정밀한 참조 유전체를 개발할 수 있습니다. 또한, 균주 최적화, 유전공학, 미생물 기술 개발과 같은 응용 분야의 기반을 제공하여 과학적 통찰력과 생명공학 혁신을 발전시키는 데 필수적인 신뢰성 있고 갭 없는 유전체 데이터를 보장합니다.
서비스 특징
● 원하는 게놈 완성도에 따라 두 가지 옵션을 선택할 수 있습니다.
● 초안 게놈 옵션: Illumina NovaSeq PE150을 사용한 단편 판독 시퀀싱.
● 0갭 유전체 완성.
● 게놈 조립을 위해 Nanopore PromethION 48 또는 PacBio Revio에서 장문 시퀀싱을 수행합니다.
● 게놈 검증 및 오류 수정(Nanopore)을 위한 Illumina NovaSeq에서의 단편 판독 시퀀싱 또는 초안 게놈 생성.
서비스 장점
●제로갭 게놈 보장: 이는 Illumina 시퀀싱과 긴 읽기 시퀀싱(Nanopore 또는 PacBio)의 통합으로 인해 가능합니다.
●완전한 생물정보학 워크플로:여기에는 게놈 조립 및 다중 게놈 요소 예측, 기능적 유전자 주석, Circos 플롯과 같은 게놈 시각화가 포함됩니다.
●광범위한 전문성: BMKGENE은 20,000개 이상의 미생물 게놈을 조립하여 10년 이상의 경험, 고도로 숙련된 분석 팀, 포괄적인 콘텐츠, 탁월한 애프터 서비스를 제공합니다.
●판매 후 지원:저희는 프로젝트 완료 후에도 3개월의 A/S 기간을 제공하여 고객 만족을 최우선으로 생각합니다. 이 기간 동안 프로젝트 후속 조치, 문제 해결 지원, 그리고 결과 관련 문의에 대한 Q&A 세션을 제공합니다.
●다양한 시퀀싱 전략 사용 가능:다양한 연구 목표와 게놈 완전성 요구 사항에 맞게.
서비스 사양
| 서비스 | 시퀀싱 전략 |
| 초안 게놈 | 일루미나 PE150 100배 |
| 0 갭 게놈 | 나노포어 100x + 일루미나 PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (옵션) |
샘플 요구 사항:
| 농도(ng/µL) | 총량(µg) | 용량(µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| 팩바이오 | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| 나노포어 | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| 일루미나 | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· 박테리아 : ≥3.5x1010 세포
서비스 워크플로
샘플 배송
도서관 건설
시퀀싱
데이터 분석
애프터 서비스
다음 분석이 포함됩니다.
● 시퀀싱 데이터 품질 관리
● 게놈 어셈블리
● Genome Component Analysis: CDS 및 다중 Genome Element 예측
● 다양한 일반 데이터베이스(GO, KEGG 등) 및 고급 데이터베이스(CARD, VFDB 등)를 활용한 기능적 주석 제공
● 게놈 시각화
우리는 쉽게 접근할 수 있는 FASTA 포맷과 게놈 주석 파일(GFF)로 게놈을 제공합니다.
유전자 주석 – GO
유전자 주석 – CAZY 탄수화물
게놈 시각화 – Circos 플롯
엄선된 출판물 컬렉션을 통해 BMKGene의 박테리아 게놈 조립 서비스가 촉진하는 발전을 살펴보세요.
Dai, W. et al. (2023) '건강한 인간 대장에서 궤양성 대장염 치료를 위한 안전하고 새로운 프로바이오틱 박테리아인 Bacteroides uniformis F18-22의 발견',국제 분자 과학 저널, 24(19), p. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) '중국 야생동물에서 blaOXA-1 및 blaNDM-1을 운반하는 다제내성 Proteus mirabilis 분리주: 공중 보건 위험 증가',통합 동물학, 16(6), pp. 798–809. 도이: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) '내생균 Bacillus flexus KLBMP 4941의 완전한 유전체 서열은 식물 생장 촉진 메커니즘과 내염성에 대한 유전적 기초를 밝힙니다',생명공학 저널, 260, 38~41페이지. 도이: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) '클렙시엘라의 다중 레플리콘 내성 플라스미드는 항균 유전자의 광범위한 확산을 매개합니다',미생물학의 최전선, 12, p. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
