새로운 곰팡이 게놈 조립
BMKGENE은 다양한 연구 요구와 원하는 게놈 완성도에 맞춰 다재다능한 진균 게놈 솔루션을 제공합니다. Illumina 단일 리드 시퀀싱만으로도 게놈 초안을 생성할 수 있으며, Nanopore 또는 Pacbio를 사용한 단일 리드 및 장 리드 시퀀싱을 결합하여 더 긴 컨티그를 포함하는 더욱 정밀한 진균 게놈을 얻을 수 있습니다.
서비스 특징
원하는 유전체 완전성 수준에 따라 두 가지 옵션 중에서 선택할 수 있습니다.
● 게놈 초안 옵션: Illumina NovaSeq PE150을 이용한 단일 염기서열 분석.
● 진균 정밀 유전체 분석 옵션:
게놈 조사: Illumina NovaSeq PE150.
게놈 조립: PacBio Revio(HiFi 판독값) 또는 Nanopore PromethION 48.
서비스 장점
●다양한 시퀀싱 전략 사용 가능다양한 연구 목표와 유전체 완전성 요구 사항을 위해
●생물정보학 워크플로우 전체 보기:여기에는 게놈 조립 및 다양한 게놈 요소 예측, 기능 유전자 주석 및 컨티그 고정이 포함됩니다.
●폭넓은 전문 지식12,000개 이상의 미생물 게놈을 구축한 경험을 바탕으로, 당사는 10년 이상의 전문성과 숙련된 분석팀, 포괄적인 콘텐츠, 그리고 탁월한 사후 지원을 제공합니다.
●판매 후 지원:저희는 프로젝트 완료 후에도 3개월간의 사후 관리 서비스를 제공하여 고객 만족을 최우선으로 생각합니다. 이 기간 동안 프로젝트 진행 상황 점검, 문제 해결 지원, 그리고 결과 관련 문의 사항에 대한 질의응답 시간을 제공합니다.
서비스 사양
| 서비스 | 시퀀싱 전략 | 품질 관리 |
| 게놈 초안 | 일루미나 PE150 100배율 | Q30≥85% |
| 파인 게놈 | 게놈 조사: Illumina PE150 50배율 조립: PacBio HiFi 30x 또는 Nanopore 100x | 컨티그 N50 ≥1Mb(Pacbio 단세포) 컨티그 N50 ≥2Mb(ONT 단세포) 컨티그 N50 ≥500kb(기타) |
서비스 요구사항
| 농도(ng/µL) | 총량(µg) | 부피(µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| 팩바이오 | 20세 이상 | ≥2 | 20세 이상 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| 나노포어 | 40세 이상 | ≥2 | 20세 이상 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| 일루미나 | ≥1 | ≥0.06 | 20세 이상 | - | - |
단세포균류: ≥3.5x1010 세포
대형 버섯: 10g 이상
서비스 워크플로우
샘플 배송
도서관 건설
시퀀싱
데이터 분석
판매 후 서비스
다음 분석 내용이 포함됩니다.
게놈 조사:
- 시퀀싱 데이터 품질 관리
- 게놈 추정: 크기, 이형접합성, 반복 요소
정밀 게놈 어셈블리:
- 시퀀싱 데이터 품질 관리
- 데 노보집회
- 게놈 구성 요소 분석: CDS 및 다양한 게놈 요소 예측
- GO, KEGG 등 여러 일반 데이터베이스와 CARD, CAZy 등 고급 데이터베이스를 활용한 함수 주석
게놈 조사: k-mer 분포
게놈 조립: 유전자 상동성 주석(NR 데이터베이스)
게놈 조립: 기능 유전자 주석(GO)
BMKGene의 진균 게놈 조립 서비스가 가져온 발전상을 엄선된 논문 모음을 통해 살펴보세요.
Hao, J. et al. (2023) '수중 조건에서 약용 버섯 Inonotus obliquus의 통합 오믹 프로파일링',BMC Genomics, 24(1), pp. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) '게놈 시퀀싱을 통해 밀 날카로운 눈점병 병원균 Rhizoctonia cerealis의 진화 및 병원성 메커니즘이 밝혀졌다',작물 저널, 11(2), 405~416페이지. 도이: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) '다양한 잔디에 달러 스팟병을 일으키는 4종의 Clarireedia 종에 대한 게놈 자원',식물 질병, 107(3), pp. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS 외 (2023) '식용 버섯 Grifola frondosa의 사극성 교배 시스템에 대한 유전적 및 분자적 증거',균류 저널, 9(10), p. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
