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메타게놈 시퀀싱 - NGS
메타게놈은 환경 및 인간 메타게놈과 같이 다양한 미생물 군집의 전체 유전 물질을 모아놓은 것입니다. 여기에는 배양 가능한 미생물과 배양 불가능한 미생물의 게놈이 모두 포함됩니다. 차세대 염기서열 분석(NGS)을 이용한 샷건 메타게놈 시퀀싱은 환경 시료에 내재된 이러한 복잡한 게놈 구조를 연구할 수 있게 해줍니다. 단순한 분류학적 분석을 넘어 종 다양성, 개체수 변동, 복잡한 개체군 구조에 대한 세밀한 분석까지 가능하게 합니다. 분류학적 연구를 넘어, 샷건 메타게놈 분석은 기능 유전체학적 관점을 제공하여 암호화된 유전자와 생태학적 과정에서의 잠재적 역할을 탐색할 수 있도록 합니다. 또한, 유전적 요소와 환경적 요인 간의 상관관계 네트워크를 구축함으로써 미생물 군집과 그 생태학적 배경 간의 복잡한 상호작용을 총체적으로 이해할 수 있습니다. 결론적으로, 메타게놈 시퀀싱은 다양한 미생물 군집의 게놈적 복잡성을 밝히고 이러한 복잡한 생태계 내에서 유전학과 생태학 간의 다면적인 관계를 규명하는 데 중요한 도구입니다.
플랫폼: Illumina NovaSeq 및 DNBSEQ-T7
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메타게놈 시퀀싱-TGS
메타게놈은 환경 메타게놈 및 인간 메타게놈과 같이 다양한 유기체 군집의 유전 물질 집합체입니다. 여기에는 배양 가능한 미생물과 배양 불가능한 미생물의 게놈이 모두 포함됩니다. 메타게놈 시퀀싱은 단순한 분류학적 분석을 넘어 생태학적 샘플에 내재된 이러한 복잡한 게놈 환경을 연구할 수 있도록 해줍니다. 또한, 암호화된 유전자와 환경 과정에서의 잠재적 역할을 탐색함으로써 기능 유전체학적 관점을 제공합니다. 일루미나 시퀀싱을 이용한 기존의 샷건 방식이 메타게놈 연구에 널리 사용되어 왔지만, 나노포어 및 팩바이오 장거리 시퀀싱 기술의 등장으로 이 분야는 혁신적으로 변화했습니다. 나노포어와 팩바이오 기술은 특히 메타게놈 어셈블리와 같은 후속 생물정보학 분석을 향상시켜 더욱 연속적인 어셈블리를 보장합니다. 나노포어 및 팩바이오 기반 메타게놈 분석을 통해 복잡한 미생물 군집에서 완전하고 폐쇄적인 세균 게놈을 성공적으로 생성했다는 보고가 있습니다(Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). 나노포어 시퀀싱 데이터와 일루미나 시퀀싱 데이터를 통합하는 것은 오류를 수정하는 전략적 접근 방식으로, 나노포어의 고유한 낮은 정확도를 보완합니다. 이러한 시너지 효과를 통해 각 시퀀싱 플랫폼의 강점을 활용하여 잠재적 한계를 극복하고 메타게놈 분석의 정확성과 신뢰성을 향상시키는 강력한 솔루션을 제공합니다.
플랫폼: Nanopore PromethION 48, Illumia 및 PacBio Revio
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16S/18S/ITS 앰플리콘 시퀀싱 - PacBio
16S 및 18S rRNA 유전자와 내부 전사 스페이서(ITS) 영역은 고도로 보존된 영역과 초변이성 영역이 결합되어 있어 중요한 분자 지문 마커 역할을 하며, 원핵생물과 진핵생물을 특성화하는 데 매우 유용한 도구입니다. 이들 영역의 증폭 및 시퀀싱은 다양한 생태계에서 미생물의 구성과 다양성을 조사하는 데 있어 분리 과정이 필요 없는 접근 방식을 제공합니다. 일반적으로 일루미나 시퀀싱은 16S의 V3-V4 및 ITS1과 같은 짧은 초변이성 영역을 대상으로 하지만, 16S, 18S 및 ITS의 전체 길이를 시퀀싱하면 더욱 정확한 분류학적 주석을 얻을 수 있음이 입증되었습니다. 이러한 포괄적인 접근 방식은 정확하게 분류된 서열의 비율을 높여 종 식별까지 가능한 수준의 해상도를 제공합니다. PacBio의 단일 분자 실시간(SMRT) 시퀀싱 플랫폼은 Illumina 시퀀싱에 필적하는 정밀도로 전체 길이의 증폭 산물을 커버하는 매우 정확한 장거리 판독(HiFi)을 제공하는 것이 특징입니다. 이러한 기능은 연구자들이 유전적 환경을 전체적으로 조망할 수 있는 독보적인 이점을 제공합니다. 확장된 커버리지는 특히 세균이나 진균 군집 내에서 종 식별 해상도를 크게 향상시켜 미생물 개체군의 복잡성을 더욱 심층적으로 이해할 수 있도록 합니다.
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16S/18S/ITS 앰플리콘 시퀀싱(NGS)
Illumina 기술을 이용한 앰플리콘 시퀀싱, 특히 16S, 18S 및 ITS 유전자 마커를 표적으로 하는 이 방법은 미생물 군집 내의 계통 발생, 분류 및 종 풍부도를 밝히는 데 강력한 방법입니다. 이 접근법은 필수 유전자 마커의 고변이성 영역을 시퀀싱하는 것을 포함합니다. 원래 분자 지문으로 도입된 이 방법은Woeses et al1977년에 개발된 이 기술은 미생물 분리 과정 없이 분석을 가능하게 함으로써 마이크로바이옴 프로파일링에 혁명을 일으켰습니다. 16S(세균), 18S(진균), 그리고 ITS(진균) 유전자의 염기서열 분석을 통해 연구자들은 풍부한 종뿐만 아니라 희귀종이나 미확인 종까지도 식별할 수 있습니다. 핵심 도구로 널리 채택된 앰플리콘 염기서열 분석은 인간의 구강, 장, 대변 등 다양한 환경에서 미생물 구성의 차이를 밝히는 데 중요한 역할을 하고 있습니다.
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세균 및 진균 전체 게놈 재서열 분석
세균 및 진균 전체 게놈 재서열 분석 프로젝트는 미생물 게놈의 완성 및 비교를 가능하게 함으로써 미생물 유전체학 발전에 매우 중요한 역할을 합니다. 이는 발효 공학, 산업 공정 최적화, 그리고 이차 대사 경로 탐색을 촉진합니다. 나아가, 진균 및 세균 재서열 분석은 환경 적응 이해, 균주 최적화, 그리고 유전적 진화 역학 규명에 필수적이며, 의학, 농업, 환경 과학 등 다양한 분야에 광범위한 영향을 미칩니다.
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원핵생물 RNA 시퀀싱
RNA 시퀀싱은 특정 조건에서 세포 내 모든 RNA 전사체를 종합적으로 분석할 수 있도록 해줍니다. 이 최첨단 기술은 복잡한 유전자 발현 양상, 유전자 구조, 그리고 다양한 생물학적 과정과 관련된 분자 메커니즘을 밝혀내는 강력한 도구입니다. 기초 연구, 임상 진단, 신약 개발에 널리 활용되는 RNA 시퀀싱은 세포 역학과 유전자 조절의 복잡성을 이해하는 데 도움을 줍니다. 당사의 원핵생물 RNA 샘플 처리 과정은 rRNA 제거 및 방향성 라이브러리 준비를 포함하여 원핵생물 전사체 분석에 특화되어 있습니다.
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메타전사체 시퀀싱
BMKGENE의 메타전사체 시퀀싱 서비스는 일루미나 시퀀싱 기술을 활용하여 토양, 물, 바다, 대변, 장 등 자연 환경에 서식하는 진핵생물부터 원핵생물, 바이러스에 이르기까지 다양한 미생물의 역동적인 유전자 발현 양상을 밝혀냅니다. 이 종합적인 서비스를 통해 연구자들은 복잡한 미생물 군집의 완전한 유전자 발현 프로파일을 분석할 수 있습니다. 분류학적 분석을 넘어, BMKGENE의 메타전사체 시퀀싱 서비스는 기능적 풍부도 분석을 지원하여 차등 발현 유전자와 그 역할을 규명합니다. 다양한 환경적 틈새에서 나타나는 복잡한 유전자 발현, 분류학적 다양성, 기능적 역동성을 탐구하며 풍부한 생물학적 통찰력을 얻어보세요.
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새로운 곰팡이 게놈 조립
BMKGENE은 다양한 연구 요구와 원하는 게놈 완성도에 맞춰 다재다능한 진균 게놈 솔루션을 제공합니다. Illumina 단일 리드 시퀀싱만으로도 게놈 초안을 생성할 수 있으며, Nanopore 또는 Pacbio를 사용한 단일 리드 및 장 리드 시퀀싱을 결합하여 더 긴 컨티그를 포함하는 더욱 정밀한 진균 게놈을 얻을 수 있습니다.
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De novo 박테리아 게놈 어셈블리
저희는 갭이 전혀 없는 완벽한 세균 게놈 어셈블리 서비스를 제공합니다. 이는 나노포어(Nanopore) 및 팩바이오(PacBio)와 같은 장거리 시퀀싱 기술을 어셈블리에 활용하고, 일루미나(Illumina)를 이용한 단거리 시퀀싱 기술을 어셈블리 검증 및 ONT 리드 오류 수정에 통합함으로써 가능합니다. 저희 서비스는 어셈블리, 기능 주석, 고급 생물정보학 분석에 이르는 완벽한 생물정보학 워크플로우를 제공하여 특정 연구 목표를 달성할 수 있도록 지원합니다. 이 서비스를 통해 다양한 유전학 및 게놈 연구를 위한 정확한 참조 게놈을 구축할 수 있습니다. 또한, 균주 최적화, 유전자 공학, 미생물 기술 개발과 같은 응용 분야의 기반을 마련하여 과학적 통찰력과 생명공학적 혁신을 촉진하는 데 필수적인 신뢰할 수 있고 갭 없는 게놈 데이터를 제공합니다.
