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메타게놈 시퀀싱 -NGS
메타지놈은 환경 메타게놈, 인간 메타게놈 등 유기체의 혼합 공동체의 전체 유전 물질 집합을 말하며, 재배 가능한 미생물과 재배 불가능한 미생물의 게놈을 모두 포함합니다.Metagenomic sequencing은 환경 시료에서 추출한 혼합 게놈 물질을 분석하는 데 사용되는 분자 도구로 종 다양성 및 풍부도, 개체군 구조, 계통 발생 관계, 기능 유전자 및 환경 요인과의 상관 네트워크에 대한 자세한 정보를 제공합니다.
플랫폼:Illumina NovaSeq 플랫폼
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메타게놈 시퀀싱-나노포어
Metagenomics는 환경 시료에서 추출한 혼합 게놈 물질을 분석하는 데 사용되는 분자 도구로 종 다양성 및 풍부도, 개체군 구조, 계통 발생 관계, 기능 유전자 및 환경 요인과의 상관 네트워크 등에 대한 자세한 정보를 제공합니다. 최근 Nanopore 시퀀싱 플랫폼이 도입되었습니다. 메타게놈 연구에읽기 길이의 뛰어난 성능은 다운스트림 메타게놈 분석, 특히 메타게놈 어셈블리를 크게 향상시켰습니다.읽기 길이의 장점을 활용하여 Nanopore 기반 메타게놈 연구는 샷건 메타게놈학에 비해 보다 연속적인 조립을 달성할 수 있습니다.Nanopore 기반 메타유전체학이 미생물군집으로부터 완전하고 폐쇄된 박테리아 게놈을 성공적으로 생성했다는 사실이 발표되었습니다(Moss, EL, et. al,네이처 생명공학, 2020)
플랫폼:나노포어 PromethION P48
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16S/18S/ITS 앰플리콘 시퀀싱-PacBio
고도로 보존된 영역과 초가변 영역을 모두 포함하는 16S 및 18S rRNA의 하위 단위는 원핵생물과 진핵생물 식별을 위한 완벽한 분자 지문입니다.시퀀싱을 활용하면 이러한 앰플리콘은 보존된 부분을 기반으로 표적화될 수 있으며 초가변 영역은 미생물 다양성 분석, 분류학, 계통 발생 등을 다루는 연구에 기여하는 미생물 식별을 위해 완전히 특성화될 수 있습니다. 단일 분자 실시간(SMRT) ) PacBio 플랫폼의 시퀀싱을 통해 전체 길이의 앰플리콘(약 1.5Kb)을 포괄할 수 있는 매우 정확한 긴 판독값을 얻을 수 있습니다.유전 분야에 대한 시야가 넓어지면서 박테리아나 곰팡이 군집에서 종 주석의 해상도가 크게 향상되었습니다.
플랫폼:PacBio 속편 II
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16S/18S/ITS 앰플리콘 시퀀싱-NGS
16S/18S/ITS 앰플리콘 시퀀싱은 고도로 대화된 부분과 초가변 부분을 모두 포함하는 하우스키핑 유전자 마커의 PCR 산물을 조사하여 미생물 군집의 계통발생, 분류학 및 종 풍부도를 밝히는 것을 목표로 합니다.Woeses et al(1977)이 이러한 완벽한 분자 지문을 도입함으로써 분리가 필요 없는 미생물군유전체 프로파일링이 가능해졌습니다.16S(박테리아), 18S(진균) 및 내부 전사 스페이서(ITS, 곰팡이)의 시퀀싱을 통해 풍부한 종은 물론 희귀종과 미확인 종을 모두 식별할 수 있습니다.이 기술은 인간의 입, 장, 대변 등 다양한 환경에서 차별적인 미생물 조성을 식별하는 데 널리 적용되고 주요 도구가 되고 있습니다.
플랫폼:Illumina NovaSeq 플랫폼
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박테리아 및 곰팡이 전체 게놈 재서열분석
박테리아 및 곰팡이 전체 게놈 재서열 분석은 알려진 박테리아 및 곰팡이의 게놈을 완성할 뿐만 아니라 여러 게놈을 비교하거나 새로운 유기체의 게놈을 매핑하는 데 중요한 도구입니다.정확한 참조 게놈을 생성하고 미생물 식별 및 기타 비교 게놈 연구를 수행하려면 박테리아와 곰팡이의 전체 게놈을 서열화하는 것이 매우 중요합니다.
플랫폼:Illumina NovaSeq 플랫폼
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메타전사체 서열 분석
Metatranscriptome sequencing은 자연 환경(예: 토양, 물, 바다, 대변 및 내장) 내에서 미생물(진핵생물과 원핵생물 모두)의 유전자 발현을 식별합니다. 특히, 이 서비스를 사용하면 복잡한 미생물 군집의 전체 유전자 발현 프로파일링, 분류학 분석을 얻을 수 있습니다. 종 분석, 다르게 발현되는 유전자의 기능 강화 분석 등이 있습니다.
플랫폼: Illumina NovaSeq 플랫폼
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곰팡이 게놈
바이오마커 기술은 특정 연구 목적에 따라 진균의 게놈 조사, 미세 게놈, 완전 게놈을 제공합니다.차세대 시퀀싱과 3세대 시퀀싱을 결합하여 높은 수준의 게놈 조립을 달성함으로써 게놈 시퀀싱, 조립 및 기능 주석을 달성할 수 있습니다.Hi-C 기술은 염색체 수준에서 게놈 조립을 촉진하기 위해 사용될 수도 있습니다.
플랫폼:PacBio 속편 II
나노포어 PromethION P48
Illumina NovaSeq 플랫폼
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박테리아 완전한 게놈
Biomarker Technologies는 제로 갭(zero gap)으로 박테리아의 완전한 게놈을 구성하는 시퀀싱 서비스를 제공합니다.박테리아 전체 게놈 구성의 주요 작업 흐름에는 특정 연구 목표를 달성하는 3세대 시퀀싱, 조립, 기능 주석 및 고급 생물정보학 분석이 포함됩니다.박테리아 게놈에 대한 보다 포괄적인 프로파일링을 통해 생물학적 과정의 기본 메커니즘을 밝힐 수 있으며, 이는 고등 진핵생물 종의 게놈 연구에 귀중한 참고 자료를 제공할 수도 있습니다.
플랫폼:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 플랫폼
PacBio 속편 II
