히트맵
히트맵 도구는 행렬 데이터 파일을 입력으로 받아 사용자가 데이터를 필터링, 정규화 및 클러스터링할 수 있도록 합니다. 히트맵의 주요 사용 사례는 서로 다른 샘플 간의 유전자 발현 수준에 대한 클러스터 분석입니다.
유전자 주석
유전자 주석 도구는 입력 FASTA 파일의 서열을 다양한 데이터베이스와 정렬하여 유전자 주석을 수행합니다.
기본 로컬 정렬 검색 도구(BLAST)
BLAST 도구는 NCBI BLAST의 BMKCloud 통합 버전으로, BMKCloud 계정에 업로드된 데이터를 사용하여 동일한 기능을 수행할 수 있습니다.
CDS_UTR 예측
CDS_UTR 예측 도구는 알려진 단백질 데이터베이스에 대한 BLAST 결과와 ORF 예측 결과를 기반으로 주어진 전사 서열에서 코딩 영역(CDS)과 비코딩 영역(UTR)을 예측하도록 설계되었습니다.
맨해튼 플롯
맨해튼 플롯 도구는 표본 크기가 큰 실험 결과를 시각화할 수 있도록 해주며, 유전체 전장 연관 연구(GWAS)에서 흔히 사용됩니다.
시르코스 다이어그램
CIRCOS 다이어그램 도구는 유전체 특징이 유전체 전체에 어떻게 분포하는지 효율적으로 시각화합니다. 일반적인 특징으로는 정량적 유전자좌, SNP, 삽입/결실, 구조적 변이 및 복제 수 변이가 있습니다.
유전자 온톨로지(GO) 풍부도 분석
GO 유전자 기능 분석 도구는 기능적 풍부도 분석을 제공합니다. 이 도구의 주요 소프트웨어는 TopGO-Bioconductor 패키지이며, 여기에는 차등 발현 분석, GO 유전자 기능 풍부도 분석 및 결과 시각화 기능이 포함되어 있습니다.
가중 유전자 공동 발현 네트워크 분석(WGCNA)
WGCNA는 유전자 공동 발현 모듈을 발견하는 데 널리 사용되는 데이터 마이닝 방법입니다. 마이크로어레이 및 NGS 유전자 발현 데이터를 포함한 다양한 발현 데이터 세트에 적용할 수 있습니다.
인터프로스캔
InterProScan 도구는 InterPro 단백질 서열 분석 및 분류 기능을 제공합니다.
GO KEGG 교육 프로그램
GO KEGG 농축 분석 도구는 제공된 유전자 세트와 해당 주석을 기반으로 GO 농축 히스토그램, KEGG 농축 히스토그램 및 KEGG 농축 경로를 생성하도록 설계되었습니다.
