히트맵
히트맵 도구는 행렬 데이터 파일을 입력으로 받아 사용자가 데이터를 필터링, 정규화 및 클러스터링할 수 있도록 합니다. 히트맵의 주요 사용 사례는 서로 다른 샘플 간의 유전자 발현 수준에 대한 클러스터 분석입니다.
유전자 주석
유전자 주석 도구는 다양한 데이터베이스에 대한 입력 FASTA 파일의 시퀀스 정렬을 기반으로 유전자 주석을 수행합니다.
기본 로컬 정렬 검색 도구(BLAST)
BLAST 도구는 NCBI BLAST의 BMKCloud 통합 버전으로, BMKCloud 계정에 업로드된 데이터를 사용하여 동일한 기능을 수행하는 데 사용할 수 있습니다.
CDS_UTR 예측
CDS_UTR 예측 도구는 알려진 단백질 데이터베이스와 ORF 예측 결과에 대한 BLAST 결과를 기반으로 주어진 전사체 시퀀스에서 코딩 영역(CDS)과 비코딩 영역(UTR)을 예측하도록 설계되었습니다.
맨해튼 플롯
맨해튼 플롯 도구를 사용하면 많은 표본이 포함된 실험을 표시할 수 있으며 일반적으로 전장 유전체 연관 연구(GWAS)에 사용됩니다.
서커스 다이어그램
CIRCOS 다이어그램 도구는 유전체 특성이 유전체 전반에 어떻게 분포되어 있는지를 효율적으로 시각화합니다. 일반적인 특성에는 정량적 유전자좌, SNP, InDel, 구조적 및 복제 수 변이가 포함됩니다.
유전자 온톨로지(GO) 강화
GO Enrichment 도구는 기능적 농축 분석을 제공합니다. 이 도구의 주요 소프트웨어는 TopGO-Bioconductor 패키지로, 차등 발현 분석, GO 농축 분석 및 결과 시각화 기능을 제공합니다.
가중 유전자 공발현 네트워크 분석(WGCNA)
WGCNA는 유전자 공동 발현 모듈을 발견하는 데 널리 사용되는 데이터 마이닝 방법입니다. 마이크로어레이 및 NGS 유전자 발현 데이터를 포함한 다양한 발현 데이터셋에 적용할 수 있습니다.
인터프로스캔
InterProScan 도구는 InterPro 단백질 서열 분석 및 분류 기능을 제공합니다.
GO KEGG 인리치먼트
GO KEGG Enrichment 도구는 제공된 유전자 세트와 해당 주석을 기반으로 GO 풍부화 히스토그램, KEGG 풍부화 히스토그램 및 KEGG 풍부화 경로를 생성하도록 설계되었습니다.