-
ਮੈਟਾਜੇਨੋਮਿਕ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ (NGS)
ਮੈਟਾਜੀਨੋਮ ਜੀਵਾਣੂਆਂ ਦੇ ਮਿਸ਼ਰਤ ਸਮੂਹ ਦੇ ਕੁੱਲ ਜੈਨੇਟਿਕ ਸਾਮੱਗਰੀ ਦੇ ਸੰਗ੍ਰਹਿ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਵਾਤਾਵਰਣਕ ਮੈਟਾਜੀਨੋਮ, ਮਨੁੱਖੀ ਮੈਟਾਜੀਨੋਮ, ਆਦਿ। ਇਸ ਵਿੱਚ ਕਾਸ਼ਤਯੋਗ ਅਤੇ ਗੈਰ ਕਾਸ਼ਤਯੋਗ ਸੂਖਮ ਜੀਵਾਂ ਦੇ ਜੀਨੋਮ ਹੁੰਦੇ ਹਨ।ਮੈਟਾਜੇਨੋਮਿਕ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਇੱਕ ਅਣੂ ਟੂਲ ਹੈ ਜੋ ਵਾਤਾਵਰਣ ਦੇ ਨਮੂਨਿਆਂ ਤੋਂ ਕੱਢੇ ਗਏ ਮਿਸ਼ਰਤ ਜੀਨੋਮਿਕ ਪਦਾਰਥਾਂ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਨ ਲਈ ਵਰਤਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੀ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਅਤੇ ਭਰਪੂਰਤਾ, ਆਬਾਦੀ ਦੀ ਬਣਤਰ, ਫਾਈਲੋਜੇਨੇਟਿਕ ਸਬੰਧ, ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਜੀਨਾਂ ਅਤੇ ਵਾਤਾਵਰਣਕ ਕਾਰਕਾਂ ਦੇ ਨਾਲ ਸਬੰਧਾਂ ਦੇ ਨੈਟਵਰਕ ਵਿੱਚ ਵਿਸਤ੍ਰਿਤ ਜਾਣਕਾਰੀ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ।
ਪਲੇਟਫਾਰਮ:Illumina NovaSeq6000
-
ਮੈਟਾਜੇਨੋਮਿਕ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ-ਨੈਨੋਪੋਰ
ਮੈਟਾਜੇਨੋਮਿਕਸ ਇੱਕ ਅਣੂ ਟੂਲ ਹੈ ਜੋ ਵਾਤਾਵਰਣ ਦੇ ਨਮੂਨਿਆਂ ਤੋਂ ਕੱਢੇ ਗਏ ਮਿਸ਼ਰਤ ਜੀਨੋਮਿਕ ਪਦਾਰਥਾਂ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਨ ਲਈ ਵਰਤਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਪ੍ਰਜਾਤੀ ਦੀ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਅਤੇ ਭਰਪੂਰਤਾ, ਆਬਾਦੀ ਦੀ ਬਣਤਰ, ਫਾਈਲੋਜੇਨੇਟਿਕ ਸਬੰਧ, ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਜੀਨਾਂ ਅਤੇ ਵਾਤਾਵਰਣਕ ਕਾਰਕਾਂ ਦੇ ਨਾਲ ਸਬੰਧਾਂ ਦੇ ਨੈਟਵਰਕ ਆਦਿ ਵਿੱਚ ਵਿਸਤ੍ਰਿਤ ਜਾਣਕਾਰੀ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਨੈਨੋਪੋਰ ਸੀਕੈਂਸਿੰਗ ਪਲੇਟਫਾਰਮਾਂ ਨੇ ਹਾਲ ਹੀ ਵਿੱਚ ਪੇਸ਼ ਕੀਤਾ ਹੈ। metagenomic ਅਧਿਐਨ ਕਰਨ ਲਈ.ਪੜ੍ਹਨ ਦੀ ਲੰਬਾਈ ਵਿੱਚ ਇਸਦੀ ਸ਼ਾਨਦਾਰ ਕਾਰਗੁਜ਼ਾਰੀ ਨੇ ਵੱਡੇ ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਡਾਊਨ ਸਟ੍ਰੀਮ ਮੈਟਾਜੇਨੋਮਿਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ, ਖਾਸ ਕਰਕੇ ਮੇਟਾਜੇਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ ਵਿੱਚ ਵਾਧਾ ਕੀਤਾ ਹੈ।ਰੀਡ-ਲੰਬਾਈ ਦਾ ਫਾਇਦਾ ਉਠਾਉਂਦੇ ਹੋਏ, ਨੈਨੋਪੋਰ-ਅਧਾਰਤ ਮੈਟਾਜੇਨੋਮਿਕ ਅਧਿਐਨ ਸ਼ਾਟ-ਗਨ ਮੈਟਾਜੇਨੋਮਿਕਸ ਦੀ ਤੁਲਨਾ ਵਿੱਚ ਵਧੇਰੇ ਨਿਰੰਤਰ ਅਸੈਂਬਲੀ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰਨ ਦੇ ਯੋਗ ਹੈ।ਇਹ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ ਕਿ ਨੈਨੋਪੋਰ-ਅਧਾਰਤ ਮੈਟਾਜੇਨੋਮਿਕਸ ਨੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮਜ਼ (ਮੌਸ, ਈ.ਐੱਲ., ਏਟ. ਅਲ,ਕੁਦਰਤ ਬਾਇਓਟੈਕ, 2020)
ਪਲੇਟਫਾਰਮ:ਨੈਨੋਪੋਰ ਪ੍ਰੋਮੇਥੀਅਨ ਪੀ 48
-
16S/18S/ITS ਐਂਪਲੀਕਨ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ-PacBio
16S ਅਤੇ 18S rRNA 'ਤੇ ਸਬ-ਯੂਨਿਟ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਬਹੁਤ ਜ਼ਿਆਦਾ ਸੁਰੱਖਿਅਤ ਅਤੇ ਹਾਈਪਰ-ਵੇਰੀਏਬਲ ਖੇਤਰ ਹੁੰਦੇ ਹਨ, ਪ੍ਰੋਕੈਰੀਓਟਿਕ ਅਤੇ ਯੂਕੇਰੀਓਟਿਕ ਜੀਵਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਲਈ ਇੱਕ ਸੰਪੂਰਨ ਅਣੂ ਫਿੰਗਰਪ੍ਰਿੰਟ ਹੈ।ਕ੍ਰਮ ਦਾ ਫਾਇਦਾ ਉਠਾਉਂਦੇ ਹੋਏ, ਇਹਨਾਂ ਐਂਪਲੀਕਨਾਂ ਨੂੰ ਸੁਰੱਖਿਅਤ ਹਿੱਸਿਆਂ ਦੇ ਅਧਾਰ ਤੇ ਨਿਸ਼ਾਨਾ ਬਣਾਇਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਹਾਈਪਰ-ਵੇਰੀਏਬਲ ਖੇਤਰਾਂ ਨੂੰ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ, ਵਰਗੀਕਰਨ, ਫਾਈਲੋਜਨੀ, ਆਦਿ ਨੂੰ ਕਵਰ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਅਧਿਐਨਾਂ ਵਿੱਚ ਯੋਗਦਾਨ ਪਾਉਣ ਵਾਲੇ ਮਾਈਕਰੋਬਾਇਲ ਪਛਾਣ ਲਈ ਪੂਰੀ ਤਰ੍ਹਾਂ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਦਿੱਤੀ ਜਾ ਸਕਦੀ ਹੈ। ਸਿੰਗਲ-ਮੌਲੀਕਿਊਲ ਰੀਅਲ-ਟਾਈਮ (SMRT ) PacBio ਪਲੇਟਫਾਰਮ ਦੀ ਕ੍ਰਮਬੱਧਤਾ ਬਹੁਤ ਹੀ ਸਟੀਕ ਲੰਬੇ ਰੀਡਜ਼ ਨੂੰ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰਨ ਦੇ ਯੋਗ ਬਣਾਉਂਦੀ ਹੈ, ਜੋ ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਵਾਲੇ ਐਂਪਲੀਕਨ (ਲਗਭਗ 1.5 Kb) ਨੂੰ ਕਵਰ ਕਰ ਸਕਦੀ ਹੈ।ਜੈਨੇਟਿਕ ਫੀਲਡ ਦੇ ਵਿਆਪਕ ਦ੍ਰਿਸ਼ਟੀਕੋਣ ਨੇ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਜਾਂ ਫੰਜਾਈ ਭਾਈਚਾਰੇ ਵਿੱਚ ਸਪੀਸੀਜ਼ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਵਿੱਚ ਰੈਜ਼ੋਲੂਸ਼ਨ ਨੂੰ ਬਹੁਤ ਵਧਾਇਆ ਹੈ।
ਪਲੇਟਫਾਰਮ:PacBio ਸੀਕਵਲ II
-
16S/18S/ITS ਐਂਪਲੀਕਨ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ-NGS
16S/18S/ITS ਐਂਪਲੀਕਨ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਦਾ ਉਦੇਸ਼ ਹਾਊਸਕੀਪਿੰਗ ਜੈਨੇਟਿਕ ਮਾਰਕਰਾਂ ਦੇ ਪੀਸੀਆਰ ਉਤਪਾਦਾਂ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕਰਕੇ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਕਮਿਊਨਿਟੀ ਵਿੱਚ ਫਾਈਲੋਜੀਨੀ, ਵਰਗੀਕਰਨ, ਅਤੇ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੀ ਬਹੁਤਾਤ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰਨਾ ਹੈ ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਬਹੁਤ ਜ਼ਿਆਦਾ ਸੰਵਾਦ ਅਤੇ ਹਾਈਪਰਵੇਰੀਏਬਲ ਦੋਵੇਂ ਹਿੱਸੇ ਹੁੰਦੇ ਹਨ।Woeses et al, (1977) ਦੁਆਰਾ ਇਹਨਾਂ ਸੰਪੂਰਨ ਅਣੂ ਫਿੰਗਰਪ੍ਰਿੰਟ ਦੀ ਸ਼ੁਰੂਆਤ ਆਈਸੋਲੇਸ਼ਨ-ਮੁਕਤ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਓਮ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲਿੰਗ ਨੂੰ ਸ਼ਕਤੀ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦੀ ਹੈ।16S (ਬੈਕਟੀਰੀਆ), 18S (ਫੰਜਾਈ) ਅਤੇ ਅੰਦਰੂਨੀ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਡ ਸਪੇਸਰ (ITS, ਫੰਜਾਈ) ਦੀ ਕ੍ਰਮਬੱਧਤਾ ਭਰਪੂਰ ਕਿਸਮਾਂ ਦੇ ਨਾਲ-ਨਾਲ ਦੁਰਲੱਭ ਅਤੇ ਅਣਪਛਾਤੀ ਕਿਸਮਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਦੀ ਇਜਾਜ਼ਤ ਦਿੰਦੀ ਹੈ।ਇਹ ਤਕਨਾਲੋਜੀ ਵਿਭਿੰਨ ਵਾਤਾਵਰਣਾਂ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਮਨੁੱਖੀ ਮੂੰਹ, ਅੰਤੜੀਆਂ, ਮਲ, ਆਦਿ ਵਿੱਚ ਵਿਭਿੰਨ ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਰਚਨਾ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਲਈ ਇੱਕ ਵਿਆਪਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਲਾਗੂ ਅਤੇ ਪ੍ਰਮੁੱਖ ਸਾਧਨ ਬਣ ਗਈ ਹੈ।
ਪਲੇਟਫਾਰਮ:Illumina NovaSeq6000
-
ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਅਤੇ ਫੰਗਲ ਹੋਲ ਜੀਨੋਮ ਰੀ-ਸੀਕੈਂਸਿੰਗ
ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਅਤੇ ਫੰਗਲ ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਰੀ-ਸੀਕੈਂਸਿੰਗ ਜਾਣੇ-ਪਛਾਣੇ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਅਤੇ ਫੰਜਾਈ ਦੇ ਜੀਨੋਮ ਨੂੰ ਪੂਰਾ ਕਰਨ ਦੇ ਨਾਲ-ਨਾਲ ਕਈ ਜੀਨੋਮ ਦੀ ਤੁਲਨਾ ਕਰਨ ਜਾਂ ਨਵੇਂ ਜੀਵਾਂ ਦੇ ਜੀਨੋਮ ਨੂੰ ਮੈਪ ਕਰਨ ਲਈ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਸਾਧਨ ਹੈ।ਸਹੀ ਸੰਦਰਭ ਜੀਨੋਮ ਤਿਆਰ ਕਰਨ, ਮਾਈਕ੍ਰੋਬਾਇਲ ਪਛਾਣ ਅਤੇ ਹੋਰ ਤੁਲਨਾਤਮਕ ਜੀਨੋਮ ਅਧਿਐਨ ਕਰਨ ਲਈ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਅਤੇ ਫੰਜਾਈ ਦੇ ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਨੂੰ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਕਰਨਾ ਬਹੁਤ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਹੈ।
ਪਲੇਟਫਾਰਮ: ਇਲੂਮਿਨਾ ਨੋਵਾਸੇਕ 6000
-
ਫੰਗਲ ਜੀਨੋਮ
ਬਾਇਓਮਾਰਕਰ ਟੈਕਨੋਲੋਜੀ ਖਾਸ ਖੋਜ ਟੀਚੇ ਦੇ ਆਧਾਰ 'ਤੇ ਜੀਨੋਮ ਸਰਵੇਖਣ, ਵਧੀਆ ਜੀਨੋਮ ਅਤੇ ਫੰਗਲ ਦਾ ਪੇਨ-ਪੂਰਾ ਜੀਨੋਮ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦੀ ਹੈ।ਉੱਚ-ਪੱਧਰੀ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ ਨੂੰ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰਨ ਲਈ ਜੀਨੋਮ ਕ੍ਰਮ, ਅਸੈਂਬਲੀ ਅਤੇ ਫੰਕਸ਼ਨਲ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਨੂੰ ਅਗਲੀ ਪੀੜ੍ਹੀ ਦੇ ਕ੍ਰਮ + ਤੀਜੀ ਪੀੜ੍ਹੀ ਦੇ ਕ੍ਰਮ ਨੂੰ ਜੋੜ ਕੇ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ।ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮ ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ ਦੀ ਸਹੂਲਤ ਲਈ ਹਾਈ-ਸੀ ਤਕਨਾਲੋਜੀ ਨੂੰ ਵੀ ਲਗਾਇਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ।
ਪਲੇਟਫਾਰਮ:PacBio ਸੀਕਵਲ II
ਨੈਨੋਪੋਰ ਪ੍ਰੋਮੇਥੀਅਨ ਪੀ 48
Illumina NovaSeq 6000
-
ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਪੂਰਾ ਜੀਨੋਮ
ਬਾਇਓਮਾਰਕਰ ਟੈਕਨੋਲੋਜੀ ਜ਼ੀਰੋ ਗੈਪ ਦੇ ਨਾਲ ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਦੇ ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਨੂੰ ਬਣਾਉਣ 'ਤੇ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਸੇਵਾ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦੀ ਹੈ।ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਨੂੰ ਪੂਰਾ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਜੀਨੋਮ ਨਿਰਮਾਣ ਦੇ ਮੁੱਖ ਕਾਰਜ-ਪ੍ਰਵਾਹ ਵਿੱਚ ਤੀਜੀ ਪੀੜ੍ਹੀ ਦੀ ਲੜੀ, ਅਸੈਂਬਲੀ, ਫੰਕਸ਼ਨਲ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਅਤੇ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਖੋਜ ਟੀਚਿਆਂ ਨੂੰ ਪੂਰਾ ਕਰਨ ਵਾਲੇ ਉੱਨਤ ਬਾਇਓਇਨਫਾਰਮੈਟਿਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ।ਬੈਕਟੀਰੀਆ ਜੀਨੋਮ ਦੀ ਇੱਕ ਵਧੇਰੇ ਵਿਆਪਕ ਪਰੋਫਾਈਲਿੰਗ ਉਹਨਾਂ ਦੀਆਂ ਜੀਵ-ਵਿਗਿਆਨਕ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆਵਾਂ ਦੇ ਅਧੀਨ ਬੁਨਿਆਦੀ ਵਿਧੀਆਂ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰਨ ਦੀ ਸ਼ਕਤੀ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦੀ ਹੈ, ਜੋ ਉੱਚ ਯੂਕੇਰੀਓਟਿਕ ਸਪੀਸੀਜ਼ ਵਿੱਚ ਜੀਨੋਮਿਕ ਖੋਜਾਂ ਲਈ ਕੀਮਤੀ ਸੰਦਰਭ ਵੀ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰ ਸਕਦੀ ਹੈ।
ਪਲੇਟਫਾਰਮ:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio ਸੀਕਵਲ II
