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Sequenziamento metagenomico (NGS)
Il metagenoma si riferisce a una raccolta di materiale genetico totale di una comunità mista di organismi, come il metagenoma ambientale, il metagenoma umano, ecc. Contiene genomi di microrganismi coltivabili e non coltivabili.Il sequenziamento metagenomico è uno strumento molecolare utilizzato per analizzare i materiali genomici misti estratti da campioni ambientali, che fornisce informazioni dettagliate sulla diversità e abbondanza delle specie, la struttura della popolazione, la relazione filogenetica, i geni funzionali e la rete di correlazione con i fattori ambientali.
Piattaforma:Illumina NovaSeq6000
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Sequenziamento metagenomico-Nanopore
La metagenomica è uno strumento molecolare utilizzato per analizzare i materiali genomici misti estratti da campioni ambientali, che fornisce informazioni dettagliate sulla diversità e abbondanza delle specie, sulla struttura della popolazione, sulla relazione filogenetica, sui geni funzionali e sulla rete di correlazione con i fattori ambientali, ecc. Recentemente sono state introdotte piattaforme di sequenziamento dei nanopori agli studi metagenomici.Le sue eccezionali prestazioni nella lunghezza di lettura hanno ampiamente migliorato l'analisi metagenomica a valle, in particolare l'assemblaggio del metagenoma.Sfruttando i vantaggi della lunghezza della lettura, lo studio metagenomico basato su Nanopore è in grado di ottenere un assemblaggio più continuo rispetto alla metagenomica del fucile.È stato pubblicato che la metagenomica basata su Nanopore ha generato con successo genomi batterici completi e chiusi dai microbiomi (Moss, EL, et. al,Biotecnologie naturali, 2020)
Piattaforma:Promozione Nanopore P48
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Sequenziamento di amplificatori 16S/18S/ITS-PacBio
La subunità sull'rRNA 16S e 18S contenente regioni sia altamente conservate che ipervariabili è un'impronta molecolare perfetta per l'identificazione di organismi procariotici ed eucariotici.Sfruttando il sequenziamento, questi ampliconi possono essere presi di mira in base alle parti conservate e le regioni ipervariabili possono essere completamente caratterizzate per l'identificazione microbica contribuendo a studi che coprono l'analisi della diversità microbica, la tassonomia, la filogenesi, ecc. Tempo reale a singola molecola (SMRT ) il sequenziamento della piattaforma PacBio consente di ottenere letture lunghe altamente accurate, che potrebbero coprire ampliconi a lunghezza intera (circa 1,5 Kb).L'ampia visione del campo genetico ha notevolmente migliorato la risoluzione nell'annotazione delle specie nella comunità di batteri o funghi.
Piattaforma:PacBio sequel II
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Sequenziamento di amplificatori 16S/18S/ITS-NGS
Il sequenziamento dell'amplicone 16S/18S/ITS mira a rivelare la filogenesi, la tassonomia e l'abbondanza di specie in una comunità microbica studiando i prodotti della PCR di marcatori genetici di pulizia che contengono parti sia altamente conversate che ipervariabili.L'introduzione di queste impronte molecolari perfette da Woeses et al, (1977) autorizza la profilazione del microbioma senza isolamento.Il sequenziamento di 16S (batteri), 18S (funghi) e spaziatore trascritto interno (ITS, funghi) consente l'identificazione sia di specie abbondanti che di specie rare e non identificate.Questa tecnologia è diventata uno strumento ampiamente applicato e importante per identificare la composizione microbica differenziale in vari ambienti, come bocca umana, intestino, feci, ecc.
Piattaforma:Illumina NovaSeq6000
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Ri-sequenziamento del genoma intero batterico e fungino
Il risequenziamento dell'intero genoma batterico e fungino è uno strumento fondamentale per completare i genomi di batteri e funghi conosciuti, nonché per confrontare più genomi o mappare i genomi di nuovi organismi.È di grande importanza sequenziare interi genomi di batteri e funghi al fine di generare genomi di riferimento accurati, eseguire l'identificazione microbica e altri studi comparativi sul genoma.
Piattaforma: Illumina NovaSeq 6000
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Genoma fungino
Le tecnologie dei biomarcatori forniscono l'indagine del genoma, il genoma fine e il genoma pene-completo di funghi a seconda dell'obiettivo di ricerca specifico.Il sequenziamento del genoma, l'assemblaggio e l'annotazione funzionale possono essere ottenuti combinando il sequenziamento di prossima generazione + il sequenziamento di terza generazione per ottenere un assemblaggio del genoma di alto livello.La tecnologia Hi-C può anche essere impiegata per facilitare l'assemblaggio del genoma a livello cromosomico.
Piattaforma:PacBio sequel II
Promozione Nanopore P48
Illumina NovaSeq 6000
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Batteri genoma completo
Biomarker Technologies fornisce un servizio di sequenziamento sulla costruzione del genoma completo dei batteri con zero gap.Il flusso di lavoro principale della costruzione completa del genoma dei batteri include il sequenziamento di terza generazione, l'assemblaggio, l'annotazione funzionale e l'analisi bioinformatica avanzata che soddisfano obiettivi di ricerca specifici.Un profilo più completo del genoma dei batteri consente di rivelare i meccanismi fondamentali alla base dei loro processi biologici, che potrebbero anche fornire un prezioso riferimento per le ricerche genomiche nelle specie eucariotiche superiori
Piattaforma:Nanopore ProethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio sequel II
