-
Urutan metagenomik (NGS)
Metagenom mengacu pada kumpulan materi genetik total dari komunitas campuran organisme, seperti metagenom lingkungan, metagenom manusia, dll. Ini berisi genom mikroorganisme yang dapat dibudidayakan dan tidak dapat dibudidayakan.Sekuensing metagenomik adalah alat molekuler yang digunakan untuk menganalisis bahan genom campuran yang diekstraksi dari sampel lingkungan, yang memberikan informasi terperinci tentang keanekaragaman dan kelimpahan spesies, struktur populasi, hubungan filogenetik, gen fungsional, dan jaringan korelasi dengan faktor lingkungan.
Platform:Illumina NovaSeq6000
-
Urutan Metagenomik-Nanopori
Metagenomics adalah alat molekuler yang digunakan untuk menganalisis bahan genom campuran yang diekstraksi dari sampel lingkungan, yang memberikan informasi rinci tentang keanekaragaman dan kelimpahan spesies, struktur populasi, hubungan filogenetik, gen fungsional dan jaringan korelasi dengan faktor lingkungan, dll. Platform pengurutan nanopori baru-baru ini diperkenalkan untuk studi metagenomik.Performanya yang luar biasa dalam panjang baca sebagian besar meningkatkan analisis metagenomik hilir, terutama perakitan metagenom.Mengambil keuntungan dari panjang baca, studi metagenomik berbasis Nanopore mampu mencapai perakitan yang lebih berkelanjutan dibandingkan dengan metagenomik senapan.Telah dipublikasikan bahwa metagenomics berbasis Nanopore berhasil menghasilkan genom bakteri lengkap dan tertutup dari mikrobioma (Moss, EL, et. al,Biotek Alam, 2020)
Platform:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Subunit pada rRNA 16S dan 18S yang mengandung daerah yang sangat terkonservasi dan hipervariabel adalah sidik jari molekuler yang sempurna untuk identifikasi organisme prokariotik dan eukariotik.Mengambil keuntungan dari pengurutan, amplikon ini dapat ditargetkan berdasarkan bagian yang dilestarikan dan daerah hiper-variabel dapat sepenuhnya dikarakterisasi untuk identifikasi mikroba yang berkontribusi pada studi yang mencakup analisis keragaman mikroba, taksonomi, filogeni, dll. Single-molekul real-time (SMRT ) pengurutan platform PacBio memungkinkan perolehan pembacaan panjang yang sangat akurat, yang dapat mencakup amplikon panjang penuh (sekitar 1,5 Kb).Pandangan luas bidang genetik sangat meningkatkan resolusi dalam anotasi spesies dalam komunitas bakteri atau jamur.
Platform:Sekuel PacBio II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Pengurutan amplikon 16S/18S/ITS bertujuan untuk mengungkap filogeni, taksonomi, dan kelimpahan spesies dalam komunitas mikroba dengan menyelidiki produk PCR dari penanda genetik rumah tangga yang mengandung bagian yang sangat berkonversi dan hipervariabel.Pengenalan sidik jari molekul sempurna ini oleh Woeses et al, (1977) memberdayakan profil mikrobioma bebas isolasi.Pengurutan 16S (bakteri), 18S (jamur) dan Internal transscribed spacer (ITS, fungi) memungkinkan identifikasi spesies yang melimpah serta spesies langka dan tidak teridentifikasi.Teknologi ini telah menjadi alat yang banyak diterapkan dan utama dalam mengidentifikasi komposisi mikroba diferensial di berbagai lingkungan, seperti mulut manusia, usus, kotoran, dll.
Platform:Illumina NovaSeq6000
-
Pengurutan Ulang Genom Seluruh Bakteri dan Jamur
Pengurutan ulang seluruh genom bakteri dan jamur adalah alat penting untuk melengkapi genom bakteri dan jamur yang diketahui, serta untuk membandingkan banyak genom atau untuk memetakan genom organisme baru.Sangat penting untuk mengurutkan seluruh genom bakteri dan jamur untuk menghasilkan genom referensi yang akurat, untuk melakukan identifikasi mikroba dan studi genom komparatif lainnya.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
Genom jamur
Biomarker Technologies menyediakan survei genom, genom halus, dan genom pen lengkap jamur tergantung pada tujuan penelitian tertentu.Pengurutan genom, perakitan, dan anotasi fungsional dapat dicapai dengan menggabungkan pengurutan generasi berikutnya + Pengurutan generasi ketiga untuk mencapai perakitan genom tingkat tinggi.Teknologi Hi-C juga dapat digunakan untuk memfasilitasi perakitan genom pada tingkat kromosom.
Platform:Sekuel PacBio II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Genom Lengkap Bakteri
Biomarker Technologies menyediakan layanan pengurutan untuk membangun genom lengkap bakteri dengan celah nol.Alur kerja utama konstruksi genom lengkap bakteri mencakup pengurutan generasi ketiga, perakitan, anotasi fungsional, dan analisis bioinformatika lanjutan yang memenuhi tujuan penelitian tertentu.Profil genom bakteri yang lebih komprehensif memberdayakan pengungkapan mekanisme mendasar yang mendasari proses biologis mereka, yang juga dapat memberikan referensi berharga untuk penelitian genom pada spesies eukariotik yang lebih tinggi
Platform:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
Sekuel PacBio II
