-
Mpangilio wa Metagenomic (NGS)
Metagenome inarejelea mkusanyo wa jumla ya nyenzo za kijeni za jumuiya mchanganyiko ya viumbe, kama vile metagenome ya kimazingira, metagenome ya binadamu, n.k. Ina jenomu za vijiumbe vidogo vinavyoweza kupandwa na visivyoweza kupandwa.Mfuatano wa Metagenomic ni zana ya molekuli inayotumiwa kuchanganua nyenzo mchanganyiko za jeni zilizotolewa kutoka kwa sampuli za mazingira, ambayo hutoa maelezo ya kina katika anuwai ya spishi na wingi, muundo wa idadi ya watu, uhusiano wa filojenetiki, jeni tendaji na mtandao wa uhusiano na sababu za mazingira.
Jukwaa:Illumina NovaSeq6000
-
Mpangilio wa Metagenomic-Nanopore
Metagenomics ni zana ya molekuli inayotumiwa kuchanganua nyenzo mchanganyiko za jeni zilizotolewa kutoka kwa sampuli za mazingira, ambayo hutoa maelezo ya kina katika anuwai ya spishi na wingi, muundo wa idadi ya watu, uhusiano wa filojenetiki, jeni tendaji na mtandao wa uhusiano na mambo ya mazingira, n.k. Jukwaa la mpangilio la Nanopore limeanzishwa hivi karibuni. kwa masomo ya metagenomic.Utendaji wake bora katika urefu wa usomaji uliimarishwa kwa kiasi kikubwa uchanganuzi wa metagenomic chini ya mkondo, haswa unganisho la metagenome.Kwa kuchukua manufaa ya urefu wa kusoma, utafiti wa metagenomic unaotegemea Nanopore unaweza kufikia mkusanyiko unaoendelea zaidi ukilinganisha na metagenomics ya risasi-gun.Imechapishwa kuwa metagenomics inayotegemea Nanopore ilifanikiwa kutoa jenomu za bakteria kamili na zilizofungwa kutoka kwa vijiumbe (Moss, EL, et. al,Bayoteknolojia ya Asili, 2020)
Jukwaa:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Kitengo kidogo cha 16S na 18S rRNA kilicho na maeneo yaliyohifadhiwa sana na yanayobadilikabadilika sana ni alama ya vidole vya molekuli ya utambuzi wa viumbe vya prokariyoti na yukariyoti.Kwa kuchukua faida ya mpangilio, amplikoni hizi zinaweza kulengwa kulingana na sehemu zilizohifadhiwa na maeneo yanayobadilika-badilika sana yanaweza kubainishwa kikamilifu kwa utambuzi wa vijiumbe vidogo vinavyochangia katika tafiti zinazohusu uchanganuzi wa viumbe hai, taksonomia, filojeni, n.k. Molekuli-moja katika muda halisi (SMRT) ) mpangilio wa jukwaa la PacBio huwezesha kupata usomaji sahihi wa muda mrefu, ambao unaweza kufunika amplikoni za urefu kamili (takriban 1.5 KB).Mtazamo mpana wa uwanja wa kijeni uliboresha sana azimio katika ufafanuzi wa spishi katika jamii ya bakteria au fangasi.
Jukwaa:Muendelezo wa PacBio II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Upangaji wa amplikoni ya 16S/18S/ITS inalenga kufichua filojeni, taksonomia, na wingi wa spishi katika jumuiya ya viumbe vidogo kwa kuchunguza bidhaa za PCR za viashirio vya kijeni vya utunzaji wa nyumbani ambavyo vina sehemu zenye mazungumzo mengi na zinazobadilikabadilika.Kuanzishwa kwa alama hizi kamili za vidole vya molekuli na Woeses et al, (1977) huwezesha uwekaji wasifu wa microbiome bila kutengwa.Mfuatano wa 16S (bakteria), 18S (fangasi) na Kinafsi cha ndani (ITS, kuvu) huruhusu utambuzi wa spishi nyingi pamoja na spishi adimu na zisizojulikana.Teknolojia hii imekuwa zana inayotumika sana na kuu katika kubaini muundo tofauti wa vijidudu katika mazingira anuwai, kama vile mdomo wa mwanadamu, matumbo, kinyesi, n.k.
Jukwaa:Illumina NovaSeq6000
-
Upangaji upya wa Genome ya Bakteria na Kuvu
Upangaji upya wa jenomu nzima ya bakteria na kuvu ni zana muhimu ya kukamilisha jenomu za bakteria zinazojulikana na kuvu, na pia kulinganisha jenomu nyingi au kuweka ramani ya jenomu za viumbe vipya.Ni muhimu sana kupanga jenomu nzima za bakteria na kuvu ili kutoa jeni sahihi za marejeleo, kufanya utambuzi wa vijiumbe na tafiti zingine linganishi za jenomu.
Jukwaa: Illumina NovaSeq 6000
-
Jenomu ya Kuvu
Biomarker Technologies hutoa uchunguzi wa jenomu, jenomu nzuri na jenomu kamili ya fangasi kulingana na lengo mahususi la utafiti.Mfuatano wa jenomu, unganisho na ufafanuzi wa utendaji unaweza kuafikiwa kwa kuchanganya mpangilio wa kizazi kijacho + Mfuatano wa kizazi cha tatu ili kufikia mkusanyiko wa kiwango cha juu wa jenomu.Teknolojia ya Hi-C pia inaweza kutumika kuwezesha mkusanyiko wa jenomu katika kiwango cha kromosomu.
Jukwaa:Muendelezo wa PacBio II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Bakteria Kamili Genome
Biomarker Technologies hutoa huduma ya mfuatano juu ya kuunda jenomu kamili ya bakteria na pengo sifuri.Mtiririko mkuu wa bakteria ujenzi kamili wa jenomu unajumuisha mpangilio wa kizazi cha tatu, kuunganisha, ufafanuzi wa kiutendaji na uchanganuzi wa hali ya juu wa kibayolojia unaotimiza malengo mahususi ya utafiti.Uchambuzi wa kina zaidi wa jenomu ya bakteria huwezesha kufichua taratibu za kimsingi zinazotokana na michakato yao ya kibaolojia, ambayo inaweza pia kutoa marejeleo muhimu kwa ajili ya tafiti za kijinomu katika spishi za juu za yukariyoti.
Jukwaa:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
Muendelezo wa PacBio II
