-
Metagenomsko sekvenciranje (NGS)
Metagenom se odnosi na kolekciju ukupnog genetskog materijala mješovite zajednice organizama, kao što je metagenom okoliša, ljudski metagenom, itd. Sadrži genome mikroorganizama koji se mogu kultivirati i koji se ne mogu kultivirati.Metagenomsko sekvenciranje je molekularni alat koji se koristi za analizu mješovitih genomskih materijala ekstrahiranih iz uzoraka okoliša, koji pruža detaljne informacije o raznolikosti i brojnosti vrsta, strukturi populacije, filogenetskom odnosu, funkcionalnim genima i korelacijskoj mreži sa faktorima okoline.
Platforma:Illumina NovaSeq6000
-
Metagenomic Sequencing-Nanopore
Metagenomika je molekularni alat koji se koristi za analizu mješovitih genomskih materijala ekstrahiranih iz uzoraka okoliša, koji pruža detaljne informacije o raznolikosti i brojnosti vrsta, strukturi populacije, filogenetskom odnosu, funkcionalnim genima i korelacijskoj mreži sa faktorima okoline, itd. Platforma za sekvenciranje nanopora je nedavno uvedena na metagenomske studije.Njegove izvanredne performanse u dužini čitanja uvelike su poboljšale nizvodnu metagenomsku analizu, posebno sklapanje metagenoma.Koristeći prednosti dužine čitanja, metagenomska studija zasnovana na Nanoporeu je u stanju da postigne kontinuiraniji sklop u poređenju sa metagenomikom sačmarica.Objavljeno je da je metagenomika zasnovana na Nanopore uspješno generirala kompletne i zatvorene bakterijske genome iz mikrobioma (Moss, EL, et. al,Nature Biotech, 2020)
Platforma:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Podjedinica na 16S i 18S rRNA koja sadrži i visoko konzervirane i hiper-varijabilne regije je savršen molekularni otisak prsta za identifikaciju prokariotskih i eukariotskih organizama.Koristeći prednosti sekvenciranja, ovi amplikoni mogu biti ciljani na osnovu očuvanih dijelova, a hiper-varijabilne regije mogu se u potpunosti okarakterizirati za identifikaciju mikroba, što doprinosi studijama koje pokrivaju analizu mikrobne raznolikosti, taksonomiju, filogeniju, itd. Pojedinačna molekula u realnom vremenu (SMRT ) sekvencioniranje PacBio platforme omogućava dobijanje visoko preciznih dugih čitanja, koja mogu pokriti amplikone pune dužine (cca. 1,5 Kb).Širi pogled na genetsko polje uvelike je poboljšao rezoluciju u označavanju vrsta u zajednici bakterija ili gljiva.
Platforma:PacBio nastavak II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Sekvenciranje 16S/18S/ITS amplikona ima za cilj otkrivanje filogenije, taksonomije i obilja vrsta u mikrobnoj zajednici istraživanjem PCR proizvoda kućnih genetskih markera koji sadrže i visoko konverzirane i hipervarijabilne dijelove.Uvođenje ovih savršenih molekularnih otisaka prstiju od strane Woesesa et al, (1977) omogućava profiliranje mikrobioma bez izolacije.Sekvenciranje 16S (bakterije), 18S (gljive) i internog transkribovanog razmaknice (ITS, gljive) omogućava identifikaciju kako rasprostranjenih vrsta, tako i retkih i neidentifikovanih vrsta.Ova tehnologija je postala široko primijenjeno i glavno sredstvo u identifikaciji različitog mikrobnog sastava u različitim sredinama, kao što su ljudska usta, crijeva, izmet itd.
Platforma:Illumina NovaSeq6000
-
Ponovno sekvenciranje cijelog genoma bakterija i gljivica
Ponovno sekvenciranje cijelog genoma bakterija i gljivica je kritično sredstvo za kompletiranje genoma poznatih bakterija i gljivica, kao i za poređenje više genoma ili mapiranje genoma novih organizama.Od velike je važnosti sekvencirati čitave genome bakterija i gljivica kako bi se generirali tačni referentni genomi, radila mikrobna identifikacija i druge komparativne studije genoma.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Gljivični genom
Biomarker Technologies pruža pregled genoma, fini genom i pene-kompletan genom gljivica u zavisnosti od specifičnog cilja istraživanja.Sekvenciranje genoma, sklapanje i funkcionalno označavanje mogu se postići kombinacijom sekvenciranja sljedeće generacije + sekvenciranja treće generacije kako bi se postiglo sastavljanje genoma na visokom nivou.Hi-C tehnologija se takođe može koristiti za olakšavanje sklapanja genoma na nivou hromozoma.
Platforma:PacBio nastavak II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Kompletan genom bakterija
Biomarker Technologies pruža uslugu sekvenciranja za konstruisanje kompletnog genoma bakterija sa nultom prazninom.Glavni tok rada kompletne konstrukcije genoma bakterije uključuje sekvenciranje treće generacije, sklapanje, funkcionalnu anotaciju i naprednu bioinformatičku analizu koja ispunjava specifične ciljeve istraživanja.Sveobuhvatnije profiliranje genoma bakterija omogućava otkrivanje temeljnih mehanizama koji leže u osnovi njihovih bioloških procesa, što bi također moglo pružiti vrijednu referencu za genomska istraživanja viših eukariotskih vrsta.
Platforma:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio nastavak II
