ਡੀਐਨਏ/ਆਰਐਨਏ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ - ਪੈਕਬੀਓ ਸੀਕੁਏਂਸਰ
ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ
PacBio ਸੀਕੁਐਂਸਰ 'ਤੇ ਦੋ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਮੋਡ: ਕੰਟੀਨਿਊਅਸ ਲੌਂਗ ਰੀਡ (CLR) ਅਤੇ ਸਰਕੂਲਰ ਕੰਸੈਂਸਸ ਰੀਡ (CCS)
| ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਮੋਡ | ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦਾ ਆਕਾਰ | ਸਿਧਾਂਤਕ ਡੇਟਾਉਪਜ (ਪ੍ਰਤੀ ਸੈੱਲ) | ਸਿੰਗਲ-ਆਧਾਰਸ਼ੁੱਧਤਾ | ਐਪਲੀਕੇਸ਼ਨਾਂ |
| ਸੀ.ਐਲ.ਆਰ | 20Kb, 30Kb, ਆਦਿ। | 80 ਜੀ.ਬੀ. ਤੋਂ 130 ਜੀ.ਬੀ | ਲਗਭਗ.85% | ਡੀ ਨੋਵੋ, SV ਕਾਲਿੰਗ, ਆਦਿ। |
| ਸੀ.ਸੀ.ਐਸ | 15-20 ਕਿ.ਬੀ | 14 ਤੋਂ 40 ਜੀ.ਬੀ./ਸੈੱਲ (ਸੀਕਵਲ II) 70 ਤੋਂ 110 ਜੀ.ਬੀ./ਸੈੱਲ (ਰਿਵੀਓ) ਨਮੂਨੇ 'ਤੇ ਨਿਰਭਰ ਕਰਦਾ ਹੈ | ਲਗਭਗ.99% | ਡੀ ਨੋਵੋ, SNP/Indel/SV ਕਾਲਿੰਗ, Iso-Seq, |
Revio ਅਤੇ Sequel II ਦੇ ਪ੍ਰਦਰਸ਼ਨ ਅਤੇ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਦੀ ਤੁਲਨਾ
| ਸ਼ਰਤਾਂ | ਸੀਕਵਲ II ਸਿਸਟਮ | ਰੀਵੀਓ ਸਿਸਟਮ | ਵਧਾਓ |
| ਉੱਚ ਘਣਤਾ | 8 ਮਿਲੀਅਨ ZMWs | 25 ਮਿਲੀਅਨ ZMWs | 3x |
| ਸੁਤੰਤਰ ਪੜਾਅ | 1 | 4 | 4x |
| ਘੱਟ ਰਨ ਵਾਰ | 30 ਘੰਟੇ | 24 ਘੰਟੇ | 1.25 ਗੁਣਾ |
| 30X HiFi ਮਨੁੱਖੀ ਜੀਨੋਮ / ਸਾਲ | 88 | 1,300 | 1ਕੁੱਲ ਮਿਲਾ ਕੇ 5 ਗੁਣਾ |
ਸੇਵਾ ਦੇ ਫਾਇਦੇ
● ਵੱਖ-ਵੱਖ ਕਿਸਮਾਂ ਦੇ ਨਾਲ ਹਜ਼ਾਰਾਂ ਬੰਦ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟਾਂ ਦੇ ਨਾਲ PacBio ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਪਲੇਟਫਾਰਮ 'ਤੇ 8 ਸਾਲਾਂ ਤੋਂ ਵੱਧ ਦਾ ਅਨੁਭਵ।
● ਪੂਰੀ ਤਰ੍ਹਾਂ ਨਾਲ ਨਵੀਨਤਮ PacBio ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਪਲੇਟਫਾਰਮਾਂ, ਰੀਵੀਓ ਨਾਲ ਲੈਸ ਹੈ ਤਾਂ ਜੋ ਲੋੜੀਂਦੇ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਥ੍ਰੋਪੁੱਟ ਦੀ ਗਾਰੰਟੀ ਦਿੱਤੀ ਜਾ ਸਕੇ।
● ਤੇਜ਼ ਵਾਰੀ-ਵਾਰੀ ਸਮਾਂ, ਉੱਚ ਡੇਟਾ ਉਪਜ ਅਤੇ ਵਧੇਰੇ ਸਟੀਕ ਡੇਟਾ।
● ਸੈਂਕੜੇ ਉੱਚ-ਪ੍ਰਭਾਵ ਵਾਲੇ PacBio-ਆਧਾਰਿਤ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਨਾਂ ਵਿੱਚ ਯੋਗਦਾਨ ਪਾਇਆ।
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ
| ਨਮੂਨਾ ਦੀ ਕਿਸਮ | ਦੀ ਰਕਮ | ਇਕਾਗਰਤਾ (Qubit®) | ਵਾਲੀਅਮ | ਸ਼ੁੱਧਤਾ | ਹੋਰ |
| ਜੀਨੋਮਿਕ ਡੀਐਨਏ | ਡਾਟਾ ਦੀ ਲੋੜ 'ਤੇ ਨਿਰਭਰ ਕਰਦਾ ਹੈ | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5； 260 nm 'ਤੇ ਸਾਫ਼ ਸਿਖਰ,ਕੋਈ ਗੰਦਗੀ ਨਹੀਂ | ਇਕਾਗਰਤਾ ਨੂੰ ਕਿਊਬਿਟ ਅਤੇ ਕਿਊਬਿਟ/ਨੈਨੋਪੋਰ = 0.8-2.5 ਦੁਆਰਾ ਮਾਪਿਆ ਜਾਣਾ ਚਾਹੀਦਾ ਹੈ |
| ਕੁੱਲ RNA | ≥1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5；ਕੋਈ ਗੰਦਗੀ ਨਹੀਂ | RIN ਮੁੱਲ ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
ਸਰਵਿਸ ਵਰਕਫਲੋ
ਨਮੂਨਾ ਦੀ ਤਿਆਰੀ
ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੀ ਉਸਾਰੀ
ਕ੍ਰਮਬੱਧ
ਡਾਟਾ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਡਿਲੀਵਰੀ
1. ਇਨ-ਹਾਊਸ ਡਾਟਾ ਉਪਜ
63 CCS ਸੈੱਲਾਂ (26 ਕਿਸਮਾਂ ਤੋਂ) ਤੋਂ ਤਿਆਰ ਡੇਟਾ
| ਡਾਟਾ-PacBio-CCS-15 Kb | ਔਸਤ | ਅਧਿਕਤਮ | ਘੱਟੋ-ਘੱਟ | ਮੱਧਮਾਨ |
| ਉਪਜ - ਸਬਰੇਡ (Gb) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS(Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| ਪੋਲੀਮੇਰੇਜ਼ N50 | 145,651 ਹੈ | 175,430 ਹੈ | 118,118 | 144,689 |
| N50 ਸਬਰੇਡਸ | 17,509 ਹੈ | 23,924 ਹੈ | 12,485 ਹੈ | 17,584 ਹੈ |
| CCS N50 | 14,490 ਹੈ | 19,034 ਹੈ | 9,876 ਹੈ | 14,747 ਹੈ |
| ਔਸਤ ਲੰਬਾਈ-ਪੋਲੀਮੇਰੇਜ਼ | 67,995 ਹੈ | 89,379 ਹੈ | 49,664 ਹੈ | 66,433 ਹੈ |
| ਔਸਤ ਲੰਬਾਈ-ਸਬਰੇਡਸ | 15,866 ਹੈ | 21,036 ਹੈ | 11,657 ਹੈ | 16,012 ਹੈ |
| ਔਸਤ ਲੰਬਾਈ-CCS | 14,489 ਹੈ | 19,074 ਹੈ | 8,575 ਹੈ | 14,655 ਹੈ |
16 CLR ਸੈੱਲਾਂ (76 ਕਿਸਮਾਂ ਤੋਂ) ਤੋਂ ਤਿਆਰ ਡੇਟਾ
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | ਔਸਤ | ਅਧਿਕਤਮ | ਘੱਟੋ-ਘੱਟ | ਮੱਧਮਾਨ |
| ਉਪਜ - ਸਬਰੇਡ (Gb) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| ਪੋਲੀਮੇਰੇਜ਼ N50 | 39,456 ਹੈ | 121,191 | 15,389 ਹੈ | 35,231 ਹੈ |
| N50 ਸਬਰੇਡਸ | 28,490 ਹੈ | 41,012 ਹੈ | 14,430 ਹੈ | 29,063 ਹੈ |
| ਔਸਤ ਲੰਬਾਈ-ਪੋਲੀਮੇਰੇਜ਼ | 22,063 ਹੈ | 48,886 ਹੈ | 8,747 ਹੈ | 21,555 ਹੈ |
| ਔਸਤ ਲੰਬਾਈ-ਸਬਰੇਡਸ | 17,720 ਹੈ | 27,225 ਹੈ | 8,293 ਹੈ | 17,779 ਹੈ |
2. ਡਾਟਾ QC - ਡੈਮੋਡਾਟਾ ਉਪਜ 'ਤੇ ਅੰਕੜੇ
| ਨਮੂਨਾ | ccs ਰੀਡਸ ਨੰਬਰ | ਕੁੱਲ ਸੀਸੀਐਸ ਬੇਸ (ਬੀਪੀ) | ccs ਰੀਡਜ਼ N50 (bp) | ccs ਔਸਤ ਲੰਬਾਈ (bp) | ccs ਸਭ ਤੋਂ ਲੰਬਾ ਪੜ੍ਹਿਆ (bp) | ਸਬਰੇਡ ਬੇਸ (ਬੀਪੀ) | ਸੀਸੀਐਸ ਦਰ(%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 ਹੈ | 15,726 ਹੈ | 36,110 ਹੈ | 863,326,330,465 | 6.27 |
