-
Metagenomik Dizileme (NGS)
Metagenom, çevresel metagenom, insan metagenomu vb. gibi karışık bir organizma topluluğunun toplam genetik materyalinin bir koleksiyonunu ifade eder. Hem yetiştirilebilir hem de yetiştirilemez mikroorganizmaların genomlarını içerir.Metagenomik dizileme, tür çeşitliliği ve bolluğu, popülasyon yapısı, filogenetik ilişki, fonksiyonel genler ve çevresel faktörlerle korelasyon ağı hakkında ayrıntılı bilgi sağlayan, çevresel örneklerden elde edilen karışık genomik materyalleri analiz etmek için kullanılan moleküler bir araçtır.
Platform:Illumina NovaSeq6000
-
Metagenomik Sıralama-Nanopor
Metagenomik, tür çeşitliliği ve bolluğu, popülasyon yapısı, filogenetik ilişki, fonksiyonel genler ve çevresel faktörlerle korelasyon ağı vb. hakkında ayrıntılı bilgi sağlayan, çevresel örneklerden elde edilen karışık genomik materyalleri analiz etmek için kullanılan moleküler bir araçtır. Nanopore dizileme platformları yakın zamanda tanıtılmıştır. metagenomik çalışmalaraOkuma uzunluğundaki olağanüstü performansı, özellikle metagenom montajı olmak üzere aşağı akış metagenomik analizini büyük ölçüde geliştirdi.Okuma uzunluğunun avantajlarından yararlanan Nanopore tabanlı metagenomik çalışma, shot-gun metagenomik ile karşılaştırıldığında daha sürekli montaj elde edebilmektedir.Nanopore tabanlı metagenomiklerin mikrobiyomlardan başarılı bir şekilde tam ve kapalı bakteri genomları oluşturduğu yayınlanmıştır (Moss, EL, et. al,Doğa Biyoteknolojisi, 2020)
Platform:Nanopor PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplikon Dizileme-PacBio
16S ve 18S rRNA üzerindeki hem yüksek oranda korunmuş hem de aşırı değişken bölgeleri içeren alt birim, prokaryotik ve ökaryotik organizmaların tanımlanması için mükemmel bir moleküler parmak izidir.Dizilemeden yararlanarak, bu amplikonlar, korunan parçalara dayalı olarak hedeflenebilir ve mikrobiyal çeşitlilik analizi, taksonomi, filogeni, vb. kapsayan çalışmalara katkıda bulunan mikrobiyal tanımlama için hiper değişken bölgeler tamamen karakterize edilebilir. Tek moleküllü gerçek zamanlı (SMRT) ) PacBio platformunun dizilimi, tam uzunluktaki amplikonları (yaklaşık 1.5 Kb) kapsayabilecek yüksek doğrulukta uzun okumaların elde edilmesini sağlar.Genetik alanın geniş görüşü, bakteri veya mantar topluluğunda tür açıklamalarındaki çözünürlüğü büyük ölçüde artırdı.
Platform:PacBio Devam II
-
16S/18S/ITS Amplikon Dizileme-NGS
16S/18S/ITS amplikon dizilimi, hem yüksek oranda karşılıklı hem de aşırı değişken parçalar içeren temizlik genetik belirteçlerinin PCR ürünlerini araştırarak bir mikrobiyal toplulukta filogeniyi, taksonomiyi ve tür bolluğunu ortaya çıkarmayı amaçlar.Woeses ve diğerleri (1977) tarafından bu mükemmel moleküler parmak izinin tanıtılması, izolasyonsuz mikrobiyom profillemeyi güçlendirir.16S (bakteri), 18S (mantar) ve Dahili kopyalanmış aralayıcı (ITS, mantarlar) dizilimi, hem bol türlerin hem de nadir ve tanımlanamayan türlerin tanımlanmasına izin verir.Bu teknoloji, insan ağzı, bağırsaklar, dışkı vb. gibi çeşitli ortamlarda farklı mikrobiyal bileşimi tanımlamada yaygın olarak uygulanan ve önemli bir araç haline geldi.
Platform:Illumina NovaSeq6000
-
Bakteriyel ve Mantar Tüm Genom Yeniden Dizileme
Bakteriyel ve fungal tüm genomun yeniden dizilimi, bilinen bakteri ve mantarların genomlarını tamamlamanın yanı sıra çoklu genomları karşılaştırmak veya yeni organizmaların genomlarını haritalamak için kritik bir araçtır.Doğru referans genomlar oluşturmak, mikrobiyal tanımlama ve diğer karşılaştırmalı genom çalışmaları yapmak için bakteri ve mantarların tüm genomlarının dizilenmesi büyük önem taşımaktadır.
Platform: Illumina NovaSeq 6000
-
mantar genomu
Biomarker Technologies, spesifik araştırma hedefine bağlı olarak genom araştırması, ince genom ve mantarın pene-tam genomu sağlar.Genom dizileme, birleştirme ve işlevsel açıklama, üst düzey genom birleştirme elde etmek için Yeni nesil dizileme + Üçüncü nesil dizileme birleştirilerek elde edilebilir.Hi-C teknolojisi, kromozom seviyesinde genom montajını kolaylaştırmak için de kullanılabilir.
Platform:PacBio Devam II
Nanopor PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Bakteri Komple Genom
Biomarker Technologies, sıfır boşluklu eksiksiz bakteri genomu oluşturma konusunda sıralama hizmeti sunar.Bakterilerin eksiksiz genom yapısının ana iş akışı, belirli araştırma hedeflerini karşılayan üçüncü nesil dizileme, montaj, işlevsel açıklama ve gelişmiş biyoinformatik analizi içerir.Bakteri genomunun daha kapsamlı bir profili, biyolojik süreçlerinin altında yatan temel mekanizmaların ortaya çıkarılmasını sağlar ve bu da yüksek ökaryotik türlerde genomik araştırmalar için değerli referanslar sağlayabilir.
Platform:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio Devam II
