-
מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג (NGS)
מעטאַגענאָמע רעפערס צו אַ זאַמלונג פון גאַנץ גענעטיק מאַטעריאַל פון אַ געמישט קהל פון אָרגאַניזאַמז, אַזאַ ווי ינווייראַנמענאַל מעטאַגענאָם, מענטש מעטאַגענאָם, אאז"ו ו עס כּולל גענאָמעס פון ביידע קאַלטיווייטיד און אַנקאַלטיוואַבאַל מייקראָואָרגאַניזאַמז.מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג איז אַ מאָלעקולאַר געצייַג געניצט צו פונאַנדערקלייַבן די געמישט גענאָמיק מאַטעריאַלס יקסטראַקטיד פון ינווייראַנמענאַל סאַמפּאַלז, וואָס גיט דיטיילד אינפֿאָרמאַציע אין מינים דייווערסיטי און שעפע, באַפעלקערונג סטרוקטור, פילאָגענעטיק שייכות, פאַנגקשאַנאַל גענעס און קאָראַליישאַן נעץ מיט ינווייראַנמענאַל סיבות.
פּלאַטפאָרמע:Illumina NovaSeq6000
-
מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג-נאַנאָפּאָרע
מעטאַגענאָמיקס איז אַ מאָלעקולאַר געצייַג געניצט צו אַנאַלייז די געמישט גענאָמיק מאַטעריאַלס יקסטראַקטיד פון ינווייראַנמענאַל סאַמפּאַלז, וואָס גיט דיטיילד אינפֿאָרמאַציע אין מינים דייווערסיטי און שעפע, באַפעלקערונג סטרוקטור, פילאָגענעטיק שייכות, פאַנגקשאַנאַל גענעס און קאָראַליישאַן נעץ מיט ינווייראַנמענאַל סיבות, אאז"ו ו. נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמס האָבן לעצטנס באַקענענ צו מעטאַגענאָמיק שטודיום.זיין בוילעט פאָרשטעלונג אין לייענען לענג לאַרגעלי ענכאַנסט אַראָפּ טייַך מעטאַגענאָמיק אַנאַליסיס, ספּעציעל מעטאַגענאָמע פֿאַרזאַמלונג.מיט די אַדוואַנטידזשיז פון לייענען-לענג, נאַנאָפּאָרע-באזירט מעטאַגענאָמיק לערנען איז ביכולת צו דערגרייכן מער קעסיידערדיק פֿאַרזאַמלונג קאַמפּערד מיט שאָס-ביקס מעטאַגענאָמיקס.עס איז ארויס אַז נאַנאָפּאָרע-באזירט מעטאַגענאָמיקס הצלחה דזשענערייטאַד גאַנץ און פֿאַרמאַכט באַקטיריאַל גענאָמעס פון מיקראָביאָמעס (Moss, EL, et. על,נאַטור ביאָטעטש, 2020)
פּלאַטפאָרמע:נאַנאָפּאָרע פּראָמעהיאָן פּ48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
די סובוניט אויף 16S און 18S rRNA מיט ביידע העכסט קאַנסערווד און כייפּער-בייַטעוודיק מקומות איז אַ שליימעסדיק מאָלעקולאַר פינגערפּרינט פֿאַר לעגיטימאַציע פון פּראָקאַריאָטיק און עוקאַריאָטיק אָרגאַניזאַמז.ניצן די סיקוואַנסינג, די אַמפּליקאָנס קענען זיין טאַרגעטעד באזירט אויף די קאַנסערווד פּאַרץ און די כייפּער וועריאַבאַל מקומות קענען זיין גאָר קעראַקטערייזד פֿאַר מייקראָוביאַל לעגיטימאַציע קאַנטריביוטינג צו שטודיום וואָס דעקן מייקראָוביאַל דייווערסיטי אַנאַליסיס, טאַקסאָנאָמיע, פילאָגעניי, עטק. ) סיקוואַנסינג פון PacBio פּלאַטפאָרמע ינייבאַלז באַקומען העכסט פּינטלעך לאַנג לייענען, וואָס קען דעקן פול-לענג אַמפּליקאָנס (בעערעך 1.5 קב).די ברייט מיינונג פון גענעטיק פעלד זייער ענכאַנסט די האַכלאָטע אין מינים אַנאַטיישאַן אין באַקטיריאַ אָדער פאַנדזשיי קהל.
פּלאַטפאָרמע:PacBio סיקוואַל וו
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS אַמפּליקאָן סיקוואַנסינג יימז צו אַנטדעקן פילאָגעניי, טאַקסאָנאָמיע און מינים זעט אין אַ מייקראָוביאַל קהל דורך ינוועסטאַגייטינג פּקר פּראָדוקטן פון כאַוסקיפּינג גענעטיק מאַרקערס וואָס אַנטהאַלטן ביידע העכסט קאָנווערסעד און כייפּערוואַריאַבאַל פּאַרץ.די הקדמה פון די שליימעסדיק מאָלעקולאַר פינגערפּרינט דורך Woeses et al, (1977) ימפּאַוערז אפגעזונדערטקייט-פריי מיקראָביאָמע פּראָפילינג.סיקוואַנסינג פון 16S (באַקטיריאַ), 18S (פונגי) און אינערלעכער טראַנסקריבעד ספּייסער (ITS, פאַנדזשיי) אַלאַוז לעגיטימאַציע פון ביידע שעפעדיק מינים און זעלטן און אַניידענטאַפייד מינים.די טעכנאָלאָגיע איז געווארן אַ וויידלי אַפּפּליעד און הויפּט געצייַג צו ידענטיפיצירן דיפערענטשאַל מייקראָוביאַל זאַץ אין פאַרשידן ינווייראַנמאַנץ, אַזאַ ווי מענטשלעך מויל, ינטעסטינז, פעסעס, עטק.
פּלאַטפאָרמע:Illumina NovaSeq6000
-
שייַעך-סיקוואַנסינג פון באַקטיריאַל און פונגאַל גאַנץ גענאָמע
רי-סיקוואַנסינג פון די גאנצע גענאָמע פון באַקטיריאַ און פונגאַל איז אַ קריטיש געצייַג צו פאַרענדיקן די גענאָמעס פון באקאנט באַקטיריאַ און פונגי, ווי אויך צו פאַרגלייַכן קייפל גענאָמעס אָדער צו מאַפּע גענאָמעס פון נייַע אָרגאַניזאַמז.עס איז פון גרויס וויכטיקייט צו סיקוואַנס גאַנץ גענאָמעס פון באַקטיריאַ און פאַנדזשיי אין סדר צו דזשענערייט פּינטלעך רעפֿערענץ גענאָמעס, צו טאָן מייקראָוביאַל לעגיטימאַציע און אנדערע קאָמפּאַראַטיווע גענאָמע שטודיום.
פּלאַטפאָרמע: Illumina NovaSeq 6000
-
פונגאַל גענאָמע
ביאָמאַרקער טעטשנאָלאָגיעס צושטעלן גענאָמע יבערבליק, פייַן גענאָמע און פּענע-גאַנץ גענאָמע פון פונגאַל דיפּענדינג אויף ספּעציפיש פאָרשונג ציל.גענאָמע סיקוואַנסינג, פֿאַרזאַמלונג און פאַנגקשאַנאַל אַנאַטיישאַן קענען זיין אַטשיווד דורך קאַמביינינג ווייַטער-דור סיקוואַנסינג + דריט דור סיקוואַנסינג צו דערגרייכן הויך-מדרגה גענאָמע פֿאַרזאַמלונג.Hi-C טעכנאָלאָגיע קענען אויך זיין געוויינט צו פאַסילאַטייט גענאָמע פֿאַרזאַמלונג אויף כראָמאָסאָם מדרגה.
פּלאַטפאָרמע:PacBio סיקוואַל וו
נאַנאָפּאָרע פּראָמעהיאָן פּ48
Illumina NovaSeq 6000
-
באַקטיריאַ גאַנץ גענאָמע
Biomarker Technologies גיט סיקוואַנסינג דינסט פֿאַר קאַנסטראַקטינג גאַנץ גענאָמע פון באַקטיריאַ מיט נול ריס.דער הויפּט וואָרקפלאָוו פון די גאַנץ גענאָמע קאַנסטראַקשאַן פון באַקטיריאַ ינקלודז דריט דור סיקוואַנסינג, פֿאַרזאַמלונג, פאַנגקשאַנאַל אַנאַטיישאַן און אַוואַנסירטע ביאָינפאָרמאַטיק אַנאַליסיס מיט ספּעציפיש פאָרשונג גאָולז.א מער פולשטענדיק פּראָפילינג פון באַקטיריאַ גענאָמע ימפּאַוערז ריווילינג פון פונדאַמענטאַל מעקאַניזאַמז אַנדערלייינג זייער בייאַלאַדזשיקאַל פּראַסעסאַז, וואָס קען אויך צושטעלן ווערטפול רעפֿערענץ פֿאַר גענאָמיק פאָרשונג אין העכער עוקאַריאָטיק מינים.
פּלאַטפאָרמע:Nanopore Promethion P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio סיקוואַל וו
