-
Metagenomsko sekvenciranje (NGS)
Metagenom se odnosi na zbirku ukupnog genetskog materijala mješovite zajednice organizama, kao što je metagenom okoliša, ljudski metagenom, itd. Sadrži genome i kultiviranih i nekulturnih mikroorganizama.Metagenomsko sekvenciranje je molekularni alat koji se koristi za analizu miješanih genomskih materijala ekstrahiranih iz uzoraka okoliša, koji pruža detaljne informacije o raznolikosti i brojnosti vrsta, strukturi populacije, filogenetskom odnosu, funkcionalnim genima i korelacijskoj mreži s čimbenicima okoliša.
Platforma:Illumina NovaSeq6000
-
Metagenomsko sekvenciranje-Nanopore
Metagenomika je molekularni alat koji se koristi za analizu mješovitih genomskih materijala ekstrahiranih iz uzoraka okoliša, koji pruža detaljne informacije o raznolikosti i brojnosti vrsta, strukturi populacije, filogenetskom odnosu, funkcionalnim genima i korelacijskoj mreži s čimbenicima okoliša, itd. Platforma za sekvenciranje nanopora nedavno je uvedena na metagenomske studije.Njegove izvanredne performanse u duljini čitanja uvelike su poboljšale nizvodnu metagenomsku analizu, posebno sklapanje metagenoma.Koristeći prednosti duljine čitanja, metagenomska studija temeljena na Nanoporeu sposobna je postići kontinuiraniji sklop u usporedbi s metagenomikom sačmarica.Objavljeno je da je metagenomika zasnovana na Nanopore uspješno generirala potpune i zatvorene bakterijske genome iz mikrobioma (Moss, EL, et. al,Priroda Biotech, 2020.)
Platforma:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Podjedinica na 16S i 18S rRNA koja sadrži i visoko konzervirane i hiper-varijabilne regije savršen je molekularni otisak prsta za identifikaciju prokariotskih i eukariotskih organizama.Koristeći prednosti sekvenciranja, ovi se amplikoni mogu ciljati na temelju očuvanih dijelova, a hiper-varijabilne regije mogu se u potpunosti okarakterizirati za identifikaciju mikroba, pridonoseći studijama koje pokrivaju analizu mikrobne raznolikosti, taksonomiju, filogeniju, itd. Jedna molekula u stvarnom vremenu (SMRT ) sekvencioniranje PacBio platforme omogućuje dobivanje vrlo točnih dugih očitanja, koje bi mogle pokriti amplikone pune duljine (cca. 1,5 Kb).Prošireni pogled na genetsko polje uvelike je poboljšao razlučivost u označavanju vrsta u zajednici bakterija ili gljiva.
Platforma:PacBio nastavak II
-
16S/18S/ITS amplikonsko sekvenciranje-NGS
16S/18S/ITS sekvencioniranje amplikona ima za cilj otkrivanje filogenije, taksonomije i obilja vrsta u mikrobnoj zajednici istraživanjem PCR proizvoda kućnih genetskih markera koji sadrže i visoko konverzirane i hipervarijabilne dijelove.Uvođenje ovih savršenih molekularnih otisaka prstiju od strane Woesesa i sur. (1977.) omogućuje profiliranje mikrobioma bez izolacije.Sekvenciranje 16S (bakterije), 18S (gljive) i internog transkribiranog razmaknice (ITS, gljive) omogućuje identifikaciju i brojnih vrsta kao i rijetkih i neidentificiranih vrsta.Ova tehnologija postala je široko primjenjeno i glavno sredstvo u identifikaciji različitog mikrobnog sastava u različitim okruženjima, kao što su ljudska usta, crijeva, izmet itd.
Platforma:Illumina NovaSeq6000
-
Ponovno sekvenciranje cijelog genoma bakterija i gljivica
Ponovno sekvenciranje cijelog genoma bakterija i gljivica ključan je alat za dovršavanje genoma poznatih bakterija i gljiva, kao i za usporedbu više genoma ili za mapiranje genoma novih organizama.Od velike je važnosti sekvencirati čitave genome bakterija i gljivica kako bi se generirali točni referentni genomi, mikrobna identifikacija i druge usporedne studije genoma.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Genom gljivica
Biomarker Technologies osigurava pregled genoma, fini genom i potpuni genom gljivica ovisno o specifičnom cilju istraživanja.Sekvenciranje genoma, sastavljanje i funkcionalno označavanje mogu se postići kombinacijom sekvenciranja sljedeće generacije + sekvenciranja treće generacije kako bi se postiglo sastavljanje genoma na visokoj razini.Hi-C tehnologija se također može koristiti za olakšavanje sastavljanja genoma na razini kromosoma.
Platforma:PacBio nastavak II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Kompletan genom bakterija
Biomarker Technologies pruža uslugu sekvenciranja na izgradnji kompletnog genoma bakterija s nultom prazninom.Glavni tijek izgradnje kompletnog genoma bakterije uključuje sekvenciranje treće generacije, sastavljanje, funkcionalno označavanje i naprednu bioinformatičku analizu koja ispunjava specifične ciljeve istraživanja.Sveobuhvatnije profiliranje genoma bakterija omogućuje otkrivanje temeljnih mehanizama koji su u osnovi njihovih bioloških procesa, što bi također moglo pružiti vrijednu referencu za genomska istraživanja viših eukariotskih vrsta.
Platforma:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio nastavak II
