-
میٹجینومک ترتیب (این جی ایس)
میٹاجینوم سے مراد حیاتیات کی مخلوط کمیونٹی کے کل جینیاتی مواد کا مجموعہ ہے، جیسے ماحولیاتی میٹاجینوم، ہیومن میٹاجینوم، وغیرہ۔ اس میں قابل کاشت اور ناقابل کاشت مائکروجنزم دونوں کے جینوم ہوتے ہیں۔میٹاجینومک سیکوینسنگ ایک مالیکیولر ٹول ہے جو ماحولیاتی نمونوں سے اخذ کیے گئے مخلوط جینومک مواد کا تجزیہ کرنے کے لیے استعمال کیا جاتا ہے، جو انواع کے تنوع اور کثرت، آبادی کی ساخت، فائیلوجینیٹک تعلق، فنکشنل جینز اور ماحولیاتی عوامل کے ساتھ ارتباط کے نیٹ ورک میں تفصیلی معلومات فراہم کرتا ہے۔
پلیٹ فارم:Illumina NovaSeq6000
-
میٹجینومک سیکوینسنگ-نانوپور
میٹاجینومکس ایک مالیکیولر ٹول ہے جو ماحولیاتی نمونوں سے اخذ کیے گئے مخلوط جینومک مواد کا تجزیہ کرنے کے لیے استعمال کیا جاتا ہے، جو انواع کے تنوع اور کثرت، آبادی کی ساخت، فائیلوجنیٹک تعلق، فنکشنل جینز اور ماحولیاتی عوامل کے ساتھ ارتباط کے نیٹ ورک وغیرہ میں تفصیلی معلومات فراہم کرتا ہے۔ میٹجینومک مطالعہ کے لئے.پڑھنے کی لمبائی میں اس کی شاندار کارکردگی نے بڑے پیمانے پر ڈاون اسٹریم میٹجینومک تجزیہ، خاص طور پر میٹاجینوم اسمبلی میں اضافہ کیا۔پڑھنے کی لمبائی کا فائدہ اٹھاتے ہوئے، نانوپور پر مبنی میٹاجینومک مطالعہ شاٹ گن میٹاجینومکس کے مقابلے میں زیادہ مسلسل اسمبلی حاصل کرنے کے قابل ہے۔یہ شائع کیا گیا ہے کہ نانوپور پر مبنی میٹاجینومکس نے مائکرو بایومس (موس، ای ایل، وغیرہ سے مکمل اور بند بیکٹیریل جینوم کامیابی کے ساتھ تیار کیےنیچر بائیوٹیک، 2020)
پلیٹ فارم:نینو پور پرومیتھیون P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S اور 18S rRNA پر سبونائٹ انتہائی محفوظ اور ہائپر متغیر خطوں پر مشتمل ہے جو پروکیریٹک اور یوکرائیوٹک جانداروں کی شناخت کے لیے ایک بہترین مالیکیولر فنگر پرنٹ ہے۔ترتیب کا فائدہ اٹھاتے ہوئے، ان امپلیکونز کو محفوظ حصوں کی بنیاد پر نشانہ بنایا جا سکتا ہے اور ہائپر متغیر خطوں کو مائکروبیل کی شناخت کے لیے مکمل طور پر مخصوص کیا جا سکتا ہے جو مائکروبیل تنوع کے تجزیہ، درجہ بندی، فائیلوجنی وغیرہ کا احاطہ کرنے والے مطالعات میں حصہ ڈالتے ہیں۔ سنگل مالیکیول ریئل ٹائم (SMRT) ) PacBio پلیٹ فارم کی ترتیب انتہائی درست لمبی ریڈز حاصل کرنے کے قابل بناتی ہے، جس میں مکمل لمبائی والے ایمپلی کون (تقریباً 1.5 Kb) کا احاطہ کیا جا سکتا ہے۔جینیاتی میدان کے وسیع نقطہ نظر نے بیکٹیریا یا فنگی کمیونٹی میں پرجاتیوں کی تشریح میں حل کو بہت بہتر بنایا۔
پلیٹ فارم:PacBio سیکوئل II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS amplicon کی ترتیب کا مقصد ایک مائکروبیل کمیونٹی میں فائیلوجنی، درجہ بندی، اور پرجاتیوں کی کثرت کو ظاہر کرنا ہے جس میں ہاؤس کیپنگ جینیاتی مارکروں کے PCR مصنوعات کی چھان بین کرنا ہے جس میں بہت زیادہ بات چیت اور ہائپر ویری ایبل دونوں حصے ہوتے ہیں۔Woeses et al، (1977) کے ذریعہ ان کامل مالیکیولر فنگر پرنٹ کا تعارف تنہائی سے پاک مائکرو بایوم پروفائلنگ کو تقویت دیتا ہے۔16S (بیکٹیریا)، 18S (فنگ) اور اندرونی نقل شدہ اسپیسر (آئی ٹی ایس، فنگس) کی ترتیب سے وافر پرجاتیوں کے ساتھ ساتھ نایاب اور نامعلوم انواع دونوں کی شناخت کی اجازت ملتی ہے۔یہ ٹیکنالوجی مختلف ماحول، جیسے انسانی منہ، آنتیں، پاخانہ وغیرہ میں تفریق مائکروبیل مرکب کی شناخت کے لیے ایک وسیع پیمانے پر لاگو اور بڑا آلہ بنتی جا رہی ہے۔
پلیٹ فارم:Illumina NovaSeq6000
-
بیکٹیریل اور فنگل مکمل جینوم کی دوبارہ ترتیب
بیکٹیریل اور فنگل پورے جینوم کی دوبارہ ترتیب معلوم بیکٹیریم اور فنگس کے جینوم کو مکمل کرنے کے ساتھ ساتھ متعدد جینوموں کا موازنہ کرنے یا نئے جانداروں کے جینوم کا نقشہ بنانے کا ایک اہم ذریعہ ہے۔درست حوالہ جینوم تیار کرنے، مائکروبیل شناخت اور دیگر تقابلی جینوم مطالعہ کرنے کے لیے بیکٹیریم اور فنگس کے پورے جینوم کو ترتیب دینا بہت اہمیت کا حامل ہے۔
پلیٹ فارم: Illumina NovaSeq 6000
-
فنگل جینوم
بائیو مارکر ٹیکنالوجیز مخصوص تحقیقی اہداف کے لحاظ سے جینوم سروے، فائن جینوم اور فنگل کا مکمل جینوم فراہم کرتی ہیں۔اعلی درجے کی جینوم اسمبلی کو حاصل کرنے کے لیے اگلی نسل کی ترتیب + تیسری نسل کی ترتیب کو یکجا کر کے جینوم کی ترتیب، اسمبلی اور فنکشنل تشریح حاصل کی جا سکتی ہے۔کروموسوم کی سطح پر جینوم اسمبلی کی سہولت کے لیے ہائی-سی ٹیکنالوجی کو بھی استعمال کیا جا سکتا ہے۔
پلیٹ فارم:PacBio سیکوئل II
نینو پور پرومیتھیون P48
Illumina NovaSeq 6000
-
بیکٹیریا مکمل جینوم
بائیو مارکر ٹیکنالوجیز صفر کے فرق کے ساتھ بیکٹیریا کے مکمل جینوم کی تعمیر پر ترتیب دینے کی خدمت فراہم کرتی ہے۔بیکٹیریا مکمل جینوم کی تعمیر کے مین ورک فلو میں تھرڈ جنریشن کی ترتیب، اسمبلی، فنکشنل اینوٹیشن اور ایڈوانس بائیو انفارمیٹک تجزیہ شامل ہے جو مخصوص تحقیقی اہداف کو پورا کرتا ہے۔بیکٹیریا جینوم کی ایک زیادہ جامع پروفائلنگ ان کے حیاتیاتی عمل کے بنیادی میکانزم کو ظاہر کرنے کی طاقت دیتی ہے، جو اعلی یوکرائیوٹک پرجاتیوں میں جینومک تحقیق کے لیے قابل قدر حوالہ بھی فراہم کر سکتی ہے۔
پلیٹ فارم:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio سیکوئل II
