-
Genom bo'yicha assotsiatsiya tahlili
Genom bo'yicha assotsiatsiya tadqiqoti (GWAS) o'ziga xos belgilar (fenotip) bilan bog'liq bo'lgan genetik variantlarni (genotip) aniqlashga qaratilgan.GWAS tadqiqoti ko'p sonli shaxslarning butun genomini kesib o'tgan genetik belgilarni o'rganadi va populyatsiya darajasida statistik tahlil orqali genotip-fenotip birlashmalarini bashorat qiladi.U inson kasalliklari va hayvonlar yoki o'simliklarning murakkab belgilari bo'yicha funktsional genlarni qazib olish bo'yicha tadqiqotlarda keng qo'llanilgan.
-
Bir yadroli RNK ketma-ketligi
Yagona hujayralarni suratga olish va individual kutubxonani qurish texnikasidagi yutuqlar yuqori o'tkazuvchanlik sekvensiyasi bilan uyg'unlashgan holda hujayralar bo'yicha gen ekspressiyasini o'rganish imkonini beradi.Bu murakkab hujayra populyatsiyalari bo'yicha tizimni chuqurroq va to'liq tahlil qilish imkonini beradi, bunda u barcha hujayralarni o'rtacha hisoblab, ularning heterojenligini niqoblashdan qochadi.
Biroq, ba'zi hujayralar bir hujayrali suspenziya qilish uchun mos emas, shuning uchun namuna tayyorlashning boshqa usullari - to'qimalardan yadro olish kerak, ya'ni yadro to'qimalardan yoki hujayradan to'g'ridan-to'g'ri chiqariladi va bitta yadroli suspenziyaga tayyorlanadi. hujayralar ketma-ketligi.
BMK 10 × Genomics ChromiumTM asosidagi bir hujayrali RNK sekvensiyasi xizmatini taqdim etadi.Ushbu xizmat kasallik bilan bog'liq tadqiqotlar bo'yicha tadqiqotlarda keng qo'llaniladi, masalan, immunitet hujayralarining differentsiatsiyasi, o'smalarning heterojenligi, to'qimalarning rivojlanishi va boshqalar.
Fazoviy transkriptom chipi: 10 × Genomika
Platforma: Illumina NovaSeq platformasi
-
O'simlik/hayvonlarning butun genomini ketma-ketlashtirish
Butun genomni qayta tartiblash, shuningdek, WGS sifatida ham tanilgan, butun genomda umumiy va kam uchraydigan mutatsiyalarni, shu jumladan bitta nukleotid polimorfizmi (SNP), kiritishni o'chirish (InDel), tuzilma o'zgarishi (SV) va nusxa ko'chirish sonining o'zgarishini (CNV) aniqlash imkonini beradi. ).SV lar SNP larga qaraganda o'zgaruvchanlik bazasining katta qismini tashkil qiladi va tirik organizmlarga sezilarli ta'sir ko'rsatadigan genomga ko'proq ta'sir qiladi.Uzoq vaqt davomida o'qilgan qayta tartiblash katta bo'laklarni va murakkab o'zgarishlarni aniqroq aniqlash imkonini beradi, chunki uzoq o'qishlar tandem takrorlari, GC/ATga boy hududlar va giper-o'zgaruvchan hududlar kabi murakkab hududlar bo'ylab xromosoma kesishishini ancha osonlashtiradi.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 fazoviy transkriptom
Hujayralarning fazoviy tashkil etilishi turli biologik jarayonlarda, masalan, immun infiltratsiyasi, embrion rivojlanishi va hokazolarda muhim rol o'ynaydi. Fazoviy joylashuv ma'lumotlarini saqlab qolgan holda gen ekspressiyasi profilini ko'rsatadigan fazoviy transkriptomlar ketma-ketligi transkriptom darajasidagi to'qimalar arxitekturasi haqida katta ma'lumot beradi.Texnologiyaning rivojlanishi bilan ultra aniq to'qimalar morfologiyasi va fazoviy molekulyar ifodaning haqiqiy strukturaviy farqi yuqori aniqlik bilan o'rganilishi kerak.BMKGENE keng qamrovli, bir martalik fazoviy transkriptoma sekvensiyasini namunalardan biologik tushunchalargacha taqdim etadi.
Fazoviy transkriptomik texnologiyalar heterojen namunalarda fazoviy tarkibga ega gen ifodasi profilini hal qilish orqali turli tadqiqot sohalarida yangi istiqbollarni kuchaytirdi.
Fazoviy transkriptom chipi: BMKMANU S1000
Platforma: Illumina NovaSeq platformasi
-
10x Genomics Visium Spatial Transscriptome
Visium Spatial Gen Expression - bu umumiy mRNK asosida to'qimalarni tasniflash uchun asosiy fazoviy transkriptoma ketma-ketlik texnologiyasi.Oddiy rivojlanish, kasallik patologiyasi va klinik translatsiya tadqiqotlari haqida yangi tushunchalarni kashf qilish uchun butun transkriptomani morfologik kontekst bilan xaritalang.BMKGENE keng qamrovli, bir martalik fazoviy transkriptoma sekvensiyasini namunalardan biologik tushunchalargacha taqdim etadi.
Fazoviy transkriptomik texnologiyalar heterojen namunalarda fazoviy tarkibga ega bo'lgan gen ifodasi profilini hal qilish orqali turli xil tadqiqot sohalarida yangi istiqbollarni kuchaytirdi..
Fazoviy transkriptom chipi: 10x Genomics Visium
Platforma:Illumina NovaSeq platformasi
-
To'liq uzunlikdagi mRNK ketma-ketligi-nanopora
RNK ketma-ketligi keng qamrovli transkriptom tahlili uchun bebaho vosita bo'ldi.Shubhasiz, an'anaviy qisqa o'qish ketma-ketligi bu erda juda ko'p muhim rivojlanishga erishdi.Shunga qaramay, u ko'pincha to'liq uzunlikdagi izoformani identifikatsiyalash, miqdorni aniqlash, PCR tarafkashligida cheklovlarga duch keladi.
Nanopor sekvensiyasi o'zini boshqa ketma-ketlik platformalaridan ajratib turadi, chunki nukleotidlar to'g'ridan-to'g'ri DNK sintezisiz o'qiladi va o'nlab kilobazalarda uzoq o'qish hosil qiladi.Bu to'liq metrajli transkriptlarni to'g'ridan-to'g'ri o'qish va izoform darajasidagi tadqiqotlardagi muammolarni hal qilish imkonini beradi.
Platforma:Nanopor promethION
Kutubxona:cDNK-PCR
-
To'liq uzunlikdagi mRNK ketma-ketligi - PacBio
De novoto'liq uzunlikdagi transkriptomlar ketma-ketligi, shuningdek, deb nomlanadiDe novoIso-Seq o'qish uzunligi bo'yicha PacBio sekvenserining afzalliklaridan foydalanadi, bu esa to'liq uzunlikdagi cDNK molekulalarini uzilishlarsiz ketma-ketlashtirish imkonini beradi.Bu transkriptni yig'ish bosqichlarida hosil bo'ladigan har qanday xatoliklarning oldini oladi va izoform darajasidagi ruxsatga ega unigen to'plamlarini yaratadi.Ushbu unigen to'plamlari transkriptom darajasida "mos yozuvlar genomi" sifatida kuchli genetik ma'lumotni beradi.Bundan tashqari, keyingi avlod ketma-ketlik ma'lumotlari bilan birlashtirib, ushbu xizmat izoform darajasidagi ifodaning aniq miqdorini aniqlash imkonini beradi.
Platforma: PacBio Sequel IIKutubxona: SMRT qo'ng'iroq kutubxonasi -
Eukaryotik mRNK ketma-ketligi-Illumina
mRNK ketma-ketligi ma'lum sharoitlarda hujayralardan transkripsiyalangan barcha mRNKlarning profilini yaratishga imkon beradi.Bu genlarni ifodalash profilini, gen tuzilmalarini va ma'lum biologik jarayonlarning molekulyar mexanizmlarini ochib beradigan kuchli texnologiya.Bugungi kunga kelib, mRNK ketma-ketligi fundamental tadqiqotlar, klinik diagnostika, dori vositalarini ishlab chiqish va hokazolarda keng qo'llanilgan.
Platforma: Illumina NovaSeq platformasi
-
Non-reference asoslangan mRNK Sequencing-Illumina
mRNK ketma-ketligi ba'zi maxsus funktsiyalar faollashadigan ma'lum bir davrda Eukaryot shaklidagi xabarchi RNKni (mRNK) olish uchun keyingi avlod sekvensiyasi texnikasini (NGS) qo'llaydi.Birlashtirilgan eng uzun transkript "Unigene" deb nomlangan va keyingi tahlillar uchun mos yozuvlar ketma-ketligi sifatida ishlatilgan, bu turning molekulyar mexanizmi va tartibga soluvchi tarmog'ini havolasiz o'rganish uchun samarali vositadir.
Transkriptom ma'lumotlarini yig'ish va unigen funktsional izohlashdan keyin
(1) SSR tahlili, CDS prognozi va gen tuzilishi oldindan tuziladi.
(2) Har bir namunadagi unigen ifodasi miqdorini aniqlash amalga oshiriladi.
(3) Namunalar (yoki guruhlar) o'rtasida differentsial tarzda ifodalangan unigenlar unigen ifodasi asosida aniqlanadi.
(4) Differensial ifodalangan unigenlarni klasterlash, funktsional izohlash va boyitish tahlili amalga oshiriladi.
-
Uzoq kodlanmagan ketma-ketlik-Illumina
Uzoq kodlanmagan RNKlar (lncRNA) uzunligi 200 nt dan ortiq bo'lgan RNK molekulalarining bir turi bo'lib, ular juda past kodlash potentsiali bilan ajralib turadi.LncRNA kodlanmaydigan RNKlarning asosiy a'zosi sifatida asosan yadro va plazmada joylashgan.Sekvensiya texnologiyasi va bioinformatikaning rivojlanishi ko'plab yangi lncRNKlarni aniqlash va ularni biologik funktsiyalar bilan bog'lash imkonini beradi.To'plangan dalillar shuni ko'rsatadiki, lncRNK epigenetik tartibga solish, transkripsiyani tartibga solish va transkripsiyadan keyingi tartibga solishda keng ishtirok etadi.
-
Kichik RNK ketma-ketligi - Illumina
Kichik RNK odatda uzunligi 200 nt dan kam bo'lgan kodlanmaydigan RNK molekulalarining sinfiga ishora qiladi, shu jumladan mikro RNK (miRNK), kichik interferent RNK (siRNK) va piwi bilan o'zaro ta'sir qiluvchi RNK (piRNK).
MikroRNK (miRNK) - uzunligi taxminan 20-24 nt bo'lgan endogen kichik RNK sinfi bo'lib, hujayralarda turli xil muhim tartibga soluvchi rollarni o'ynaydi.miRNK ko'plab hayotiy jarayonlarda ishtirok etadi, ular to'qimalarni - o'ziga xos va bosqichli - o'ziga xos ifodani aniqlaydi va turli turlarda yuqori darajada saqlanib qoladi.
-
circRNK ketma-ketligi - Illumina
CircRNA'lar (Diraviy RNKlar) kodlanmaydigan RNK molekulalarining bir sinfidir, ular 5' uchi qopqog'i va 3' uchi poli(A) dumidan qisqadir.CircRNKlar kovalent bog'lanish orqali dumaloq tuzilishni amalga oshiradi, bu RNK ekzonukleaza hazm bo'lishiga qarshi holatdir.circRNK organizmlarning o'sishi va rivojlanishida, ularning tashqi muhitga chidamliligida muhim rol o'ynaydi.
CircRNA ko'p funktsiyalarga ega bo'lib, ular miRNKni raqobatbardosh ravishda bog'lashi, ceRNKning tartibga solish funktsiyasini bajarishi va gen ekspressiyasini boshqarishi mumkin.So'nggi yillarda, shuningdek, kasalliklarning paydo bo'lishi va rivojlanishi bilan chambarchas bog'liqligi va kasallik diagnostikasi markerlari va boshqalar yo'nalishi bo'yicha katta qo'llash istiqbollariga ega ekanligi aniqlandi.
