Uzoq kodlanmagan ketma-ketlik-Illumina
Xizmat afzalliklari
● Xizmat afzalliklari
● Hujayra va to'qimalarga xos
● Maxsus bosqich dinamik ifoda o'zgarishini ifodalaydi va taqdim etadi
● Vaqt va makonni ifodalashning aniq naqshlari
● mRNK ma'lumotlari bilan birgalikda tahlil qilish.
● BMKCloud asosidagi natijalarni yetkazib berish: Platformada moslashtirilgan ma'lumotlarni qidirish mavjud.
● Sotishdan keyingi xizmatlar loyiha tugagandan keyin 3 oy davomida amal qiladi
Namuna talablari va yetkazib berish
| Kutubxona | Platforma | Tavsiya etilgan maʼlumotlar | Ma'lumotlar QC |
| rRNKning kamayishi | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Kons.(ng/ml) | Miqdori (mkg) | Tozalik | Butunlik |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Jelda ko'rsatilgan protein yoki DNK ifloslanishi cheklangan yoki yo'q. | O'simliklar uchun: RIN≥6,5; Hayvonlar uchun: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; cheklangan yoki asosiy balandlikning yo'qligi |
Nukleotidlar:
To'qima: Og'irligi (quruq): ≥1 g
*5 mg dan kichik to'qimalar uchun muzlatilgan (suyuq azotda) to'qima namunasini yuborish tavsiya etiladi.
Hujayra suspenziyasi: hujayralar soni = 3×107
* Muzlatilgan hujayra lizatini jo'natishni tavsiya qilamiz.Agar bu hujayra 5×10 dan kichik bo'lsa5, suyuq azotda muzlatilgan flesh tavsiya etiladi.
Qon namunalari:
PA × genBloodRNATube;
6 ml LTRIzol va 2 ml qon (TRIzol: Qon = 3: 1)
Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish
Idish: 2 ml santrifüj naychasi (qalay folga tavsiya etilmaydi)
Namuna belgilari: Guruh+takrorlash, masalan, A1, A2, A3;B1, B2, B3 ......
Yuk tashish:
1.Quruq muz: namunalar qoplarga solib, quruq muzga ko'milishi kerak.
2.RNK barqaror naychalar: RNK namunalari RNK stabilizatsiya trubkasida (masalan, RNAstable®) quritilishi va xona haroratida yuborilishi mumkin.
Xizmat ish oqimi
Tajriba dizayni
Namuna yetkazib berish
RNK ekstraktsiyasi
Kutubxona qurilishi
Ketma-ketlik
Ma'lumotlarni tahlil qilish
Sotishdan keyingi xizmatlar
Bioinformatika
1.LncRNK tasnifi
Yuqoridagi to'rtta dasturiy ta'minot tomonidan bashorat qilingan LncRNA 4 toifaga bo'lingan: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;his-LncRNA.LncRNA tasnifi quyidagi gistogrammada ko'rsatilgan.
LncRNA tasnifi
2.DE-lncRNKni boyitish tahlilining Cis-maqsadli genlari
ClusterProfiler biologik jarayonlar, molekulyar funktsiyalar va hujayra komponentlari nuqtai nazaridan differentsial ravishda ifodalangan lncRNA (DE-lncRNA) ning cis-maqsadli genlarida GO boyitish tahlilida ishlatilgan.GO boyitish tahlili butun genomga nisbatan DEGga yo'naltirilgan sezilarli darajada boyitilgan GO atamalarini aniqlash jarayonidir.Boyitilgan atamalar quyida ko'rsatilganidek, gistogramma, pufakchali diagramma va boshqalarda taqdim etilgan.
DE-lncRNA boyitish tahlilining sis-maqsadli genlari - Bubble diagrammasi
3. mRNK va lncRNK ning uzunligi, ekson soni, ORF va ifoda miqdorini solishtirib, biz ular orasidagi struktura, ketma-ketlik va boshqalardagi farqlarni tushunishimiz mumkin, shuningdek, biz bashorat qilgan yangi lncRNK umumiy xususiyatlarga mos kelishini tekshirishimiz mumkin.
BMK ishi
KRAS-G12D mutatsiyasi va P53 nokauti bo'lgan sichqoncha o'pka adenokarsinomalarida tartibga solinmagan lncRNA ekspresyon profili
Nashr etilgan:Uyali va molekulyar tibbiyot jurnali,2019
Ketma-ketlik strategiyasi
Illumina
Namuna yig'ish
NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) hujayralari va salbiy nazorat (sh-Scr) hujayralari o'ziga xos virusli infektsiyaning 6-kuni olingan.
Asosiy natijalar
Ushbu tadqiqot P53 nokauti va KrasG12D mutatsiyasiga ega sichqon o'pkasi adenokarsinomasida anormal ifodalangan lncRNKlarni o'rganadi.
1,6424 lncRNA differensial tarzda ifodalangan (≥ 2 marta o'zgarish, P <0,05).
2. Barcha 210 lncRNA (FC≥8) orasida 11 lncRNA ifodasi mos ravishda P53, 33 lncRNA KRAS va 13 lncRNK asosiy KP hujayralarida gipoksiya bilan tartibga solingan.
3.NONMMUT015812, sichqonchaning o'pka adenokarsinomasida sezilarli darajada yuqori tartibga solingan va P53 qayta ifodasi bilan salbiy tartibga solingan, uning hujayra funktsiyasini tahlil qilish uchun aniqlangan.
4.NONMMUT015812 ning shRNKlar tomonidan nokdaun qilinishi KP hujayralarining proliferatsiyasi va migratsiya qobiliyatini pasaytirdi.NONMMUT015812 potentsial onkogen edi.
 NONMMUT015812-nockdown KP hujayralarida differentsial ravishda ifodalangan genlarning KEGG yo'li tahlili |  NONMMUT015812-knockdown KP hujayralarida differentsial ravishda ifodalangan genlarning gen ontologiyasi tahlili |
Malumot
KRAS-G12D mutatsiyasi va P53 nokauti [J] bilan sichqoncha o'pkasi adenokarsinomalarida tartibga solinmagan lncRNA ekspresyon profili.Uyali va molekulyar tibbiyot jurnali, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
