MRNA-SEq (NGS) mos keladigan genom bilan

MRNA-SEq (NGS) mos keladigan genom bilan

RNA-SQ - bu hayot va islomiy fanlar bo'yicha standart vositadir. Uning kuchi yangi transkultlarni kashf etishda va ularning ifodasini bir diskda hisoblashda yotadi. Bu qiyosiy trafikli tadqiqotlar uchun turli xil belgilar yoki fenotiplar bilan bog'liq genlar yoki fenotiplar bilan bog'liq genlar bilan bog'liq genlar bilan bog'liq genlar bilan bog'liq genlar yoki aniq shartlar asosida oshkora. BMKCCloud MRNA (mos yozuvlar) APSni aniqlash, differentsial ifodalarni tahlil qilishni (NGS) bioinformatika quvuri va shunga o'xshash dasturiy ta'minotni, qulaylik va foydalanuvchisining kuchli tomonlarini aks ettiradi. Foydalanuvchilar RNN-SEQ ma'lumotlarini bulutga yuklashlari mumkin, u erda ilova keng qamrovli, bitta bioinformik tahlilni hal qilishni taklif qiladi. Bundan tashqari, u mijozlar tajribasini ustuvor ahamiyat kasb etadi, foydalanuvchilar uchun maxsus ehtiyojlarga moslashtirilgan shaxsiylashtirilgan operatsiyalarni taklif qiladi. Foydalanuvchilar parametrlarni belgilashlari va o'zlari tomonidan taqdim eta olishlari mumkin, interaktiv hisobotni o'z ichiga oladi, ma'lumotlar / diagrammalarni tekshiring, masalan: Maqsadli genni tanlash, funktsional klasterlash, diagramma, diagramma, diagramma va boshqalar.

Demo natijalari

Ma'lumotlarni konlash

Import talabi

Asosiy tahlil

Ma'lumotnoma

Demo natijalari

Ma'lumotlarni konlash

Import talabi

Platforma:Illumina, MGI
Strategiya:Rna seq
Tartib: Taqqoslangan, toza ma'lumotlar.
Kutubxona turi:fr-inqirding, fr-drenrand yoki fr-miltilstrraf
O'qishni o'qing:150 BP
Fayl turi:*. nonushta, * .fq, * .fq.gz yoki * .fq.gz. Tizim bo'ladiavtomatik ravishda.Masalan * _1.
Namunalar soni:Raqamda hech qanday cheklovlar yo'qnamunalarning, ammo tahlil vaqti soni ko'payadinamunalar o'sadi.
Tavsiya etilgan ma'lumotlar hajmi:6G uchun 6G

Asosiy tahlil

MRNA-SEq (ma'lumotnoma) ning asosiy tahlili va bioinformatik vositalarquvur liniyasi quyidagicha:

1. Rasuda sifatini boshqarish:

• past sifatli ketma-ketliklar, adapter ketma-ketligi,va hokazo;

• Asboblar: Uyda quvur quvuri;

2. Ma'lumotlarning genomiga kiritish:

• Ajrating splice-xabardor algoritm bilan bog'liqmos yozuvlar genomidir.

• Asboblar:Serat2, Samtoools

3. Kutubxona sifatini tahlil qilish:

• uzunlik tahlilini, ketma-ketlik to'shakni tahlil qilish va hkaz qilish;

• Asboblar:Samtoools;

4. Ketma-ketlik tuzilishi tahlili:

• alternativali bo'linish tahlili, gen tuzilishi optimallashtirish,roman gen bashorati va boshqalar;

• Asboblar:Tortiq, gffcompar, Sho'ng'ish,Olmos, TarjimonivaHmmer.

5. Differentsial ifoda tahlili:

D decreence, o'zaro munosabatlarni tahlil qilish, funktsionalboyitish;

•Turli xil vizualizatsiya natijalari;

•RbilanSagyak, Deteh2, ggplot2, Dexent

Ma'lumotnoma

1. Kim, Daehwan va boshqalar. "Grafikaga asoslangan genomni tekislash valatta2 va uning genotipi bilan genotiping. "TabiatBiotexnologiya37 (2019): 907 - 915.

2. Makkenna, Aaron va boshqalar. "Genomni tahlil vositasi: aKeyingi avlod DNKni tahlil qilish uchun aralashganlarketma-ketlik ma'lumotlar. "Genome tadqiqotlari20 9 (2010): 1297-303.

3. Li, Heng va boshqalar. "Securent Hujjatlari / xaritasi formati vaSamtoools. "Bioinformatika25 (2009): 2078 - 2079.

4. Mixaola va boshqalar. "Stringti yaxshilandiRNN-SEK-dan rekonstruktsiya qilingan. "TabiatBiotexnologiya33 (2015): 290-295.

5. Sevgi, Maykl I. va boshqalar. "Katlamalar o'zgarishi vaTsek2 bilan RNN-SEK ma'lumotlarini tarqatish. "GenomBiologiya15 (2014): n. Pag.

6. Eddi, Shon R. "Tezlashtirilgan Hmm qidiradi."Plok Hisoblash biologiyasi7 (2011): n. Pag.

MRNA-SEq (NGS) mos keladigan genom bilan

MRNA-SEq (NGS) mos keladigan genom bilan

Iqtibosni oling

Bizga xabaringizni yuboring: