BMKCloud Log in
banner-03

Mahsulotlar

DNK/RNK ketma-ketligi - PacBio Sequencer

PacBio sequencing platformasi uzoq o'qiladigan ketma-ketlik platformasi bo'lib, u uchinchi avlod Sequencing (TGS) texnologiyalaridan biri sifatida ham tanilgan.Asosiy texnologiya, yakka molekulali real vaqt rejimi (SMRT), uzunligi o'nlab kilo-baza bilan o'qishni yaratish imkonini beradi."Sintez bo'yicha ketma-ketlik" asosida yagona nukleotid rezolyutsiyasiga nol rejimli to'lqin qo'llanmasi (ZMW) erishiladi, bu erda faqat pastki qismdagi (molekula sintezi joyi) cheklangan hajm yoritiladi.Bundan tashqari, SMRT ketma-ketligi NGS tizimida ketma-ketlikka xos bo'lgan noto'g'rilikni oldini oladi, chunki kutubxonani qurish jarayonida PCR kuchaytirish bosqichlarining aksariyati talab qilinmaydi.

 

Platforma: davomi II, Revio


Xizmat tafsilotlari

Namoyish natijalari

Xususiyatlari

PacBio sequencerida ikkita ketma-ketlik rejimi: Uzluksiz uzoq o'qish (CLR) va Circular Consensus Read (CCS)

Sequencing rejimi Kutubxona hajmi Nazariy ma'lumotlarHosildorlik (Har bir hujayra uchun) Yagona asosliAniqlik Ilovalar
CLR 20Kb, 30Kb va boshqalar. 80 Gb dan 130 Gb gacha Taxminan85% De novo, SV chaqiruvi va boshqalar.
CCS 15-20 Kb

14 dan 40 Gb/Uyaligacha (II davomi)

70 dan 110 Gb/Uyaligacha (Revio)

Namunalarga bog'liq

Taxminan99% De novo, SNP/Indel/SV chaqiruvi, Iso-Seq,

Revio va Sequel II ning ishlashi va xususiyatlarini taqqoslash

Shartlar

Ikkinchi bosqich tizimi

Revio tizimi

Kattalashtirish; ko'paytirish

Yuqori zichlik

8 million ZMW

25 million ZMW

3x

Mustaqil bosqichlar

1

4

4x

Qisqaroq ishlash vaqtlari

30 soat

24 soat

1,25x

Yiliga 30X HiFi inson genomlari

88

1300

1umumiy 5x

Xizmat afzalliklari

● Har xil turdagi minglab yopiq loyihalar bilan PacBio sequencing platformasida 8 yildan ortiq tajriba.

● So‘nggi PacBio Sequencing platformalari bilan to‘liq jihozlangan, Revio yetarlicha ketma-ketlik o‘tkazuvchanligini kafolatlaydi.

● Tezroq oʻzgartirish vaqti, yuqori maʼlumotlar unumdorligi va aniqroq maʼlumotlar.

● PacBio-ga asoslangan yuzlab yuqori ta'sirli nashrlarda o'z hissasini qo'shgan.

Namuna talablari


Namuna turi Miqdori Konsentratsiya (Qubit®) Ovoz balandligi Tozalik Boshqalar
Genomik DNK Ma'lumotlarga bo'lgan talabga bog'liq ≥50 ng/ml ≥15ml OD260/280=1,7-2,2;
OD260/230=1,8-2,5;
260 nm da aniq tepalik,ifloslanishlar yo'q
Konsentratsiyani Qubit va Qubit / Nanopor = 0,8-2,5 bilan o'lchash kerak.
Jami RNK ≥1,2 mkg ≥120 ng/ml ≥15ml OD260/280=1,7-2,5;
OD260/230=0,5-2,5;ifloslanishlar yo'q

RIN qiymati ≥7,5

5≥28S/18S≥1

 

Xizmatning ish jarayoni

namuna tayyorlash

Namuna tayyorlash

Kutubxonaga tayyorgarlik

Kutubxona qurilishi

Ketma-ketlik

Ketma-ketlik

Ma'lumotlarni tahlil qilish

Ma'lumotlarni tahlil qilish

QC namunasi

Loyihani yetkazib berish


  • Oldingi:
  • Keyingisi:

  • 1.Ichki ma'lumotlarning rentabelligi

    63 ta CCS hujayralaridan olingan ma'lumotlar (26 turdan)

    DATA-PacBio-CCS-15 Kb O'rtacha Maks Min Median
    Daromad - pastki o'qishlar (Gb) 421.12 544.27 221.38 426.58
    Yiled - CCS(Gb) 25.93 38.59 10.86 25.43
    Polimeraza N50 145 651 175 430 118,118 144 689
    Qo'shimcha o'qishlar N50 17 509 23 924 12 485 17 584
    CCS N50 14 490 19 034 9 876 14 747
    O'rtacha uzunlik - Polimeraza 67 995 89 379 49 664 66 433
    O'rtacha uzunlik - Subbreadlar 15 866 21 036 11 657 16 012
    O'rtacha uzunlik - CCS 14 489 19 074 8575 14 655

    16 ta CLR hujayralaridan olingan ma'lumotlar (76 turdan)

    DATA-PacBio-CLR-30Kb O'rtacha Maks Min Median
    Daromad - pastki o'qishlar (Gb) 142.20 291.40 50,55 142.49
    Polimeraza N50 39 456 121,191 15 389 35 231
    Qo'shimcha o'qishlar N50 28 490 41 012 14 430 29 063
    O'rtacha uzunlik - Polimeraza 22 063 48 886 8747 21 555
    O'rtacha uzunlik - Subbreadlar 17 720 27 225 8293 17 779

    2.Data QC – DemoMa'lumotlar rentabelligi bo'yicha statistik ma'lumotlar

    Namuna

    ccs O'qishlar soni

    Jami ccs bazalari (bp)

    ccs N50 o'qishi (bp)

    ccs Oʻrtacha uzunlik (bp)

    ccs Eng uzoq o'qish (bp)

    subreads Bazalar (bp)

    ccs darajasi (%)

    PB_BMKxxx

    3 444 159

    54,164,122,586

    15 728

    15 726

    36 110

    863,326,330,465

    6.27

     

    taklif oling

    Xabaringizni shu yerga yozing va bizga yuboring

    Bizga xabaringizni yuboring: