Xitoy Metagenomik Sequencing-Nanopor zavodi va ishlab chiqaruvchilari |BMK

Metagenomik ketma-ketlik-nanopora

Metagenomic Sequencing-Nanopore Featured Image

Metagenomika - bu atrof-muhit namunalaridan olingan aralash genomik materiallarni tahlil qilish uchun ishlatiladigan molekulyar vosita bo'lib, u turlarning xilma-xilligi va ko'pligi, populyatsiya tuzilishi, filogenetik munosabatlar, funktsional genlar va atrof-muhit omillari bilan korrelyatsiya tarmog'i va boshqalar haqida batafsil ma'lumot beradi. Nanoporlarni ketma-ketlik platformalari yaqinda joriy etilgan. metagenomik tadqiqotlar uchun.Uning o'qish uzunligi bo'yicha ajoyib ishlashi pastga oqim metagenomik tahlilini, ayniqsa metagenom yig'ilishini sezilarli darajada oshirdi.O'qish uzunligi afzalliklaridan foydalangan holda, Nanoporga asoslangan metagenomik tadqiqot o'q otish quroli metagenomikasi bilan solishtirganda uzluksiz yig'ilishga erisha oladi.Nanoporga asoslangan metagenomika mikrobiomalardan to'liq va yopiq bakterial genomlarni muvaffaqiyatli yaratganligi e'lon qilindi (Moss, EL va boshqalar,Tabiat biotexnologiyasi, 2020)

Platforma:Nanopor PromethION P48

Biz bilan bog'lanish

Xizmat tafsilotlari

Namoyish natijalari

BMK ishi

Xizmat afzalliklari

ØYuqori sifatli yig'ish - turlarni aniqlash va funktsional genlarni bashorat qilishning aniqligini oshirish

ØYopiq bakterial genom izolyatsiyasi

ØTurli sohalarda yanada kuchli va ishonchli qo'llash, masalan, patogen mikroorganizmlarni yoki antibiotiklarga qarshilik bilan bog'liq genlarni aniqlash

ØQiyosiy metagenom tahlili

Xizmat spetsifikatsiyalari

Ketma-ketlikPlatforma	Kutubxona	Tavsiya etilgan ma'lumotlar rentabelligi	Taxminiy aylanish vaqti
Illumina NovaSeq 6000	PE250	50K/100K/300K teglar	30 kun

Bioinformatika tahlillari

üXom ma'lumotlar sifatini nazorat qilish

üMetagenom yig'ilishi

üOrtiqcha bo'lmagan genlar to'plami va izohi

üTurlarning xilma-xilligini tahlil qilish

üGenetik funktsiyalarning xilma-xilligini tahlil qilish

üGuruhlararo tahlil

üEksperimental omillarga qarshi assotsiatsiya tahlili

Namuna talablari va yetkazib berish

Namuna talablari:

UchunDNK ekstraktlari:

Namuna turi	Miqdori	Diqqat	Tozalik
DNK ekstraktlari	＞ 30 ng	＞ 1 ng/ml	OD260/280= 1,6-2,5

Atrof-muhit namunalari uchun:

Namuna turi	Tavsiya etilgan namuna olish tartibi
Tuproq	Namuna miqdori: taxminan.5 g;Qolgan qurigan moddani sirtdan olib tashlash kerak;Katta bo'laklarni maydalang va 2 mm filtrdan o'ting;Saqlash uchun steril EP-naycha yoki cyrotubedagi alikot namunalari.
Najas	Namuna miqdori: taxminan.5 g;Namunalarni bron qilish uchun steril EP-naycha yoki kriotubeda to'plang va alikot qiling.
Ichak tarkibi	Namunalar aseptik sharoitda qayta ishlanishi kerak.Yig'ilgan to'qimalarni PBS bilan yuving;PBS ni santrifüj qiling va cho'kmani EP-naychalarga to'plang.
Loy	Namuna miqdori: taxminan.5 g;Loy namunasini zahiraga olish uchun steril EP-naycha yoki kriotubeda to'plang va qisman oling.
Suv havzasi	Quduq suvi, quduq suvi va boshqalar kabi mikrobial miqdori cheklangan namuna uchun kamida 1 l suv to'plang va membranadagi mikrobni boyitish uchun 0,22 mkm filtrdan o'tkazing.Membranani steril naychada saqlang.
Teri	Teri yuzasini steril paxta tampon yoki jarrohlik pichoq bilan ehtiyotkorlik bilan qirib tashlang va uni steril naychaga joylashtiring.

Tavsiya etilgan namuna yetkazib berish

Namunalarni suyuq azotda 3-4 soat davomida muzlatib qo'ying va suyuq azotda yoki -80 darajadan uzoq muddatli saqlash uchun saqlang.Quruq muz bilan namuna jo'natish talab qilinadi.

Xizmat ish oqimi

Namuna yetkazib berish

Kutubxona qurilishi

Ketma-ketlik

Ma'lumotlarni tahlil qilish

Sotishdan keyingi xizmatlar

Oldingi: Butun genom bisulfit sekvensiyasi

Keyingisi: Metagenomik ketma-ketlik (NGS)

1.Issiqlik xaritasi: Turlarning boyligini klasterlash2.KEGG metabolik yo'llariga izohlangan funktsional genlar3.Turlar korrelyatsion tarmoq4.CARD antibiotiklarga qarshilik genlarining sirkolari

BMK ishi

Nanopor metagenomikasi pastki nafas yo'llarining bakterial infektsiyasini tez klinik tashxislash imkonini beradi

Nashr etilgan:Tabiat biotexnologiyasi, 2019

Texnik diqqatga sazovor joylar
Sekvensiya: Nanopore MinION
Klinik metagenomika bioinformatikasi: Xost DNKsining kamayishi, WIMP va ARMA tahlili
Tez aniqlash: 6 soat
Yuqori sezuvchanlik: 96,6%

Asosiy natijalar

2006 yilda pastki nafas yo'llarining infektsiyasi (LR) dunyo bo'ylab 3 million odamning o'limiga sabab bo'ldi.LR1 qo'zg'atuvchisini aniqlashning odatiy usuli - bu kultivatsiya bo'lib, uning sezgirligi past, aylanish muddati uzoq va erta antibiotik terapiyasi bo'yicha ko'rsatmalar yo'q.Tez va aniq mikrob diagnostikasi uzoq vaqtdan beri shoshilinch ehtiyoj bo'lib kelgan.Sharqiy Angliya universitetidan doktor Jastin va uning hamkorlari patogenni aniqlash uchun Nanoporga asoslangan metagenomik usulni muvaffaqiyatli ishlab chiqdilar.Ularning ish jarayoniga ko'ra, mezbon DNK ning 99,99% tugashi mumkin.Patogenlar va antibiotiklarga chidamli genlarni aniqlash 6 soat ichida yakunlanishi mumkin.

Malumot
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).Nanopor metagenomikasi pastki nafas yo'llarining bakterial infektsiyasini tez klinik tashxislash imkonini beradi.Tabiat biotexnologiyasi, 37(7), 1.