-
BMKMANU S3000_ಸ್ಪೇಷಿಯಲ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್
ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ಸ್ ಎನ್ನುವುದು ಅಂಗಾಂಶಗಳೊಳಗಿನ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯನ್ನು ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲು ಮತ್ತು ದೃಶ್ಯೀಕರಿಸಲು ನಮಗೆ ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುವ ಒಂದು ತಂತ್ರವಾಗಿದೆ. ಜೀವಕೋಶಗಳು ಹೇಗೆ ಸಂವಹನ ನಡೆಸುತ್ತವೆ ಎಂಬುದನ್ನು ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು ಇದು ನಿರ್ಣಾಯಕವಾಗಿದೆ.
ಈ ವಿಧಾನಕ್ಕೆ ವಿಭಿನ್ನ ವೇದಿಕೆಗಳಿವೆ. ಈ ವಿಷಯದಲ್ಲಿ, BMKGene BMKManu 3000 ಸ್ಪೇಷಿಯಲ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ಚಿಪ್ ಅನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಿದೆ, ಇದು ತಂತ್ರದ ಕಾರ್ಯಕ್ಷಮತೆಯನ್ನು ಹೆಚ್ಚಿಸುವ, ಉಪಕೋಶೀಯ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಅನ್ನು ತಲುಪುವ ಮತ್ತು ಬಹು-ಹಂತದ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ ಸೆಟ್ಟಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುವ ವೇದಿಕೆಯಾಗಿದೆ.
ಈ ಚಿಪ್, ಪ್ರಾದೇಶಿಕವಾಗಿ ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಿದ ಪ್ರೋಬ್ಗಳಿಂದ ತುಂಬಿದ ಮಣಿಗಳಿಂದ ಲೇಯರ್ಡ್ ಮಾಡಲಾದ ಮೈಕ್ರೋವೆಲ್ಗಳ ಪೇಟೆಂಟ್ ಪಡೆದ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು 4.2 ಮಿಲಿಯನ್ ಸ್ಪಾಟ್ಗಳನ್ನು ಸುತ್ತುವರೆದಿದೆ. ಈ ವಿಧಾನದೊಂದಿಗೆ, ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವಿಕೆ ಮತ್ತು ವರ್ಧನೆಯ ನಂತರ, ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಿದ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ಸಮೃದ್ಧವಾಗಿರುವ ಸಿಡಿಎನ್ಎ ಲೈಬ್ರರಿಯನ್ನು ನಾವು ಪಡೆಯುತ್ತೇವೆ, ಅದು ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ಹೊಂದಾಣಿಕೆಯಾಗಿದೆ.
ದತ್ತಾಂಶದ ಮೇಲೆ, ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಮತ್ತು UMI ಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯು ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುವ ದತ್ತಾಂಶದ ನಿಖರತೆ ಮತ್ತು ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸುತ್ತದೆ. ಮೇಲಿನ ಎಲ್ಲವನ್ನೂ ಒಟ್ಟುಗೂಡಿಸಿ, BMKManu ಅತ್ಯಂತ ಬಹುಮುಖ ದತ್ತಾಂಶ ಸೆಟ್ಟಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.
-
ಏಕ-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ ಆರ್ಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮ
ಏಕ-ಕೋಶ ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವಿಕೆ ಮತ್ತು ಕಸ್ಟಮ್ ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ ತಂತ್ರಗಳ ಅಭಿವೃದ್ಧಿ, ಹೆಚ್ಚಿನ-ಥ್ರೂಪುಟ್ ಅನುಕ್ರಮದೊಂದಿಗೆ ಸೇರಿಕೊಂಡು, ಜೀವಕೋಶ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಅಧ್ಯಯನಗಳಲ್ಲಿ ಕ್ರಾಂತಿಯನ್ನುಂಟು ಮಾಡಿದೆ. ಈ ಪ್ರಗತಿಯು ಸಂಕೀರ್ಣ ಕೋಶ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ಆಳವಾದ ಮತ್ತು ಹೆಚ್ಚು ಸಮಗ್ರ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ, ಎಲ್ಲಾ ಜೀವಕೋಶಗಳ ಮೇಲೆ ಸರಾಸರಿ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಮಿತಿಗಳನ್ನು ನಿವಾರಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಈ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯೊಳಗಿನ ನಿಜವಾದ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯನ್ನು ಸಂರಕ್ಷಿಸುತ್ತದೆ. ಏಕ-ಕೋಶ RNA ಅನುಕ್ರಮ (scRNA-seq) ನಿರಾಕರಿಸಲಾಗದ ಪ್ರಯೋಜನಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿದ್ದರೂ, ಏಕ-ಕೋಶ ಅಮಾನತು ರಚನೆಯು ಕಷ್ಟಕರವೆಂದು ಸಾಬೀತುಪಡಿಸುವ ಮತ್ತು ತಾಜಾ ಮಾದರಿಗಳ ಅಗತ್ಯವಿರುವ ಕೆಲವು ಅಂಗಾಂಶಗಳಲ್ಲಿ ಇದು ಸವಾಲುಗಳನ್ನು ಎದುರಿಸುತ್ತದೆ. BMKGene ನಲ್ಲಿ, ಅತ್ಯಾಧುನಿಕ 10X ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಕ್ರೋಮಿಯಂ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಏಕ-ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ RNA ಅನುಕ್ರಮ (snRNA-seq) ಅನ್ನು ನೀಡುವ ಮೂಲಕ ನಾವು ಈ ಅಡಚಣೆಯನ್ನು ಪರಿಹರಿಸುತ್ತೇವೆ. ಈ ವಿಧಾನವು ಏಕ-ಕೋಶ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗೆ ಅನುಕೂಲಕರವಾದ ಮಾದರಿಗಳ ವರ್ಣಪಟಲವನ್ನು ವಿಸ್ತರಿಸುತ್ತದೆ.
ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ಗಳ ಪ್ರತ್ಯೇಕತೆಯನ್ನು ನವೀನ 10X ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಕ್ರೋಮಿಯಂ ಚಿಪ್ ಮೂಲಕ ಸಾಧಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಇದು ಡಬಲ್ ಕ್ರಾಸಿಂಗ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಎಂಟು-ಚಾನೆಲ್ ಮೈಕ್ರೋಫ್ಲೂಯಿಡಿಕ್ಸ್ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ಈ ವ್ಯವಸ್ಥೆಯೊಳಗೆ, ಬಾರ್ಕೋಡ್ಗಳು, ಪ್ರೈಮರ್ಗಳು, ಕಿಣ್ವಗಳು ಮತ್ತು ಒಂದೇ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯಸ್ ಅನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಜೆಲ್ ಮಣಿಗಳನ್ನು ನ್ಯಾನೊಲೀಟರ್-ಗಾತ್ರದ ಎಣ್ಣೆ ಹನಿಗಳಲ್ಲಿ ಸುತ್ತುವರಿಯಲಾಗುತ್ತದೆ, ಜೆಲ್ ಬೀಡ್-ಇನ್-ಎಮಲ್ಷನ್ (GEM) ಅನ್ನು ರೂಪಿಸುತ್ತದೆ. GEM ರಚನೆಯ ನಂತರ, ಪ್ರತಿ GEM ಒಳಗೆ ಜೀವಕೋಶದ ಲೈಸಿಸ್ ಮತ್ತು ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಬಿಡುಗಡೆ ಸಂಭವಿಸುತ್ತದೆ. ತರುವಾಯ, mRNA ಅಣುಗಳು cDNA ಗಳಾಗಿ ಹಿಮ್ಮುಖ ಪ್ರತಿಲೇಖನಕ್ಕೆ ಒಳಗಾಗುತ್ತವೆ, 10X ಬಾರ್ಕೋಡ್ಗಳು ಮತ್ತು ವಿಶಿಷ್ಟ ಆಣ್ವಿಕ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಗಳನ್ನು (UMI ಗಳು) ಸಂಯೋಜಿಸುತ್ತವೆ. ಈ cDNA ಗಳನ್ನು ನಂತರ ಪ್ರಮಾಣಿತ ಅನುಕ್ರಮ ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣಕ್ಕೆ ಒಳಪಡಿಸಲಾಗುತ್ತದೆ, ಏಕ-ಕೋಶ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಪ್ರೊಫೈಲ್ಗಳ ದೃಢವಾದ ಮತ್ತು ಸಮಗ್ರ ಪರಿಶೋಧನೆಯನ್ನು ಸುಗಮಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ.
ವೇದಿಕೆ: 10× ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ಕ್ರೋಮಿಯಂ ಮತ್ತು ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್ ವೇದಿಕೆ
-
10x ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ವಿಸಿಯಮ್ ಸ್ಪೇಷಿಯಲ್ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟ್
ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ಸ್ ಒಂದು ಅತ್ಯಾಧುನಿಕ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವಾಗಿದ್ದು, ಸಂಶೋಧಕರು ಅಂಗಾಂಶಗಳೊಳಗಿನ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ತನಿಖೆ ಮಾಡಲು ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಸಂದರ್ಭವನ್ನು ಸಂರಕ್ಷಿಸಲು ಅನುವು ಮಾಡಿಕೊಡುತ್ತದೆ. ಈ ಡೊಮೇನ್ನಲ್ಲಿರುವ ಒಂದು ಪ್ರಬಲ ವೇದಿಕೆಯೆಂದರೆ 10x ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ವಿಸಿಯಂ ಮತ್ತು ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ಅನುಕ್ರಮ. 10X ವಿಸಿಯಂನ ತತ್ವವು ಅಂಗಾಂಶ ವಿಭಾಗಗಳನ್ನು ಇರಿಸಲಾಗಿರುವ ಗೊತ್ತುಪಡಿಸಿದ ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವ ಪ್ರದೇಶದೊಂದಿಗೆ ವಿಶೇಷ ಚಿಪ್ನಲ್ಲಿದೆ. ಈ ಸೆರೆಹಿಡಿಯುವ ಪ್ರದೇಶವು ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಿದ ತಾಣಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುತ್ತದೆ, ಪ್ರತಿಯೊಂದೂ ಅಂಗಾಂಶದೊಳಗಿನ ವಿಶಿಷ್ಟ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಸ್ಥಳಕ್ಕೆ ಅನುಗುಣವಾಗಿರುತ್ತದೆ. ನಂತರ ಅಂಗಾಂಶದಿಂದ ಸೆರೆಹಿಡಿಯಲಾದ ಆರ್ಎನ್ಎ ಅಣುಗಳನ್ನು ಹಿಮ್ಮುಖ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಯಲ್ಲಿ ಅನನ್ಯ ಆಣ್ವಿಕ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆಗಳೊಂದಿಗೆ (UMI) ಲೇಬಲ್ ಮಾಡಲಾಗುತ್ತದೆ. ಈ ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಿದ ತಾಣಗಳು ಮತ್ತು UMIಗಳು ಏಕ-ಕೋಶ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್ನಲ್ಲಿ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಯ ನಿಖರವಾದ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಪ್ರಮಾಣೀಕರಣವನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತವೆ. ಪ್ರಾದೇಶಿಕವಾಗಿ ಬಾರ್ಕೋಡ್ ಮಾಡಿದ ಮಾದರಿಗಳು ಮತ್ತು UMIಗಳ ಸಂಯೋಜನೆಯು ಉತ್ಪತ್ತಿಯಾಗುವ ಡೇಟಾದ ನಿಖರತೆ ಮತ್ತು ನಿರ್ದಿಷ್ಟತೆಯನ್ನು ಖಚಿತಪಡಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಟ್ರಾನ್ಸ್ಕ್ರಿಪ್ಟೋಮಿಕ್ಸ್ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನವನ್ನು ಬಳಸುವ ಮೂಲಕ, ಸಂಶೋಧಕರು ಜೀವಕೋಶಗಳ ಪ್ರಾದೇಶಿಕ ಸಂಘಟನೆ ಮತ್ತು ಅಂಗಾಂಶಗಳಲ್ಲಿ ಸಂಭವಿಸುವ ಸಂಕೀರ್ಣ ಆಣ್ವಿಕ ಸಂವಹನಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಆಳವಾದ ತಿಳುವಳಿಕೆಯನ್ನು ಪಡೆಯಬಹುದು, ಆಂಕೊಲಾಜಿ, ನರವಿಜ್ಞಾನ, ಅಭಿವೃದ್ಧಿ ಜೀವಶಾಸ್ತ್ರ, ರೋಗನಿರೋಧಕ ಶಾಸ್ತ್ರ ಮತ್ತು ಸಸ್ಯಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ಅಧ್ಯಯನಗಳು ಸೇರಿದಂತೆ ಬಹು ಕ್ಷೇತ್ರಗಳಲ್ಲಿನ ಜೈವಿಕ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳ ಆಧಾರವಾಗಿರುವ ಕಾರ್ಯವಿಧಾನಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಅಮೂಲ್ಯವಾದ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ನೀಡಬಹುದು.
ವೇದಿಕೆ: 10X ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ವಿಸಿಯಮ್ ಮತ್ತು ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್
