ಹೀಟ್ಮ್ಯಾಪ್
ಹೀಟ್ಮ್ಯಾಪ್ ಪರಿಕರವು ಮ್ಯಾಟ್ರಿಕ್ಸ್ ಡೇಟಾ ಫೈಲ್ ಅನ್ನು ಇನ್ಪುಟ್ ಆಗಿ ಸ್ವೀಕರಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಬಳಕೆದಾರರಿಗೆ ಡೇಟಾವನ್ನು ಫಿಲ್ಟರ್ ಮಾಡಲು, ಸಾಮಾನ್ಯೀಕರಿಸಲು ಮತ್ತು ಕ್ಲಸ್ಟರ್ ಮಾಡಲು ಅನುಮತಿಸುತ್ತದೆ. ಹೀಟ್ಮ್ಯಾಪ್ಗಳ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಬಳಕೆಯ ಸಂದರ್ಭವೆಂದರೆ ವಿಭಿನ್ನ ಮಾದರಿಗಳ ನಡುವಿನ ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮಟ್ಟದ ಕ್ಲಸ್ಟರ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ.
ಜೀನ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ
ಜೀನ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಉಪಕರಣವು ವಿವಿಧ ಡೇಟಾಬೇಸ್ಗಳ ವಿರುದ್ಧ ಇನ್ಪುಟ್ FASTA ಫೈಲ್ಗಳ ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಜೀನ್ ಟಿಪ್ಪಣಿಯನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ.
ಮೂಲ ಸ್ಥಳೀಯ ಜೋಡಣೆ ಹುಡುಕಾಟ ಪರಿಕರ (BLAST)
BLAST ಪರಿಕರವು NCBI BLAST ನ BMKCloud ಸಂಯೋಜಿತ ಆವೃತ್ತಿಯಾಗಿದ್ದು, BMKCloud ಖಾತೆಗೆ ಅಪ್ಲೋಡ್ ಮಾಡಿದ ಡೇಟಾವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು ಅದೇ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸಲು ಇದನ್ನು ಬಳಸಬಹುದು.
CDS_UTR ಭವಿಷ್ಯ
ತಿಳಿದಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಡೇಟಾಬೇಸ್ಗಳು ಮತ್ತು ORF ಭವಿಷ್ಯ ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ವಿರುದ್ಧ BLAST ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಪ್ರತಿಲೇಖನ ಅನುಕ್ರಮಗಳಲ್ಲಿ ಕೋಡಿಂಗ್ ಪ್ರದೇಶಗಳು (CDS) ಮತ್ತು ನಾನ್-ಕೋಡಿಂಗ್ ಪ್ರದೇಶಗಳು (UTR) ಅನ್ನು ಊಹಿಸಲು CDS_UTR ಪ್ರಿಡಿಕ್ಷನ್ ಟೂಲ್ ಅನ್ನು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ.
ಮ್ಯಾನ್ಹ್ಯಾಟನ್ ಪ್ಲಾಟ್
ಮ್ಯಾನ್ಹ್ಯಾಟನ್ ಪ್ಲಾಟ್ ಉಪಕರಣವು ಹೆಚ್ಚಿನ ಮಾದರಿ ಪ್ರಯೋಗಗಳ ಪ್ರದರ್ಶನವನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಇದನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ಅಸೋಸಿಯೇಷನ್ ಅಧ್ಯಯನಗಳಲ್ಲಿ (GWAS) ಬಳಸಲಾಗುತ್ತದೆ.
ಸರ್ಕೋಸ್ ರೇಖಾಚಿತ್ರ
CIRCOS ರೇಖಾಚಿತ್ರ ಉಪಕರಣವು ಜೀನೋಮ್ನಾದ್ಯಂತ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯವನ್ನು ಹೇಗೆ ವಿತರಿಸಲಾಗಿದೆ ಎಂಬುದರ ಪರಿಣಾಮಕಾರಿ ದೃಶ್ಯೀಕರಣವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಸಾಮಾನ್ಯ ವೈಶಿಷ್ಟ್ಯಗಳಲ್ಲಿ ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ಸ್ಥಳಗಳು, SNP ಗಳು, InDels, ರಚನಾತ್ಮಕ ಮತ್ತು ನಕಲು ಸಂಖ್ಯೆಯ ರೂಪಾಂತರಗಳು ಸೇರಿವೆ.
ಜೀನ್ ಆಂಟಾಲಜಿ (GO) ಪುಷ್ಟೀಕರಣ
GO ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ಸಾಧನವು ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ. ಈ ಸಾಧನದಲ್ಲಿನ ಪ್ರಾಥಮಿಕ ಸಾಫ್ಟ್ವೇರ್ TopGO-ಬಯೋಕಂಡಕ್ಟರ್ ಪ್ಯಾಕೇಜ್ ಆಗಿದೆ, ಇದು ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲ್ ಎಕ್ಸ್ಪ್ರೆಶನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, GO ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಫಲಿತಾಂಶಗಳ ದೃಶ್ಯೀಕರಣವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ.
ತೂಕದ ಜೀನ್ ಸಹ-ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಜಾಲ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ (WGCNA)
WGCNA ಎಂಬುದು ಜೀನ್ ಸಹ-ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಮಾಡ್ಯೂಲ್ಗಳನ್ನು ಕಂಡುಹಿಡಿಯಲು ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವ ದತ್ತಾಂಶ ಗಣಿಗಾರಿಕೆಯ ವಿಧಾನವಾಗಿದೆ. ಇದು ಮೈಕ್ರೋಅರೇ ಮತ್ತು NGS ಜೀನ್ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಡೇಟಾ ಸೇರಿದಂತೆ ವಿವಿಧ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿ ಡೇಟಾಸೆಟ್ಗಳಿಗೆ ಅನ್ವಯಿಸುತ್ತದೆ.
ಇಂಟರ್ಪ್ರೊಸ್ಕ್ಯಾನ್
ಇಂಟರ್ಪ್ರೊಸ್ಕ್ಯಾನ್ ಉಪಕರಣವು ಇಂಟರ್ಪ್ರೊ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನುಕ್ರಮ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ವರ್ಗೀಕರಣವನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.
ಗೋ ಕೆಗ್ ಎನ್ರಿಚ್ಮೆಂಟ್
GO KEGG ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ಸಾಧನವು ಒದಗಿಸಲಾದ ಜೀನ್ ಸೆಟ್ ಮತ್ತು ಅನುಗುಣವಾದ ಟಿಪ್ಪಣಿಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ GO ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ಹಿಸ್ಟೋಗ್ರಾಮ್, KEGG ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ಹಿಸ್ಟೋಗ್ರಾಮ್ ಮತ್ತು KEGG ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ಮಾರ್ಗವನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸಲು ವಿನ್ಯಾಸಗೊಳಿಸಲಾಗಿದೆ.