-
BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
Ang spatial transcriptomics ay isang pamamaraan na nagbibigay-daan sa atin na makuha at mailarawan ang ekspresyon ng gene sa loob ng mga tisyu. Ito ay maaaring maging mahalaga upang maunawaan kung paano nakikipag-ugnayan ang mga selula.
Mayroong iba't ibang plataporma para sa pamamaraang ito. Kaugnay nito, bumuo ang BMKGene ng BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip, isang plataporma na nagpapalakas sa pagganap ng pamamaraan, na umaabot sa subcellular resolution at nagbibigay-daan sa isang multi-level na setting ng resolution.
Ang chip na ito ay naglalaman ng 4.2 milyong spots gamit ang isang patented na teknolohiya ng mga microwell na may patong-patong na beads na puno ng mga spatially barcoded probes. Gamit ang pamamaraang ito, pagkatapos ng pagkuha at amplification, makakakuha tayo ng cDNA library na mayaman sa mga barcoded samples na compatible sa Illumina.
Sa datos, tinitiyak ng kombinasyon ng spatial barcode at mga UMI ang katumpakan at pagiging tiyak ng datos na nabuo. Sa pagsasama-sama ng lahat ng nabanggit, ang BMKManu ay nagbibigay ng isang lubhang maraming nalalaman na setting ng datos.
-
Pagsunod-sunod ng RNA na may Iisang Nuklei
Ang pag-unlad ng mga pamamaraan ng single-cell capture at custom library construction, kasama ang high-throughput sequencing, ay nagpabago sa mga pag-aaral ng gene expression sa antas ng cell. Ang tagumpay na ito ay nagbibigay-daan para sa mas malalim at mas komprehensibong pagsusuri ng mga kumplikadong populasyon ng cell, na nalalampasan ang mga limitasyon na nauugnay sa pag-average ng gene expression sa lahat ng cell at pinapanatili ang tunay na heterogeneity sa loob ng mga populasyon na ito. Bagama't ang single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) ay may hindi maikakailang mga bentahe, nahaharap ito sa mga hamon sa ilang mga tisyu kung saan ang paglikha ng isang single-cell suspension ay napatunayang mahirap at nangangailangan ng mga sariwang sample. Sa BMKGene, tinutugunan namin ang balakid na ito sa pamamagitan ng pag-aalok ng single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) gamit ang makabagong teknolohiyang 10X Genomics Chromium. Pinalalawak ng pamamaraang ito ang spectrum ng mga sample na maaaring isagawa sa transcriptome analysis sa antas ng single-cell.
Ang paghihiwalay ng mga nuclei ay naisasagawa sa pamamagitan ng makabagong 10X Genomics Chromium chip, na nagtatampok ng walong-kanal na microfluidics system na may dobleng crossing. Sa loob ng sistemang ito, ang mga gel bead na naglalaman ng mga barcode, primer, enzyme, at isang nucleus ay nakapaloob sa mga patak ng langis na kasinglaki ng nanoliter, na bumubuo ng Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Kasunod ng pagbuo ng GEM, nagaganap ang cell lysis at paglabas ng barcode sa loob ng bawat GEM. Kasunod nito, ang mga molekula ng mRNA ay sumasailalim sa reverse transcription sa mga cDNA, na kinabibilangan ng 10X barcode at Unique Molecular Identifiers (UMI). Ang mga cDNA na ito ay isinasailalim sa karaniwang konstruksyon ng sequencing library, na nagpapadali sa isang matatag at komprehensibong paggalugad ng mga profile ng ekspresyon ng gene sa antas ng single-cell.
Plataporma: 10× Genomics Chromium at Illumina NovaSeq Plataporma
