-
BMKMANU S3000_სივრცითი ტრანსკრიპტომი
სივრცითი ტრანსკრიპტომიკა არის ტექნიკა, რომელიც საშუალებას გვაძლევს აღვბეჭდოთ და ვიზუალიზაცია გავუკეთოთ გენების ექსპრესიას ქსოვილებში. ეს შეიძლება გადამწყვეტი მნიშვნელობის იყოს იმის გასაგებად, თუ როგორ ურთიერთქმედებენ უჯრედები.
ამ მიდგომისთვის სხვადასხვა პლატფორმა არსებობს. ამ საკითხთან დაკავშირებით, BMKGene-მ შეიმუშავა BMKManu 3000 სივრცითი ტრანსკრიპტომის ჩიპი, პლატფორმა, რომელიც აუმჯობესებს ტექნიკის მუშაობას, აღწევს უჯრედქვეშა გარჩევადობას და უზრუნველყოფს მრავალდონიანი გარჩევადობის პარამეტრს.
ეს ჩიპი 4.2 მილიონ ლაქას ფარავს დაპატენტებული ტექნოლოგიის გამოყენებით, რომელიც მიკროჭაბურღილებს შეიცავს და რომლებზეც სივრცით შტრიხკოდირებული ზონდებით დატვირთული მძივებია განთავსებული. ამ მეთოდით, აღებისა და ამპლიფიკაციის შემდეგ, ჩვენ ვიღებთ cDNA ბიბლიოთეკას, რომელიც გამდიდრებულია შტრიხკოდირებული ნიმუშებით და Illumina-სთან თავსებადია.
მონაცემებთან დაკავშირებით, სივრცითი შტრიხკოდებისა და UMI-ების კომბინაცია უზრუნველყოფს გენერირებული მონაცემების სიზუსტესა და სპეციფიკურობას. ყოველივე ზემოთქმულის გაერთიანებით, BMKManu უზრუნველყოფს მონაცემთა უკიდურესად მრავალმხრივ პარამეტრს.
-
ერთბირთვიანი რნმ-ის სეკვენირება
ერთუჯრედიანი აღების და ბიბლიოთეკის შექმნის ტექნიკის შემუშავებამ, მაღალი გამტარუნარიანობის სეკვენირებასთან ერთად, რევოლუცია მოახდინა გენის ექსპრესიის კვლევებში უჯრედულ დონეზე. ეს გარღვევა საშუალებას იძლევა ჩავატაროთ კომპლექსური უჯრედული პოპულაციების უფრო ღრმა და ყოვლისმომცველი ანალიზი, გადალახოს ყველა უჯრედზე გენის ექსპრესიის საშუალო მაჩვენებელთან დაკავშირებული შეზღუდვები და შეინარჩუნოს ამ პოპულაციებში ნამდვილი ჰეტეროგენულობა. მიუხედავად იმისა, რომ ერთუჯრედიან რნმ-ის სეკვენირებას (scRNA-seq) უდავო უპირატესობები აქვს, ის გარკვეულ ქსოვილებში სირთულეებს აწყდება, სადაც ერთუჯრედიანი სუსპენზიის შექმნა რთულია და ახალ ნიმუშებს მოითხოვს. BMKGene-ში ჩვენ ამ დაბრკოლებას ვაგვარებთ ერთბირთვიანი რნმ-ის სეკვენირების (snRNA-seq) შეთავაზებით, უახლესი 10X Genomics Chromium ტექნოლოგიის გამოყენებით. ეს მიდგომა აფართოებს ნიმუშების სპექტრს, რომლებიც ექვემდებარებიან ტრანსკრიპტომის ანალიზს ერთუჯრედიან დონეზე.
ბირთვების იზოლირება ხორციელდება ინოვაციური 10X Genomics Chromium ჩიპის მეშვეობით, რომელიც აღჭურვილია რვაარხიანი მიკროფლუიდიკური სისტემით ორმაგი გადაკვეთებით. ამ სისტემაში, გელის მძივები, რომლებიც შეიცავს შტრიხკოდებს, პრაიმერებს, ფერმენტებს და ერთ ბირთვს, კაფსულირებულია ნანოლიტრის ზომის ზეთის წვეთებში, რაც ქმნის გელის მძივს ემულსიაში (GEM). GEM-ის ფორმირების შემდეგ, თითოეულ GEM-ში ხდება უჯრედის ლიზისი და შტრიხკოდის გამოთავისუფლება. შემდგომში, mRNA მოლეკულები განიცდიან უკუ ტრანსკრიფციას cDNA-ებად, რომლებიც მოიცავს 10X შტრიხკოდებს და უნიკალურ მოლეკულურ იდენტიფიკატორებს (UMI). ეს cDNA-ები შემდეგ ექვემდებარება სტანდარტული სეკვენირების ბიბლიოთეკის აგებას, რაც ხელს უწყობს გენის ექსპრესიის პროფილების მყარ და ყოვლისმომცველ შესწავლას ერთუჯრედიან დონეზე.
პლატფორმა: 10× Genomics Chromium და Illumina NovaSeq პლატფორმა
