-
BMKMANU S3000_טרנסקריפטום מרחבי
טרנסקריפטומיקה מרחבית היא טכניקה המאפשרת לנו ללכוד ולהמחיש ביטוי גנים בתוך רקמות. זה יכול להיות קריטי להבנת האופן שבו תאים מקיימים אינטראקציה.
ישנן פלטפורמות שונות לגישה זו. בנושא זה, BMKGene פיתחה את שבב הטרנסקריפטום המרחבי BMKManu 3000, פלטפורמה המשפרת את ביצועי הטכניקה, מגיעה לרזולוציה תת-תאית ומאפשרת הגדרת רזולוציה רב-רמות.
שבב זה עוטף 4.2 מיליון נקודות באמצעות טכנולוגיה פטנטית של מיקרו-גובות מרובדות בחרוזים עמוסים בגשושים בעלי ברקוד מרחבי. בשיטה זו, לאחר הלכידה וההגברה, אנו מקבלים ספריית cDNA מועשרת בדגימות בעלות ברקוד התואמת לאילומינה.
בנתונים, השילוב של ברקוד מרחבי ו-UMI מבטיח את הדיוק והספציפיות של הנתונים שנוצרו. בשילוב כל האמור לעיל, BMKManu מספק מערך נתונים רב-תכליתי ביותר.
-
ריצוף RNA חד-גרעיני
פיתוח טכניקות לכידת תאים בודדים ובניית ספריות מותאמות אישית, בשילוב עם ריצוף תפוקה גבוהה, חוללו מהפכה במחקרי ביטוי גנים ברמת התא. פריצת דרך זו מאפשרת ניתוח מעמיק ומקיף יותר של אוכלוסיות תאים מורכבות, תוך התגברות על המגבלות הקשורות לממוצע ביטוי גנים על פני כל התאים ושמירה על ההטרוגניות האמיתית בתוך אוכלוסיות אלו. בעוד שריצוף RNA של תאים בודדים (scRNA-seq) טומן בחובו יתרונות שאין להכחישה, הוא נתקל באתגרים ברקמות מסוימות שבהן יצירת תרחיף של תא בודד מתבררת כקשה ודורשת דגימות טריות. ב-BMKGene, אנו מטפלים במכשול זה על ידי הצעת ריצוף RNA של גרעין בודד (snRNA-seq) באמצעות טכנולוגיית 10X Genomics Chromium המתקדמת. גישה זו מרחיבה את ספקטרום הדגימות הניתנות לניתוח טרנסקריפטום ברמת התא הבודד.
בידוד הגרעינים מתבצע באמצעות שבב כרום 10X Genomics החדשני, הכולל מערכת מיקרופלואידיקה בת שמונה ערוצים עם מעברים כפולים. בתוך מערכת זו, חרוזי ג'ל המשלבים ברקודים, פריימרים, אנזימים וגרעין יחיד ארוזים בטיפות שמן בגודל ננוליטר, ויוצרים חרוז ג'ל בתחליב (GEM). לאחר היווצרות ה-GEM, מתרחשים ליזיס תאים ושחרור ברקוד בתוך כל GEM. לאחר מכן, מולקולות mRNA עוברות שעתוק הפוך ל-cDNA, המשלב ברקודים של 10X ומזהים מולקולריים ייחודיים (UMIs). cDNA אלה עוברים לאחר מכן בניית ספריית ריצוף סטנדרטית, מה שמאפשר חקירה יסודית ומקיפה של פרופילי ביטוי גנים ברמת התא הבודד.
פלטפורמה: 10× פלטפורמת Genomics Chromium ו-Illumina NovaSeq
-
10x גנומיקה Visium מרחבי טרנסקריפטום
טרנסקריפטומיקה מרחבית היא טכנולוגיה חדשנית המאפשרת לחוקרים לחקור דפוסי ביטוי גנים בתוך רקמות תוך שמירה על ההקשר המרחבי שלהן. פלטפורמה רבת עוצמה בתחום זה היא 10x Genomics Visium בשילוב עם ריצוף Illumina. העיקרון של 10X Visium טמון בשבב ייעודי עם אזור לכידה ייעודי שבו ממוקמים חתכי רקמה. אזור לכידה זה מכיל נקודות עם ברקוד, שכל אחת מהן מתאימה למיקום מרחבי ייחודי בתוך הרקמה. מולקולות ה-RNA שנלכדו מהרקמה מסומנות לאחר מכן במזהים מולקולריים ייחודיים (UMIs) במהלך תהליך התעתוק ההפוך. נקודות עם ברקוד ומזהים מולקולריים ייחודיים אלה מאפשרים מיפוי מרחבי מדויק וכימות של ביטוי גנים ברזולוציה של תא בודד. השילוב של דגימות עם ברקוד מרחבי ומזהים עם ברקוד מבטיח את הדיוק והספציפיות של הנתונים שנוצרים. באמצעות טכנולוגיית Transcriptomics מרחבית זו, חוקרים יכולים להשיג הבנה מעמיקה יותר של הארגון המרחבי של תאים והאינטראקציות המולקולריות המורכבות המתרחשות בתוך רקמות, ומציע תובנות יקרות ערך לגבי המנגנונים העומדים בבסיס תהליכים ביולוגיים בתחומים מרובים, כולל אונקולוגיה, מדעי המוח, ביולוגיה התפתחותית, אימונולוגיה ומחקרים בוטניים.
פלטפורמה: 10X Genomics Visium ו-Illumina NovaSeq
