-
BMKMANU S3000_Прасторавы транскрыптом
Прасторавая транскрыптоміка — гэта метад, які дазваляе нам фіксаваць і візуалізаваць экспрэсію генаў у тканінах. Гэта можа мець вырашальнае значэнне для разумення таго, як клеткі ўзаемадзейнічаюць.
Для гэтага падыходу існуюць розныя платформы. У сувязі з гэтым кампанія BMKGene распрацавала прасторавы транскрыптомны чып BMKManu 3000, платформу, якая павышае прадукцыйнасць тэхнікі, дасягаючы субклеткавага дазволу і дазваляючы наладжваць шматузроўневае дазвол.
Гэты чып ахоплівае 4,2 мільёна кропак з выкарыстаннем запатэнтаванай тэхналогіі мікралунак, якія пакрытыя шарыкамі, загружанымі прасторава штрых-кодаванымі зондамі. З дапамогай гэтага метаду, пасля захопу і ампліфікацыі, мы атрымліваем бібліятэку кДНК, узбагачаную штрых-кодаванымі ўзорамі, сумяшчальнымі з Illumina.
Што да дадзеных, то спалучэнне прасторавага штрых-кода і UMI забяспечвае дакладнасць і спецыфічнасць атрыманых дадзеных. Спалучаючы ўсё вышэйпералічанае, BMKManu забяспечвае надзвычай універсальную наладу дадзеных.
-
Аднаядзернае секвенаванне РНК
Распрацоўка метадаў захопу асобных клетак і стварэння карыстальніцкіх бібліятэк у спалучэнні з высокапрадукцыйным секвенаваннем зрабіла рэвалюцыю ў даследаваннях экспрэсіі генаў на ўзроўні клетак. Гэты прарыў дазваляе праводзіць больш глыбокі і ўсебаковы аналіз складаных папуляцый клетак, пераадольваючы абмежаванні, звязаныя з усредненнем экспрэсіі генаў па ўсіх клетках, і захоўваючы сапраўдную гетэрагеннасць у гэтых папуляцыях. Хоць секвенаванне РНК асобных клетак (scRNA-seq) мае бясспрэчныя перавагі, яно сутыкаецца з праблемамі ў некаторых тканінах, дзе стварэнне суспензіі асобных клетак аказваецца складаным і патрабуе свежых узораў. У BMKGene мы вырашаем гэтую перашкоду, прапаноўваючы секвенаванне РНК асобных ядзер (snRNA-seq) з выкарыстаннем найноўшай тэхналогіі 10X Genomics Chromium. Гэты падыход пашырае спектр узораў, прыдатных для транскрыптомнага аналізу на ўзроўні асобных клетак.
Вылучэнне ядраў ажыццяўляецца з дапамогай інавацыйнага чыпа 10X Genomics Chromium, які мае васьміканальную мікрафлюідную сістэму з падвойнымі скрыжаваннямі. У гэтай сістэме гелевыя шарыкі, якія ўключаюць штрых-коды, праймеры, ферменты і адно ядро, інкапсулююцца ў кроплі алею памерам з наналітр, утвараючы гелевыя шарыкі ў эмульсіі (GEM). Пасля ўтварэння GEM адбываецца лізіс клетак і вызваленне штрых-кода ўнутры кожнай GEM. Пасля гэтага малекулы мРНК падвяргаюцца зваротнай транскрыпцыі ў кДНК, уключаючы штрых-коды 10X і унікальныя малекулярныя ідэнтыфікатары (UMI). Затым гэтыя кДНК падвяргаюцца стандартнаму секвенаванню бібліятэкі, што спрыяе надзейнаму і ўсебаковаму вывучэнню профіляў экспрэсіі генаў на ўзроўні адной клеткі.
Платформа: 10× Genomics Chromium і платформа Illumina NovaSeq
