-
BMKMANU S3000_Telpiskā transkriptoma
Telpiskā transkriptomika ir metode, kas ļauj mums uztvert un vizualizēt gēnu ekspresiju audos. Tas var būt ļoti svarīgi, lai izprastu, kā šūnas mijiedarbojas.
Šai pieejai ir dažādas platformas. Šajā sakarā BMKGene ir izstrādājis BMKManu 3000 Spatial transkriptoma mikroshēmu — platformu, kas uzlabo tehnikas veiktspēju, sasniedzot subcelulāru izšķirtspēju un iespējojot daudzlīmeņu izšķirtspējas iestatījumu.
Šī mikroshēma, izmantojot patentētu tehnoloģiju, kurā mikroiedobes ir slāņotas ar lodītēm, kas ielādētas ar telpiski svītrkodētām zondēm, aptver 4,2 miljonus plankumu. Ar šo metodi pēc uztveršanas un amplifikācijas mēs iegūstam kDNS bibliotēku, kas bagātināta ar svītrkodu paraugiem, un tā ir saderīga ar Illumina.
Telpiskā svītrkoda un UMI kombinācija nodrošina ģenerēto datu precizitāti un specifiskumu. Apvienojot visu iepriekš minēto, BMKManu nodrošina ārkārtīgi daudzpusīgu datu iestatījumu.
-
Vienkodolu RNS sekvencēšana
Vienšūnu RNS sekvencēšanas un pielāgotu bibliotēku veidošanas metožu izstrāde apvienojumā ar augstas caurlaidības sekvencēšanu ir revolucionizējusi gēnu ekspresijas pētījumus šūnu līmenī. Šis sasniegums ļauj veikt dziļāku un visaptverošāku sarežģītu šūnu populāciju analīzi, pārvarot ierobežojumus, kas saistīti ar gēnu ekspresijas vidējošanu visās šūnās, un saglabājot patieso heterogenitāti šajās populācijās. Lai gan vienšūnu RNS sekvencēšanai (scRNA-seq) ir nenoliedzamas priekšrocības, tā saskaras ar izaicinājumiem noteiktos audos, kur vienšūnu suspensijas izveide ir sarežģīta un prasa svaigus paraugus. BMKGene mēs pārvaram šo šķērsli, piedāvājot vienkodolu RNS sekvencēšanu (snRNA-seq), izmantojot modernāko 10X Genomics Chromium tehnoloģiju. Šī pieeja paplašina paraugu spektru, kas ir piemēroti transkriptomas analīzei vienšūnu līmenī.
Kodolu izolēšana tiek veikta, izmantojot inovatīvo 10X Genomics Chromium mikroshēmu, kas ietver astoņu kanālu mikrofluidikas sistēmu ar dubultu krustošanu. Šajā sistēmā gēla lodītes, kas ietver svītrkodus, praimerus, enzīmus un vienu kodolu, tiek iekapsulētas nanolitra lieluma eļļas pilienos, veidojot gēla lodītes emulsijā (GEM). Pēc GEM veidošanās katrā GEM notiek šūnu līze un svītrkoda atbrīvošana. Pēc tam mRNS molekulas tiek pakļautas reversai transkripcijai kDNS, iekļaujot 10X svītrkodus un unikālus molekulāros identifikatorus (UMI). Šīs kDNS pēc tam tiek pakļautas standarta sekvencēšanas bibliotēkas konstruēšanai, veicinot stabilu un visaptverošu gēnu ekspresijas profilu izpēti atsevišķu šūnu līmenī.
Platforma: 10× Genomics Chromium un Illumina NovaSeq platforma
