-
BMKMANU S3000_Transkriptom Spasial
Transkriptomik spasial adalah teknik yang memungkinkan kita untuk menangkap dan memvisualisasikan ekspresi gen di dalam jaringan. Hal ini sangat penting untuk memahami bagaimana sel berinteraksi.
Terdapat berbagai platform untuk pendekatan ini. Dalam hal ini, BMKGene telah mengembangkan BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip, sebuah platform yang meningkatkan kinerja teknik ini, mencapai resolusi subseluler dan memungkinkan pengaturan resolusi multi-level.
Chip ini mencakup 4,2 juta titik menggunakan teknologi yang dipatenkan berupa sumur mikro berlapis manik-manik yang diisi dengan probe berkode batang spasial. Dengan metode ini, setelah penangkapan dan amplifikasi, kita memperoleh pustaka cDNA yang diperkaya dengan sampel berkode batang yang kompatibel dengan Illumina.
Pada data tersebut, kombinasi barcode spasial dan UMI memastikan akurasi dan spesifisitas data yang dihasilkan. Dengan menggabungkan semua hal di atas, BMKManu menyediakan pengaturan data yang sangat serbaguna.
-
Pengurutan RNA inti tunggal
Pengembangan teknik penangkapan sel tunggal dan konstruksi pustaka khusus, yang dipadukan dengan pengurutan berkecepatan tinggi, telah merevolusi studi ekspresi gen pada tingkat sel. Terobosan ini memungkinkan analisis yang lebih mendalam dan komprehensif dari populasi sel yang kompleks, mengatasi keterbatasan yang terkait dengan rata-rata ekspresi gen di semua sel dan mempertahankan heterogenitas sebenarnya dalam populasi ini. Meskipun pengurutan RNA sel tunggal (scRNA-seq) memiliki keunggulan yang tak terbantahkan, ia menghadapi tantangan di jaringan tertentu di mana pembuatan suspensi sel tunggal terbukti sulit dan membutuhkan sampel segar. Di BMKGene, kami mengatasi kendala ini dengan menawarkan pengurutan RNA nukleus tunggal (snRNA-seq) menggunakan teknologi Chromium 10X Genomics yang canggih. Pendekatan ini memperluas spektrum sampel yang dapat dianalisis transkriptom pada tingkat sel tunggal.
Isolasi inti sel dilakukan melalui chip Chromium 10X Genomics yang inovatif, yang menampilkan sistem mikrofluida delapan saluran dengan persilangan ganda. Dalam sistem ini, manik-manik gel yang menggabungkan barcode, primer, enzim, dan satu inti sel dikapsulasi dalam tetesan minyak berukuran nanoliter, membentuk Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Setelah pembentukan GEM, lisis sel dan pelepasan barcode terjadi di dalam setiap GEM. Selanjutnya, molekul mRNA mengalami transkripsi balik menjadi cDNA, yang menggabungkan barcode 10X dan Pengidentifikasi Molekuler Unik (UMI). cDNA ini kemudian dikenakan konstruksi pustaka sekuensing standar, yang memfasilitasi eksplorasi profil ekspresi gen yang kuat dan komprehensif pada tingkat sel tunggal.
Platform: 10× Genomics Chromium dan Illumina NovaSeq Platform
