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BMKMANU S3000_Transcriptoma espacial
La transcriptómica espacial es una técnica que nos permite capturar y visualizar la expresión génica dentro de los tejidos. Esto puede ser crucial para comprender cómo interactúan las células.
Existen diferentes plataformas para este enfoque. En este sentido, BMKGene ha desarrollado el chip de transcriptoma espacial BMKManu 3000, una plataforma que mejora el rendimiento de la técnica, alcanzando una resolución subcelular y permitiendo una configuración de resolución multinivel.
Este chip contiene 4,2 millones de puntos mediante una tecnología patentada de micropocillos recubiertos con microesferas cargadas con sondas con códigos de barras espaciales. Con este método, tras la captura y amplificación, se obtiene una biblioteca de ADNc enriquecida con las muestras con códigos de barras, compatible con Illumina.
En cuanto a los datos, la combinación de códigos de barras espaciales e UMIs garantiza la precisión y especificidad de los datos generados. Al combinar todo lo anterior, BMKManu proporciona un entorno de datos extremadamente versátil.
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Secuenciación de ARN de núcleos individuales
El desarrollo de técnicas de captura de células individuales y construcción de bibliotecas personalizadas, junto con la secuenciación de alto rendimiento, ha revolucionado los estudios de expresión génica a nivel celular. Este avance permite un análisis más profundo y completo de poblaciones celulares complejas, superando las limitaciones asociadas con el promedio de la expresión génica en todas las células y preservando la verdadera heterogeneidad dentro de estas poblaciones. Si bien la secuenciación de ARN de célula individual (scRNA-seq) tiene ventajas innegables, presenta desafíos en ciertos tejidos donde la creación de una suspensión de células individuales resulta difícil y requiere muestras frescas. En BMKGene, abordamos este obstáculo ofreciendo secuenciación de ARN de núcleo único (snRNA-seq) mediante la tecnología de vanguardia 10X Genomics Chromium. Este enfoque amplía el espectro de muestras aptas para el análisis del transcriptoma a nivel de célula individual.
El aislamiento de núcleos se logra mediante el innovador chip Chromium de 10X Genomics, que cuenta con un sistema microfluídico de ocho canales con doble entrecruzamiento. Dentro de este sistema, microesferas de gel que incorporan códigos de barras, cebadores, enzimas y un solo núcleo se encapsulan en gotas de aceite de tamaño nanométrico, formando una emulsión de microesferas de gel (GEM). Tras la formación de la GEM, se produce la lisis celular y la liberación del código de barras dentro de cada GEM. Posteriormente, las moléculas de ARNm se someten a transcripción inversa para generar ADNc, que incorpora códigos de barras de 10X e identificadores moleculares únicos (UMI). Estos ADNc se someten luego a la construcción de una biblioteca de secuenciación estándar, lo que facilita una exploración robusta y completa de los perfiles de expresión génica a nivel de célula individual.
Plataforma: Plataforma 10× Genomics Chromium e Illumina NovaSeq
