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BMKMANU S3000_Transcriptoma espacial
La transcriptómica espacial es una técnica que permite capturar y visualizar la expresión génica en los tejidos. Esto puede ser crucial para comprender cómo interactúan las células.
Existen diferentes plataformas para este enfoque. En este sentido, BMKGene ha desarrollado el chip de transcriptoma espacial BMKManu 3000, una plataforma que optimiza el rendimiento de la técnica, alcanzando una resolución subcelular y permitiendo una configuración de resolución multinivel.
Este chip contiene 4,2 millones de puntos mediante una tecnología patentada de micropocillos con microesferas cargadas con sondas con código de barras. Con este método, tras la captura y la amplificación, obtenemos una biblioteca de ADNc enriquecida con las muestras con código de barras, compatible con Illumina.
En cuanto a los datos, la combinación de código de barras espacial y UMI garantiza la precisión y especificidad de los datos generados. Al combinar todo lo anterior, BMKManu ofrece una configuración de datos extremadamente versátil.
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Secuenciación de ARN de un solo núcleo
El desarrollo de técnicas de captura de células individuales y construcción de bibliotecas personalizadas, junto con la secuenciación de alto rendimiento, ha revolucionado los estudios de expresión génica a nivel celular. Este avance permite un análisis más profundo y completo de poblaciones celulares complejas, superando las limitaciones asociadas con el promedio de la expresión génica en todas las células y preservando la verdadera heterogeneidad dentro de estas poblaciones. Si bien la secuenciación de ARN unicelular (scRNA-seq) presenta ventajas innegables, presenta desafíos en ciertos tejidos donde la creación de una suspensión unicelular resulta difícil y requiere muestras frescas. En BMKGene, abordamos este obstáculo ofreciendo la secuenciación de ARN uninucleado (snRNA-seq) utilizando la tecnología de vanguardia 10X Genomics Chromium. Este enfoque amplía el espectro de muestras susceptibles al análisis del transcriptoma a nivel unicelular.
El aislamiento de núcleos se logra mediante el innovador chip 10X Genomics Chromium, que incorpora un sistema de microfluidos de ocho canales con doble cruce. Dentro de este sistema, las perlas de gel que incorporan códigos de barras, cebadores, enzimas y un único núcleo se encapsulan en gotas de aceite de tamaño nanométrico, formando perlas de gel en emulsión (GEM). Tras la formación de las GEM, se produce la lisis celular y la liberación del código de barras dentro de cada GEM. Posteriormente, las moléculas de ARNm se someten a transcripción inversa en ADNc, que incorporan códigos de barras 10X e identificadores moleculares únicos (UMI). Estos ADNc se someten a la construcción de una biblioteca de secuenciación estándar, lo que facilita una exploración robusta y completa de los perfiles de expresión génica a nivel de célula individual.
Plataforma: 10× Genomics Chromium e Illumina NovaSeq
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10x Genomics Visium Transcriptoma espacial
La transcriptómica espacial es una tecnología de vanguardia que permite a los investigadores investigar los patrones de expresión génica en los tejidos, preservando al mismo tiempo su contexto espacial. Una potente plataforma en este ámbito es 10x Genomics Visium, en combinación con la secuenciación de Illumina. El principio de 10X Visium reside en un chip especializado con un área de captura designada donde se colocan las secciones de tejido. Esta área de captura contiene puntos con código de barras, cada uno correspondiente a una ubicación espacial única dentro del tejido. Las moléculas de ARN capturadas del tejido se etiquetan posteriormente con identificadores moleculares únicos (UMI) durante el proceso de transcripción inversa. Estos puntos con código de barras y UMI permiten un mapeo espacial preciso y la cuantificación de la expresión génica con una resolución de una sola célula. La combinación de muestras con código de barras espacial y UMI garantiza la precisión y especificidad de los datos generados. Al utilizar esta tecnología de transcriptómica espacial, los investigadores pueden obtener una comprensión más profunda de la organización espacial de las células y las complejas interacciones moleculares que ocurren dentro de los tejidos, ofreciendo información invaluable sobre los mecanismos subyacentes a los procesos biológicos en múltiples campos, incluidos la oncología, la neurociencia, la biología del desarrollo, la inmunología y los estudios botánicos.
Plataforma: 10X Genomics Visium e Illumina NovaSeq
