ಬಲ್ಕ್ಡ್ ಸೆಗ್ರೆಗಂಟ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಸೇವೆಯ ಅನುಕೂಲಗಳು
ಟಕಗಿ ಮತ್ತು ಇತರರು, ಸಸ್ಯ ಜರ್ನಲ್, 2013
● ನಿಖರವಾದ ಸ್ಥಳೀಕರಣ: ಹಿನ್ನೆಲೆ ಶಬ್ದವನ್ನು ಕಡಿಮೆ ಮಾಡಲು 30+30 ರಿಂದ 200+200 ವ್ಯಕ್ತಿಗಳೊಂದಿಗೆ ಬಲ್ಕ್‌ಗಳನ್ನು ಮಿಶ್ರಣ ಮಾಡುವುದು;ಸಮಾನಾರ್ಥಕವಲ್ಲದ ರೂಪಾಂತರಿತ-ಆಧಾರಿತ ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಪ್ರದೇಶದ ಭವಿಷ್ಯ.
● ಸಮಗ್ರ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG , ಇತ್ಯಾದಿ ಸೇರಿದಂತೆ ಆಳವಾದ ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಜೀನ್ ಕ್ರಿಯೆಯ ಟಿಪ್ಪಣಿ.
● ವೇಗವಾದ ತಿರುವು ಸಮಯ: 45 ಕೆಲಸದ ದಿನಗಳಲ್ಲಿ ತ್ವರಿತ ಜೀನ್ ಸ್ಥಳೀಕರಣ.
● ವ್ಯಾಪಕವಾದ ಅನುಭವ: ಬೆಳೆಗಳು, ಜಲಚರ ಉತ್ಪನ್ನಗಳು, ಅರಣ್ಯ, ಹೂವುಗಳು, ಹಣ್ಣುಗಳು ಇತ್ಯಾದಿಗಳಂತಹ ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಜಾತಿಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ಸಾವಿರಾರು ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳ ಸ್ಥಳೀಕರಣದಲ್ಲಿ BMK ಕೊಡುಗೆ ನೀಡಿದೆ.
ಸೇವೆಯ ವಿಶೇಷಣಗಳು
ಜನಸಂಖ್ಯೆ:
ಎದುರಾಳಿ ಫಿನೋಟೈಪ್‌ಗಳೊಂದಿಗೆ ಪೋಷಕರ ಸಂತತಿಯನ್ನು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸುವುದು.
ಉದಾ F2 ಸಂತತಿ, ಬ್ಯಾಕ್‌ಕ್ರಾಸಿಂಗ್ (BC), ರಿಕಾಂಬಿನಂಟ್ ಇನ್‌ಬ್ರೆಡ್ ಲೈನ್ (RIL)
ಮಿಶ್ರಣ ಪೂಲ್
ಗುಣಾತ್ಮಕ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳಿಗಾಗಿ: 30 ರಿಂದ 50 ವ್ಯಕ್ತಿಗಳು (ಕನಿಷ್ಠ 20)/ಬೃಹತ್
ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ಟ್ರಾಟಿಸ್‌ಗಾಗಿ: ಇಡೀ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯಲ್ಲಿ (ಕನಿಷ್ಠ 30+30) ತೀವ್ರವಾದ ಫಿನೋಟೈಪ್‌ಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಅಗ್ರ 5% ರಿಂದ 10% ವ್ಯಕ್ತಿಗಳು.
ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ ಅನುಕ್ರಮ ಆಳ
ಕನಿಷ್ಠ 20X/ಪೋಷಕರು ಮತ್ತು 1X/ಸಂತಾನದ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳು (ಉದಾಹರಣೆಗೆ 30+30 ವ್ಯಕ್ತಿಗಳ ಸಂತಾನ ಮಿಶ್ರಣ ಪೂಲ್‌ಗೆ, ಅನುಕ್ರಮದ ಆಳವು ಪ್ರತಿ ಬಲ್ಕ್‌ಗೆ 30X ಆಗಿರುತ್ತದೆ)
ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು
● ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮ
● ಡೇಟಾ ಸಂಸ್ಕರಣೆ
● SNP/Indel ಕರೆ ಮಾಡುವಿಕೆ
● ಅಭ್ಯರ್ಥಿಯ ಪ್ರದೇಶ ಸ್ಕ್ರೀನಿಂಗ್
● ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಜೀನ್ ಕ್ರಿಯೆಯ ಟಿಪ್ಪಣಿ
ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು ಮತ್ತು ವಿತರಣೆ
ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು:
ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್‌ಗಳು:
| gDNA ಮಾದರಿ | ಅಂಗಾಂಶ ಮಾದರಿ |
| ಸಾಂದ್ರತೆ: ≥30 ng/μl | ಸಸ್ಯಗಳು: 1-2 ಗ್ರಾಂ |
| ಮೊತ್ತ: ≥2 μg (ಸಂಪುಟ ≥15 μl) | ಪ್ರಾಣಿಗಳು: 0.5-1 ಗ್ರಾಂ |
| ಶುದ್ಧತೆ: OD260/280= 1.6-2.5 | ಸಂಪೂರ್ಣ ರಕ್ತ: 1.5 ಮಿಲಿ |
ಸೇವಾ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ಪ್ರಯೋಗ ವಿನ್ಯಾಸ
ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಆರ್ಎನ್ಎ ಹೊರತೆಗೆಯುವಿಕೆ
ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ
ಅನುಕ್ರಮ
ಮಾಹಿತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು
ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಯೂಕ್ಲಿಡಿಯನ್ ದೂರದ (ED) ಮೇಲೆ 1.ಅಸೋಸಿಯೇಷನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಬೇಸ್.ಕೆಳಗಿನ ಚಿತ್ರದಲ್ಲಿ
ಎಕ್ಸ್-ಆಕ್ಸಿಸ್: ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಸಂಖ್ಯೆ;ಪ್ರತಿ ಡಾಟ್ SNP ಯ ED ಮೌಲ್ಯವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ.ಕಪ್ಪು ರೇಖೆಯು ಅಳವಡಿಸಲಾದ ED ಮೌಲ್ಯಕ್ಕೆ ಅನುರೂಪವಾಗಿದೆ.ಹೆಚ್ಚಿನ ED ಮೌಲ್ಯವು ಸೈಟ್ ಮತ್ತು ಫಿನೋಟೈಪ್ ನಡುವಿನ ಹೆಚ್ಚು ಮಹತ್ವದ ಸಂಬಂಧವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.ಕೆಂಪು ಡ್ಯಾಶ್ ರೇಖೆಯು ಗಮನಾರ್ಹ ಸಂಬಂಧದ ಮಿತಿಯನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ.
2.SNP-ಸೂಚ್ಯಂಕವನ್ನು ಆಧರಿಸಿದ ಅಸೋಸಿಯೇಷನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಎಕ್ಸ್-ಆಕ್ಸಿಸ್: ಕ್ರೋಮೋಸೋಮ್ ಸಂಖ್ಯೆ;ಪ್ರತಿ ಚುಕ್ಕೆ SNP-ಸೂಚ್ಯಂಕ ಮೌಲ್ಯವನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುತ್ತದೆ.ಕಪ್ಪು ರೇಖೆಯು ಅಳವಡಿಸಿದ SNP-ಸೂಚ್ಯಂಕ ಮೌಲ್ಯವನ್ನು ಸೂಚಿಸುತ್ತದೆ.ಮೌಲ್ಯವು ದೊಡ್ಡದಾಗಿದೆ, ಸಂಘವು ಹೆಚ್ಚು ಮಹತ್ವದ್ದಾಗಿದೆ.
ಬಿಎಂಕೆ ಪ್ರಕರಣ
ಪ್ರಮುಖ-ಪರಿಣಾಮದ ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ಲಕ್ಷಣ ಲೋಕಸ್ Fnl7.1 ಸೌತೆಕಾಯಿಯಲ್ಲಿ ಹಣ್ಣಿನ ಕುತ್ತಿಗೆಯ ಉದ್ದಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ತಡವಾದ ಭ್ರೂಣಜನಕ ಹೇರಳವಾಗಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನ್ನು ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ
ಪ್ರಕಟಿಸಲಾಗಿದೆ: ಪ್ಲಾಂಟ್ ಬಯೋಟೆಕ್ನಾಲಜಿ ಜರ್ನಲ್, 2020
ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ:
ಪಾಲಕರು (Jin5-508, YN): 34× ಮತ್ತು 20× ಗಾಗಿ ಸಂಪೂರ್ಣ ಜೀನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮ.
DNA ಪೂಲ್‌ಗಳು (50 ಉದ್ದ ಕುತ್ತಿಗೆ ಮತ್ತು 50 ಚಿಕ್ಕ ಕುತ್ತಿಗೆ): 61× ಮತ್ತು 52× ಗೆ ಅನುರೂಪ
ಪ್ರಮುಖ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು
ಈ ಅಧ್ಯಯನದಲ್ಲಿ, ಉದ್ದ-ಕುತ್ತಿಗೆಯ ಸೌತೆಕಾಯಿಯ ಜಿನ್5-508 ಮತ್ತು ಶಾರ್ಟ್-ನೆಕ್ ವೈಎನ್ ಅನ್ನು ದಾಟುವ ಮೂಲಕ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯನ್ನು (ಎಫ್2 ಮತ್ತು ಎಫ್2:3) ಬೇರ್ಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ.ಎರಡು ಡಿಎನ್‌ಎ ಪೂಲ್‌ಗಳನ್ನು 50 ತೀವ್ರ ಉದ್ದ-ಕುತ್ತಿಗೆ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳು ಮತ್ತು 50 ತೀವ್ರ ಶಾರ್ಟ್-ಕತ್ತಿನ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳು ನಿರ್ಮಿಸಿದ್ದಾರೆ.ಪ್ರಮುಖ-ಪರಿಣಾಮದ QTL ಅನ್ನು BSA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಸಾಂಪ್ರದಾಯಿಕ QTL ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ ಮೂಲಕ Chr07 ನಲ್ಲಿ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ.ಫೈನ್-ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್, ಜೀನ್ ಎಕ್ಸ್‌ಪ್ರೆಶನ್ ಕ್ವಾಂಟಿಫಿಕೇಶನ್ ಮತ್ತು ಟ್ರಾನ್ಸ್‌ಜೆನಿಕ್ ಪ್ರಯೋಗಗಳಿಂದ ಅಭ್ಯರ್ಥಿಯ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ಮತ್ತಷ್ಟು ಸಂಕುಚಿತಗೊಳಿಸಲಾಯಿತು, ಇದು ಕುತ್ತಿಗೆ-ಉದ್ದವನ್ನು ನಿಯಂತ್ರಿಸುವಲ್ಲಿ ಪ್ರಮುಖ ಜೀನ್ ಅನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು, CsFnl7.1.ಇದರ ಜೊತೆಗೆ, CsFnl7.1 ಪ್ರವರ್ತಕ ಪ್ರದೇಶದಲ್ಲಿನ ಪಾಲಿಮಾರ್ಫಿಸಮ್ ಅನುಗುಣವಾದ ಅಭಿವ್ಯಕ್ತಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದೆ ಎಂದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ.ಹೆಚ್ಚಿನ ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು Fnl7.1 ಲೊಕಸ್ ಭಾರತದಿಂದ ಹುಟ್ಟಿಕೊಂಡಿರುವ ಸಾಧ್ಯತೆಯಿದೆ ಎಂದು ಸೂಚಿಸಿದೆ.
 ಸೌತೆಕಾಯಿಯ ಕತ್ತಿನ ಉದ್ದಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಅಭ್ಯರ್ಥಿ ಪ್ರದೇಶವನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು BSA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಲ್ಲಿ QTL-ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ |  ಸೌತೆಕಾಯಿಯ ಕತ್ತಿನ ಉದ್ದದ QTL ನ LOD ಪ್ರೊಫೈಲ್‌ಗಳನ್ನು Chr07 ನಲ್ಲಿ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ |
ಕ್ಸು, ಎಕ್ಸ್., ಮತ್ತು ಇತರರು."ಪ್ರಮುಖ-ಪರಿಣಾಮದ ಪರಿಮಾಣಾತ್ಮಕ ಲಕ್ಷಣ ಲೊಕಸ್ Fnl7.1 ಸೌತೆಕಾಯಿಯಲ್ಲಿ ಹಣ್ಣಿನ ಕತ್ತಿನ ಉದ್ದಕ್ಕೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ತಡವಾದ ಭ್ರೂಣಜನಕ ಹೇರಳವಾಗಿರುವ ಪ್ರೋಟೀನ್ ಅನ್ನು ಎನ್ಕೋಡ್ ಮಾಡುತ್ತದೆ."ಪ್ಲಾಂಟ್ ಬಯೋಟೆಕ್ನಾಲಜಿ ಜರ್ನಲ್ 18.7(2020).
