ಯುಕ್ಯಾರಿಯೋಟಿಕ್ mRNA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ (ಉಲ್ಲೇಖ ಆಧಾರಿತ ಮತ್ತು ಹೊಸ ಆಯ್ಕೆಗಳು ಲಭ್ಯವಿದೆ)
ಈ ಪೈಪ್ಲೈನ್ NGS RNA-Seq ಡೇಟಾವನ್ನು ಇನ್ಪುಟ್ ಆಗಿ ಬಳಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಬಹು ಕೆಳಮುಖ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳಿಂದ ಫಲಿತಾಂಶಗಳನ್ನು ಉತ್ಪಾದಿಸುತ್ತದೆ, ಇವುಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಂತೆ ಆದರೆ ಇವುಗಳಿಗೆ ಸೀಮಿತವಾಗಿಲ್ಲ: ಅನುಕ್ರಮ ಡೇಟಾ ಗುಣಮಟ್ಟದ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ,ಹೊಸದುಪ್ರತಿಲೇಖನ ಸೈಟ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ, ವೇರಿಯಬಲ್ ಸ್ಪ್ಲೈಸಿಂಗ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಡಿಫರೆನ್ಷಿಯಲ್ ಎಕ್ಸ್ಪ್ರೆಶನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಕಾರ್ಯ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮತ್ತು ಪುಷ್ಟೀಕರಣ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ.
ದೀರ್ಘ ಸಂಕೇತಿಸದ RNA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಉದ್ದವಾದ ಕೋಡಿಂಗ್ ಮಾಡದ ಆರ್ಎನ್ಎಗಳು (ಎಲ್ಎನ್ಸಿಆರ್ಎನ್ಎಗಳು) 200 ಎನ್ಟಿಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನ ಉದ್ದವನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಕೋಡಿಂಗ್ ಮಾಡದ ಪ್ರತಿಲಿಪಿಗಳಾಗಿವೆ ಮತ್ತು ಕ್ರೊಮಾಟಿನ್ ಸಂಘಟನೆ ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣದಲ್ಲಿ ಪಾತ್ರವಹಿಸುತ್ತವೆ ಎಂದು ತಿಳಿದುಬಂದಿದೆ. ಹೈ-ಥ್ರೂಪುಟ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ತಂತ್ರಜ್ಞಾನಗಳು ಮತ್ತು ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಗಳು ಎಲ್ಎನ್ಸಿಆರ್ಎನ್ಎ ಅನುಕ್ರಮಗಳು ಮತ್ತು ಸ್ಥಾನಿಕ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಅರ್ಥಮಾಡಿಕೊಳ್ಳಲು ನಮ್ಮ ಶಕ್ತಿಯನ್ನು ನೀಡಿವೆ, ಇದು ನಿರ್ಣಾಯಕ ನಿಯಂತ್ರಕ ಕಾರ್ಯಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ಎಲ್ಎನ್ಸಿಆರ್ಎನ್ಎಗಳನ್ನು ಗುರುತಿಸಲು ಸಹಾಯ ಮಾಡುತ್ತದೆ. ಈ ಪೈಪ್ಲೈನ್ ಯುಕ್ಯಾರಿಯೋಟಿಕ್ ಎಂಆರ್ಎನ್ಎ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಪೈಪ್ಲೈನ್ನಲ್ಲಿ ಉಲ್ಲೇಖಿಸಲಾದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳ ಜೊತೆಗೆ ಎಲ್ಎನ್ಸಿಆರ್ಎನ್ಎ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತದೆ.
16S/18S/ITS ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ ಅನುಕ್ರಮ
ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆ ಯೋಜನೆಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಲ್ಲಿ ವರ್ಷಗಳ ಅನುಭವದ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ವೈವಿಧ್ಯತೆ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಪೈಪ್ಲೈನ್ ಅನ್ನು ಅಭಿವೃದ್ಧಿಪಡಿಸಲಾಗಿದೆ. ಪೈಪ್ಲೈನ್ ಪ್ರಮಾಣೀಕೃತ ಮೂಲ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ, ಇದು ಪ್ರಸ್ತುತ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಂಶೋಧನೆ ಮತ್ತು ವೈಯಕ್ತಿಕಗೊಳಿಸಿದ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯ ಮುಖ್ಯವಾಹಿನಿಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣಾ ವಿಷಯವನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. ವಿಶ್ಲೇಷಣಾ ವರದಿಯು ಶ್ರೀಮಂತ ಮತ್ತು ಸಮಗ್ರವಾಗಿದ್ದು, ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ವೈಯಕ್ತಿಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಮಾಡುವ ಆಯ್ಕೆಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಹೆಚ್ಚುವರಿಯಾಗಿ, ಹೆಚ್ಚುವರಿ ಗ್ರಾಹಕೀಕರಣ ಮತ್ತು ನಿಯಂತ್ರಣಕ್ಕಾಗಿ ಮಾದರಿಗಳು ಮತ್ತು ಗುಂಪುಗಳನ್ನು ತಕ್ಷಣವೇ ಮಾರ್ಪಡಿಸಬಹುದು.
ಶಾಟ್ಗನ್ ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಶಾಟ್ಗನ್ ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ ಪೈಪ್ಲೈನ್ ಪರಿಸರ ಮಾದರಿಗಳಿಂದ ಹೊರತೆಗೆಯಲಾದ ಮಿಶ್ರ ಜೀನೋಮಿಕ್ ವಸ್ತುಗಳಿಂದ NGS ಡೇಟಾವನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ. ಒಳಗೊಂಡಿರುವ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು ಜಾತಿಗಳ ವೈವಿಧ್ಯತೆ ಮತ್ತು ಸಮೃದ್ಧಿ, ಜನಸಂಖ್ಯಾ ರಚನೆ, ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಸಂಬಂಧ, ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಜೀನ್ಗಳು ಮತ್ತು ಪರಿಸರ ಅಂಶಗಳೊಂದಿಗೆ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಜಾಲಗಳ ಕುರಿತು ವಿವರವಾದ ಮಾಹಿತಿಯನ್ನು ಒದಗಿಸುತ್ತವೆ.
NGS-WGS ರೂಪಾಂತರ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
NGS-WGS ರೂಪಾಂತರ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಒಂದು ಸಂಯೋಜಿತ ರೂಪಾಂತರ ಪತ್ತೆ ಪೈಪ್ಲೈನ್ ಆಗಿದ್ದು ಅದು ಡೇಟಾ ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ, ಅನುಕ್ರಮ ಜೋಡಣೆ, ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮತ್ತು ಜೀನ್ ರೂಪಾಂತರ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ನಿರ್ವಹಿಸುತ್ತದೆ. ಪೈಪ್ಲೈನ್ SNP ಮತ್ತು InDel ಪತ್ತೆಗಾಗಿ GATK ಅತ್ಯುತ್ತಮ ಅಭ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಅನುಸರಿಸುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ರಚನಾತ್ಮಕ ರೂಪಾಂತರ ಕರೆಗಾಗಿ Manta ಅನ್ನು ಬಳಸುತ್ತದೆ.
ಜೀನೋಮ್ ವೈಡ್ ಅಸೋಸಿಯೇಷನ್ ಸ್ಟಡಿ (GWAS)
GWAS ಪೈಪ್ಲೈನ್ ಒಂದು ಡೌನ್ಸ್ಟ್ರೀಮ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯಾಗಿದ್ದು, ಇದು ಹಿಂದೆ ರಚಿಸಲಾದ VCF ಫೈಲ್ಗಳು ಮತ್ತು ವ್ಯಕ್ತಿಗಳ ಸಮೂಹಕ್ಕೆ ಅನುಗುಣವಾದ ಫಿನೋಟೈಪ್ ಡೇಟಾವನ್ನು ಇನ್ಪುಟ್ ಆಗಿ ತೆಗೆದುಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ. ನಿರ್ದಿಷ್ಟ ಸಂಖ್ಯಾಶಾಸ್ತ್ರೀಯ ವಿಧಾನಗಳನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಂಡು, GWAS ಫಿನೋಟೈಪಿಕ್ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳೊಂದಿಗೆ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿರುವ ಜೀನೋಮ್-ವೈಡ್ ನ್ಯೂಕ್ಲಿಯೊಟೈಡ್ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸುವ ಗುರಿಯನ್ನು ಹೊಂದಿದೆ. ಸಂಕೀರ್ಣ ಮಾನವ ಕಾಯಿಲೆಗಳು ಮತ್ತು ಸಸ್ಯಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರಾಣಿಗಳಲ್ಲಿನ ಸಂಕೀರ್ಣ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಜೀನ್ಗಳನ್ನು ಅನ್ವೇಷಿಸುವಲ್ಲಿ ಇದು ನಿರ್ಣಾಯಕ ಪಾತ್ರವನ್ನು ವಹಿಸುತ್ತದೆ.
ಬೃಹತ್ ವಿಂಗಡಣೆ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ (BSA)
BSA ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯು ಪ್ರತ್ಯೇಕಿಸುವ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯಿಂದ ತೀವ್ರವಾದ ಫಿನೋಟೈಪಿಕ್ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಹೊಂದಿರುವ ವ್ಯಕ್ತಿಗಳನ್ನು ಒಟ್ಟುಗೂಡಿಸುವುದನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿರುತ್ತದೆ. ಸಂಗ್ರಹಿಸಲಾದ ಮಾದರಿಗಳ ನಡುವಿನ ವಿಭಿನ್ನ ಸ್ಥಳಗಳನ್ನು ಹೋಲಿಸುವ ಮೂಲಕ, ಈ ವಿಧಾನವು ಗುರಿ ಜೀನ್ಗಳೊಂದಿಗೆ ಸಂಬಂಧಿಸಿದ ನಿಕಟ ಸಂಬಂಧ ಹೊಂದಿರುವ ಆಣ್ವಿಕ ಗುರುತುಗಳನ್ನು ತ್ವರಿತವಾಗಿ ಗುರುತಿಸುತ್ತದೆ. ಸಸ್ಯಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರಾಣಿಗಳ ಜೆನೆಟಿಕ್ ಮ್ಯಾಪಿಂಗ್ನಲ್ಲಿ ವ್ಯಾಪಕವಾಗಿ ಬಳಸಲಾಗುವ ಇದು ಮಾರ್ಕರ್-ನೆರವಿನ ಸಂತಾನೋತ್ಪತ್ತಿಗೆ ಒಂದು ಅಮೂಲ್ಯ ಸಾಧನವಾಗಿದೆ.
ವಿಕಸನೀಯ ತಳಿಶಾಸ್ತ್ರ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಎವಲ್ಯೂಷನರಿ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ ವರ್ಕ್ಫ್ಲೋ, ಜೆನೆಟಿಕ್ ವಿಕಸನ ಯೋಜನೆಗಳಲ್ಲಿ BMKGENE ನ ವ್ಯಾಪಕ ಅನುಭವವನ್ನು ಬಳಸಿಕೊಳ್ಳುತ್ತದೆ ಮತ್ತು ಫೈಲೋಜೆನೆಟಿಕ್ ಟ್ರೀ ನಿರ್ಮಾಣ, ಲಿಂಕ್ ಅಸಿಕ್ವಿಲಿಬ್ರಿಯಮ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಜೆನೆಟಿಕ್ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಮೌಲ್ಯಮಾಪನ, ಆಯ್ದ ಸ್ವೀಪ್ ಗುರುತಿಸುವಿಕೆ, ರಕ್ತಸಂಬಂಧ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ, ಪ್ರಧಾನ ಘಟಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ ಮತ್ತು ಜನಸಂಖ್ಯಾ ರಚನೆಯ ಗುಣಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ.
