ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ (NGS)
ಸೇವೆಯ ಅನುಕೂಲಗಳು
Øಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ ಸಮುದಾಯದ ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್‌ಗಾಗಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕತೆ ಮತ್ತು ಕೃಷಿ-ಮುಕ್ತ
Øಪರಿಸರ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಕಡಿಮೆ ಹೇರಳವಾಗಿರುವ ಜಾತಿಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆಹಚ್ಚುವಲ್ಲಿ ಹೆಚ್ಚಿನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್
Ø"ಮೆಟಾ-" ಕಲ್ಪನೆಯು ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಮಟ್ಟ, ಜಾತಿಯ ಮಟ್ಟ ಮತ್ತು ಜೀನ್ ಮಟ್ಟದಲ್ಲಿ ಎಲ್ಲಾ ಜೈವಿಕ ಲಕ್ಷಣಗಳನ್ನು ಸಂಯೋಜಿಸುತ್ತದೆ, ಇದು ವಾಸ್ತವಕ್ಕೆ ಹತ್ತಿರವಿರುವ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ದೃಷ್ಟಿಕೋನವನ್ನು ಪ್ರತಿಬಿಂಬಿಸುತ್ತದೆ.
ØBMK 10,000 ಕ್ಕೂ ಹೆಚ್ಚು ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಸಂಸ್ಕರಿಸಿದ ವಿವಿಧ ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರಗಳಲ್ಲಿ ಬೃಹತ್ ಅನುಭವವನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸುತ್ತದೆ.
ಸೇವೆಯ ವಿಶೇಷಣಗಳು
| ಅನುಕ್ರಮವೇದಿಕೆ | ಗ್ರಂಥಾಲಯ | ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ ಡೇಟಾ ಇಳುವರಿ | ಅಂದಾಜು ತಿರುಗುವ ಸಮಯ |
| ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್ 6000 | PE250 | 50K/100K/300K ಟ್ಯಾಗ್‌ಗಳು | 30 ದಿನಗಳು |
ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಗಳು
üಕಚ್ಚಾ ಡೇಟಾ ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ
üಮೆಟಾಜೆನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ
üಅನಗತ್ಯ ಜೀನ್ ಸೆಟ್ ಮತ್ತು ಟಿಪ್ಪಣಿ
üಜಾತಿಗಳ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
üಜೆನೆಟಿಕ್ ಫಂಕ್ಷನ್ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
üಅಂತರ ಗುಂಪು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
üಪ್ರಾಯೋಗಿಕ ಅಂಶಗಳ ವಿರುದ್ಧ ಅಸೋಸಿಯೇಷನ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು ಮತ್ತು ವಿತರಣೆ
ಮಾದರಿ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು:
ಫಾರ್ಡಿಎನ್ಎ ಸಾರಗಳು:
| ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರ | ಮೊತ್ತ | ಏಕಾಗ್ರತೆ | ಶುದ್ಧತೆ |
| ಡಿಎನ್ಎ ಸಾರಗಳು | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ಪರಿಸರ ಮಾದರಿಗಳಿಗಾಗಿ:
| ಮಾದರಿ ಪ್ರಕಾರ | ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ ಮಾದರಿ ವಿಧಾನ |
| ಮಣ್ಣು | ಮಾದರಿ ಪ್ರಮಾಣ: ಅಂದಾಜು.5 ಗ್ರಾಂ;ಉಳಿದ ಕಳೆಗುಂದಿದ ವಸ್ತುವನ್ನು ಮೇಲ್ಮೈಯಿಂದ ತೆಗೆದುಹಾಕಬೇಕಾಗಿದೆ;ದೊಡ್ಡ ತುಂಡುಗಳನ್ನು ಪುಡಿಮಾಡಿ ಮತ್ತು 2 ಮಿಮೀ ಫಿಲ್ಟರ್ ಮೂಲಕ ಹಾದುಹೋಗಿರಿ;ಕಾಯ್ದಿರಿಸುವಿಕೆಗಾಗಿ ಸ್ಟೆರೈಲ್ ಇಪಿ-ಟ್ಯೂಬ್ ಅಥವಾ ಸೈರೋಟ್ಯೂಬ್‌ನಲ್ಲಿ ಅಲಿಕ್ವಾಟ್ ಮಾದರಿಗಳು. |
| ಮಲ | ಮಾದರಿ ಪ್ರಮಾಣ: ಅಂದಾಜು.5 ಗ್ರಾಂ;ಕಾಯ್ದಿರಿಸುವಿಕೆಗಾಗಿ ಸ್ಟೆರೈಲ್ ಇಪಿ-ಟ್ಯೂಬ್ ಅಥವಾ ಕ್ರೈಟ್ಯೂಬ್‌ನಲ್ಲಿ ಆಲ್ಕೋಟ್ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಿ ಮತ್ತು ಸಂಗ್ರಹಿಸಿ. |
| ಕರುಳಿನ ವಿಷಯಗಳು | ಅಸೆಪ್ಟಿಕ್ ಸ್ಥಿತಿಯಲ್ಲಿ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಸಂಸ್ಕರಿಸಬೇಕಾಗಿದೆ.ಸಂಗ್ರಹಿಸಿದ ಅಂಗಾಂಶವನ್ನು PBS ನೊಂದಿಗೆ ತೊಳೆಯಿರಿ;PBS ಅನ್ನು ಕೇಂದ್ರಾಪಗಾಮಿ ಮಾಡಿ ಮತ್ತು EP-ಟ್ಯೂಬ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಅವಕ್ಷೇಪಕವನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಿ. |
| ಕೆಸರು | ಮಾದರಿ ಪ್ರಮಾಣ: ಅಂದಾಜು.5 ಗ್ರಾಂ;ಕಾಯ್ದಿರಿಸುವಿಕೆಗಾಗಿ ಸ್ಟೆರೈಲ್ ಇಪಿ-ಟ್ಯೂಬ್ ಅಥವಾ ಕ್ರೈಟ್ಯೂಬ್‌ನಲ್ಲಿ ಆಲ್ಕೋಟ್ ಕೆಸರು ಮಾದರಿಯನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಿ ಮತ್ತು ಸಂಗ್ರಹಿಸಿ |
| ಜಲಮೂಲ | ಟ್ಯಾಪ್ ನೀರು, ಬಾವಿ ನೀರು, ಇತ್ಯಾದಿಗಳಂತಹ ಸೀಮಿತ ಪ್ರಮಾಣದ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳ ಮಾದರಿಗಾಗಿ, ಕನಿಷ್ಠ 1 ಲೀ ನೀರನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಿ ಮತ್ತು ಪೊರೆಯ ಮೇಲೆ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯನ್ನು ಸಮೃದ್ಧಗೊಳಿಸಲು 0.22 μm ಫಿಲ್ಟರ್ ಮೂಲಕ ಹಾದುಹೋಗಿರಿ.ಸ್ಟೆರೈಲ್ ಟ್ಯೂಬ್‌ನಲ್ಲಿ ಪೊರೆಯನ್ನು ಸಂಗ್ರಹಿಸಿ. |
| ಚರ್ಮ | ಕ್ರಿಮಿನಾಶಕ ಹತ್ತಿ ಸ್ವ್ಯಾಬ್ ಅಥವಾ ಸರ್ಜಿಕಲ್ ಬ್ಲೇಡ್‌ನಿಂದ ಚರ್ಮದ ಮೇಲ್ಮೈಯನ್ನು ಎಚ್ಚರಿಕೆಯಿಂದ ಕೆರೆದು ಅದನ್ನು ಸ್ಟೆರೈಲ್ ಟ್ಯೂಬ್‌ನಲ್ಲಿ ಇರಿಸಿ. |
ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾದ ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
3-4 ಗಂಟೆಗಳ ಕಾಲ ದ್ರವ ಸಾರಜನಕದಲ್ಲಿ ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಫ್ರೀಜ್ ಮಾಡಿ ಮತ್ತು ದ್ರವ ಸಾರಜನಕ ಅಥವಾ -80 ಡಿಗ್ರಿಯಲ್ಲಿ ದೀರ್ಘಕಾಲ ಕಾಯ್ದಿರಿಸುವಿಕೆಗೆ ಸಂಗ್ರಹಿಸಿ.ಡ್ರೈ-ಐಸ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಮಾದರಿ ಶಿಪ್ಪಿಂಗ್ ಅಗತ್ಯವಿದೆ.
ಸೇವಾ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ
ಅನುಕ್ರಮ
ಮಾಹಿತಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು
1. ಹಿಸ್ಟೋಗ್ರಾಮ್: ಜಾತಿಗಳ ವಿತರಣೆ
2.ಕೆಇಜಿಜಿ ಮೆಟಬಾಲಿಕ್ ಪಾಥ್‌ವೇಸ್‌ಗೆ ಟಿಪ್ಪಣಿ ಮಾಡಲಾದ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಜೀನ್‌ಗಳು
3.ಹೀಟ್ ಮ್ಯಾಪ್: ಸಾಪೇಕ್ಷ ಜೀನ್ ಸಮೃದ್ಧಿಯ ಆಧಾರದ ಮೇಲೆ ವಿಭಿನ್ನ ಕಾರ್ಯಗಳು
4. CARD ಪ್ರತಿಜೀವಕ ನಿರೋಧಕ ಜೀನ್‌ಗಳ ಸರ್ಕೋಸ್
ಬಿಎಂಕೆ ಪ್ರಕರಣ
ಮಣ್ಣಿನ ಮ್ಯಾಂಗ್ರೋವ್ ಬೇರಿನ ನಿರಂತರತೆಯ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಪ್ರತಿಜೀವಕ ನಿರೋಧಕ ಜೀನ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ರೋಗಕಾರಕಗಳ ಹರಡುವಿಕೆ
ಪ್ರಕಟಿಸಲಾಗಿದೆ:ಜರ್ನಲ್ ಆಫ್ ಅಪಾಯಕಾರಿ ವಸ್ತುಗಳ, 2021
ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ:
ಮೆಟೀರಿಯಲ್ಸ್: ಮ್ಯಾಂಗ್ರೋವ್ ಬೇರಿನ ಸಂಬಂಧಿತ ಮಾದರಿಗಳ ನಾಲ್ಕು ತುಣುಕುಗಳ ಡಿಎನ್ಎ ಸಾರಗಳು: ನೆಡದ ಮಣ್ಣು, ರೈಜೋಸ್ಫಿಯರ್, ಎಪಿಸ್ಫಿಯರ್ ಮತ್ತು ಎಂಡೋಸ್ಫಿಯರ್ ವಿಭಾಗಗಳು
ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್: ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ಹೈಸೆಕ್ 2500
ಗುರಿಗಳು: ಮೆಟಾಜೆನೋಮ್
16S rRNA ಜೀನ್ V3-V4 ಪ್ರದೇಶ
ಪ್ರಮುಖ ಫಲಿತಾಂಶಗಳು
ಮ್ಯಾಂಗ್ರೋವ್ ಸಸಿಗಳ ಮಣ್ಣಿನ ಮೂಲ ನಿರಂತರತೆಯ ಮೇಲೆ ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಮತ್ತು ಮೆಟಾಬಾರ್ಕೋಡಿಂಗ್ ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್ ಅನ್ನು ಮಣ್ಣಿನಿಂದ ಸಸ್ಯಗಳಿಗೆ ಪ್ರತಿಜೀವಕ ನಿರೋಧಕ ವಂಶವಾಹಿಗಳ (ARGs) ಪ್ರಸರಣವನ್ನು ಅಧ್ಯಯನ ಮಾಡಲು ಸಂಸ್ಕರಿಸಲಾಯಿತು.ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ದತ್ತಾಂಶವು 91.4% ಪ್ರತಿಜೀವಕ ನಿರೋಧಕ ಜೀನ್‌ಗಳನ್ನು ಸಾಮಾನ್ಯವಾಗಿ ಮೇಲೆ ತಿಳಿಸಲಾದ ಎಲ್ಲಾ ನಾಲ್ಕು ಮಣ್ಣಿನ ವಿಭಾಗಗಳಲ್ಲಿ ಗುರುತಿಸಲಾಗಿದೆ ಎಂದು ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿತು, ಇದು ನಿರಂತರ ಶೈಲಿಯನ್ನು ತೋರಿಸುತ್ತದೆ.16S rRNA ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ ಅನುಕ್ರಮವು 346 ಜಾತಿಗಳನ್ನು ಪ್ರತಿನಿಧಿಸುವ 29,285 ಅನುಕ್ರಮಗಳನ್ನು ಸೃಷ್ಟಿಸಿದೆ.ಆಂಪ್ಲಿಕಾನ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ ಮೂಲಕ ಜಾತಿಯ ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್‌ನೊಂದಿಗೆ ಸಂಯೋಜಿಸಿ, ಈ ಪ್ರಸರಣವು ರೂಟ್-ಸಂಬಂಧಿತ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಟಾದಿಂದ ಸ್ವತಂತ್ರವಾಗಿದೆ ಎಂದು ಕಂಡುಬಂದಿದೆ, ಆದಾಗ್ಯೂ, ಜೆನೆಟಿಕ್ ಅಂಶಗಳ ಮೊಬೈಲ್‌ನಿಂದ ಇದನ್ನು ಸುಗಮಗೊಳಿಸಬಹುದು.ಈ ಅಧ್ಯಯನವು ಅಂತರ್ಸಂಪರ್ಕಿತ ಮಣ್ಣು-ಮೂಲ ನಿರಂತರತೆಯ ಮೂಲಕ ಮಣ್ಣಿನಿಂದ ಸಸ್ಯಗಳಿಗೆ ARG ಗಳು ಮತ್ತು ರೋಗಕಾರಕಗಳ ಹರಿವನ್ನು ಗುರುತಿಸಿದೆ.
ಉಲ್ಲೇಖ
ವಾಂಗ್, ಸಿ., ಹು, ಆರ್., ಸ್ಟ್ರಾಂಗ್, ಪಿಜೆ, ಜುವಾಂಗ್, ಡಬ್ಲ್ಯೂ., & ಶು, ಎಲ್.(2020)ಮಣ್ಣಿನ-ಮ್ಯಾಂಗ್ರೋವ್ ಬೇರಿನ ನಿರಂತರತೆಯ ಉದ್ದಕ್ಕೂ ಪ್ರತಿಜೀವಕ ನಿರೋಧಕ ಜೀನ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಬ್ಯಾಕ್ಟೀರಿಯಾದ ರೋಗಕಾರಕಗಳ ಹರಡುವಿಕೆ.ಜರ್ನಲ್ ಆಫ್ ಅಪಾಯಕಾರಿ ವಸ್ತುಗಳ, 408, 124985.
