ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಸೀಕ್ವೆನ್ಸಿಂಗ್ -NGS
ಮೆಟಾಜೆನೋಮ್ ಎನ್ನುವುದು ಪರಿಸರ ಮತ್ತು ಮಾನವ ಮೆಟಾಜಿನೋಮ್‌ಗಳಂತಹ ಜೀವಿಗಳ ಮಿಶ್ರ ಸಮುದಾಯದ ಒಟ್ಟು ಆನುವಂಶಿಕ ವಸ್ತುಗಳ ಸಂಗ್ರಹವಾಗಿದೆ. ಇದು ಕೃಷಿಯೋಗ್ಯ ಮತ್ತು ಕೃಷಿ ಮಾಡಲಾಗದ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳ ಜೀನೋಮ್‌ಗಳನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ. NGS ಜೊತೆಗಿನ ಶಾಟ್‌ಗನ್ ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಅನುಕ್ರಮವು ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿಕ್ ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್‌ಗಿಂತ ಹೆಚ್ಚಿನದನ್ನು ಒದಗಿಸುವ ಮೂಲಕ ಪರಿಸರ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಹುದುಗಿರುವ ಈ ಸಂಕೀರ್ಣವಾದ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಭೂದೃಶ್ಯಗಳ ಅಧ್ಯಯನವನ್ನು ಶಕ್ತಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ, ಜಾತಿಗಳ ವೈವಿಧ್ಯತೆ, ಸಮೃದ್ಧ ಡೈನಾಮಿಕ್ಸ್ ಮತ್ತು ಸಂಕೀರ್ಣ ಜನಸಂಖ್ಯೆಯ ರಚನೆಗಳ ಬಗ್ಗೆ ಹರಳಿನ ಒಳನೋಟಗಳನ್ನು ನೀಡುತ್ತದೆ. ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿಕ್ ಅಧ್ಯಯನಗಳ ಹೊರತಾಗಿ, ಶಾಟ್‌ಗನ್ ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ಸ್ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಜೀನೋಮಿಕ್ಸ್ ದೃಷ್ಟಿಕೋನವನ್ನು ಸಹ ನೀಡುತ್ತದೆ, ಎನ್‌ಕೋಡ್ ಮಾಡಿದ ಜೀನ್‌ಗಳ ಪರಿಶೋಧನೆ ಮತ್ತು ಪರಿಸರ ಪ್ರಕ್ರಿಯೆಗಳಲ್ಲಿ ಅವುಗಳ ಪ್ರಭಾವಶಾಲಿ ಪಾತ್ರಗಳನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ. ಅಂತಿಮವಾಗಿ, ಆನುವಂಶಿಕ ಅಂಶಗಳು ಮತ್ತು ಪರಿಸರ ಅಂಶಗಳ ನಡುವಿನ ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ಜಾಲಗಳ ಸ್ಥಾಪನೆಯು ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಮುದಾಯಗಳು ಮತ್ತು ಅವುಗಳ ಪರಿಸರ ಹಿನ್ನೆಲೆಯ ನಡುವಿನ ಸಂಕೀರ್ಣವಾದ ಪರಸ್ಪರ ಕ್ರಿಯೆಯ ಸಮಗ್ರ ತಿಳುವಳಿಕೆಗೆ ಕೊಡುಗೆ ನೀಡುತ್ತದೆ. ಕೊನೆಯಲ್ಲಿ, ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಅನುಕ್ರಮವು ವೈವಿಧ್ಯಮಯ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳ ಸಮುದಾಯಗಳ ಜೀನೋಮಿಕ್ ಜಟಿಲತೆಗಳನ್ನು ಬಿಚ್ಚಿಡಲು ಪ್ರಮುಖ ಸಾಧನವಾಗಿ ನಿಂತಿದೆ, ಈ ಸಂಕೀರ್ಣ ಪರಿಸರ ವ್ಯವಸ್ಥೆಗಳಲ್ಲಿ ಜೆನೆಟಿಕ್ಸ್ ಮತ್ತು ಪರಿಸರ ವಿಜ್ಞಾನದ ನಡುವಿನ ಬಹುಮುಖಿ ಸಂಬಂಧಗಳನ್ನು ಬೆಳಗಿಸುತ್ತದೆ.
ಪ್ಲಾಟ್‌ಫಾರ್ಮ್‌ಗಳು: ಇಲ್ಯುಮಿನಾ ನೋವಾಸೆಕ್ ಮತ್ತು ಡಿಎನ್‌ಬಿಎಸ್‌ಇಕ್ಯೂ-ಟಿ7
ಸೇವೆಯ ಅನುಕೂಲಗಳು
●ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಮುದಾಯ ಪ್ರೊಫೈಲಿಂಗ್‌ಗಾಗಿ ಪ್ರತ್ಯೇಕತೆ ಮತ್ತು ಕೃಷಿ-ಮುಕ್ತ ವಿಧಾನ: ಕೃಷಿ ಮಾಡಲಾಗದ ಜೀವಿಗಳಿಂದ ಅನುವಂಶಿಕ ವಸ್ತುಗಳ ಅನುಕ್ರಮವನ್ನು ಸಕ್ರಿಯಗೊಳಿಸುವುದು.
●ಹೆಚ್ಚಿನ ರೆಸಲ್ಯೂಶನ್: ಪರಿಸರ ಮಾದರಿಗಳಲ್ಲಿ ಕಡಿಮೆ ಹೇರಳವಾಗಿರುವ ಜಾತಿಗಳನ್ನು ಪತ್ತೆ ಮಾಡಿ.
●ಸಮಗ್ರ ಬಯೋಇನ್ಫರ್ಮ್ಯಾಟಿಕ್ಸ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ:ವರ್ಗೀಕರಣದ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಮೇಲೆ ಮಾತ್ರವಲ್ಲದೆ ಸಮುದಾಯದ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಮೇಲೆ ಕೇಂದ್ರೀಕರಿಸಿದೆ.
●ವ್ಯಾಪಕ ಅನುಭವ:ವಿವಿಧ ಸಂಶೋಧನಾ ಡೊಮೇನ್‌ಗಳಲ್ಲಿ ಬಹು ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ಸ್ ಪ್ರಾಜೆಕ್ಟ್‌ಗಳನ್ನು ಯಶಸ್ವಿಯಾಗಿ ಮುಚ್ಚುವ ಮತ್ತು 200,000 ಮಾದರಿಗಳನ್ನು ಸಂಸ್ಕರಿಸುವ ದಾಖಲೆಯೊಂದಿಗೆ, ನಮ್ಮ ತಂಡವು ಪ್ರತಿ ಯೋಜನೆಗೆ ಅನುಭವದ ಸಂಪತ್ತನ್ನು ತರುತ್ತದೆ.
ಸೇವೆಯ ವಿಶೇಷಣಗಳು
| ಅನುಕ್ರಮ ವೇದಿಕೆ | ಅನುಕ್ರಮ ತಂತ್ರ | ಡೇಟಾವನ್ನು ಶಿಫಾರಸು ಮಾಡಲಾಗಿದೆ | ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ |
| Illumina NovaSeq ಅಥವಾ DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 ಜಿಬಿ | Q30≥85% |
ಸೇವೆಯ ಅವಶ್ಯಕತೆಗಳು
| ಏಕಾಗ್ರತೆ (ng/µL) | ಒಟ್ಟು ಮೊತ್ತ (ng) | ಪರಿಮಾಣ (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● ಮಣ್ಣು/ಕೆಸರು: 2-3ಗ್ರಾಂ
● ಕರುಳಿನ ವಿಷಯ-ಪ್ರಾಣಿ: 0.5-2g
● ಕರುಳಿನ ವಿಷಯಗಳು-ಕೀಟ: 0.1-0.25g
● ಸಸ್ಯ ಮೇಲ್ಮೈ (ಪುಷ್ಟೀಕರಿಸಿದ ಕೆಸರು): 0.5-1g
● ಹುದುಗುವಿಕೆ ಸಾರು ಪುಷ್ಟೀಕರಿಸಿದ ಕೆಸರು): 0.2-0.5g
● ಮಲ (ದೊಡ್ಡ ಪ್ರಾಣಿಗಳು): 0.5-2 ಗ್ರಾಂ
● ಮಲ (ಮೌಸ್): 3-5 ಧಾನ್ಯಗಳು
● ಪಲ್ಮನರಿ ಅಲ್ವಿಯೋಲಾರ್ ಲ್ಯಾವೆಜ್ ದ್ರವ: ಫಿಲ್ಟರ್ ಪೇಪರ್
● ಯೋನಿ ಸ್ವ್ಯಾಬ್: 5-6 ಸ್ವ್ಯಾಬ್‌ಗಳು
● ಚರ್ಮ/ಜನನಾಂಗದ ಸ್ವ್ಯಾಬ್/ಲಾಲಾರಸ/ಮೌಖಿಕ ಮೃದು ಅಂಗಾಂಶ/ಫಾರ್ಂಜಿಯಲ್ ಸ್ವ್ಯಾಬ್/ಗುದನಾಳದ ಸ್ವ್ಯಾಬ್: 2-3 ಸ್ವ್ಯಾಬ್‌ಗಳು
● ಮೇಲ್ಮೈ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿ: 5-6 ಸ್ವ್ಯಾಬ್ಸ್
● ವಾಟರ್‌ಬಾಡಿ/ಏರ್/ಬಯೋಫಿಲ್ಮ್: ಫಿಲ್ಟರ್ ಪೇಪರ್
● ಎಂಡೋಫೈಟ್ಸ್: 2-3 ಗ್ರಾಂ
● ಡೆಂಟಲ್ ಪ್ಲೇಕ್: 0.5-1g
ಸೇವಾ ಕೆಲಸದ ಹರಿವು
ಮಾದರಿ ವಿತರಣೆ
ಗ್ರಂಥಾಲಯ ನಿರ್ಮಾಣ
ಅನುಕ್ರಮ
ಡೇಟಾ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಮಾರಾಟದ ನಂತರದ ಸೇವೆಗಳು
ಕೆಳಗಿನ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆಯನ್ನು ಒಳಗೊಂಡಿದೆ:
● ಅನುಕ್ರಮ ಡೇಟಾ ಗುಣಮಟ್ಟ ನಿಯಂತ್ರಣ
● ಮೆಟಾಜೆನೋಮ್ ಅಸೆಂಬ್ಲಿ ಮತ್ತು ಜೀನ್ ಭವಿಷ್ಯ
● ಜೀನ್ ಟಿಪ್ಪಣಿ
● ವರ್ಗೀಕರಣದ ಆಲ್ಫಾ ಡೈವರ್ಸಿಟಿ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
● ಸಮುದಾಯದ ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: ಜೈವಿಕ ಕ್ರಿಯೆ, ಚಯಾಪಚಯ, ಪ್ರತಿಜೀವಕ ಪ್ರತಿರೋಧ
● ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ಮತ್ತು ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿಕ್ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ಮೇಲೆ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ:
ಬೀಟಾ ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಅಂತರ ಗುಂಪು ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ
ಪರಸ್ಪರ ಸಂಬಂಧ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: ಪರಿಸರ ಅಂಶಗಳು ಮತ್ತು ಔಟ್ ಸಂಯೋಜನೆ ಮತ್ತು ವೈವಿಧ್ಯತೆಯ ನಡುವೆ
ಕ್ರಿಯಾತ್ಮಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: CARD ಪ್ರತಿಜೀವಕ ಪ್ರತಿರೋಧ
KEGG ಚಯಾಪಚಯ ಮಾರ್ಗಗಳ ಭೇದಾತ್ಮಕ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ: ಗಮನಾರ್ಹ ಮಾರ್ಗಗಳ ಹೀಟ್‌ಮ್ಯಾಪ್
ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿಕ್ ವಿತರಣೆಯ ಆಲ್ಫಾ ವೈವಿಧ್ಯ: ಎಸಿಇ ಸೂಚ್ಯಂಕ
ಟ್ಯಾಕ್ಸಾನಮಿಕ್ ವಿತರಣೆಯ ಬೀಟಾ ವೈವಿಧ್ಯತೆ: ಪಿಸಿಒಎ
ಇಲ್ಯುಮಿನಾದೊಂದಿಗೆ BMKGene ನ ಮೆಟಾಜೆನೋಮ್ ಅನುಕ್ರಮ ಸೇವೆಗಳಿಂದ ಸುಗಮಗೊಳಿಸಲಾದ ಪ್ರಕಟಣೆಗಳ ಸಂಗ್ರಹಣೆಯ ಮೂಲಕ ಪ್ರಗತಿಗಳನ್ನು ಅನ್ವೇಷಿಸಿ.
ಹೈ, Q. ಮತ್ತು ಇತರರು. (2023) 'ವಿವಿಧ ಸಂಸ್ಕೃತಿಯ ನೀರಿನ ತಾಪಮಾನದಲ್ಲಿ ಸಾಂಕ್ರಾಮಿಕ ಹೆಮಟೊಪಯಟಿಕ್ ನೆಕ್ರೋಸಿಸ್ ವೈರಸ್ ಸೋಂಕಿಗೆ ಒಳಗಾದ ಮಳೆಬಿಲ್ಲು ಟ್ರೌಟ್ (ಆಂಕೊರಿಂಚಸ್ ಮೈಕಿಸ್) ಕರುಳಿನ ವಿಷಯಗಳಲ್ಲಿನ ಬದಲಾವಣೆಗಳ ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಮತ್ತು ಮೆಟಾಬೊಲೊಮಿಕ್ ವಿಶ್ಲೇಷಣೆ',ಸೂಕ್ಷ್ಮ ಜೀವವಿಜ್ಞಾನದಲ್ಲಿ ಗಡಿಗಳು, 14, ಪು. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
ಮಾವೋ, ಸಿ. ಮತ್ತು ಇತರರು. (2023) 'ವಿವಿಧ ಟ್ರೋಫಿಕ್ ರಾಜ್ಯಗಳ ನಗರ ಸರೋವರಗಳಲ್ಲಿ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಯ ಸಮುದಾಯಗಳು, ಪ್ರತಿರೋಧ ಜೀನ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಪ್ರತಿರೋಧಕ ಅಪಾಯಗಳು: ಆಂತರಿಕ ಲಿಂಕ್‌ಗಳು ಮತ್ತು ಬಾಹ್ಯ ಪ್ರಭಾವಗಳು',ಜರ್ನಲ್ ಆಫ್ ಅಪಾಯಕಾರಿ ಮೆಟೀರಿಯಲ್ಸ್ ಅಡ್ವಾನ್ಸ್, 9, ಪು. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
ಸು, ಎಂ. ಮತ್ತು ಇತರರು. (2022) 'ಕುರಿ ರುಮೆನ್‌ನ ದ್ರವ-ಸಂಬಂಧಿತ ಮತ್ತು ಘನ-ಸಂಬಂಧಿತ ಸೂಕ್ಷ್ಮಜೀವಿಗಳ ನಡುವಿನ ಸಂಯೋಜನೆ ಮತ್ತು ಕಾರ್ಯದಲ್ಲಿನ ವ್ಯತ್ಯಾಸಗಳನ್ನು ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಅನಾಲಿಸಿಸ್ ಬಹಿರಂಗಪಡಿಸಿದೆ',ಸೂಕ್ಷ್ಮ ಜೀವವಿಜ್ಞಾನದಲ್ಲಿ ಗಡಿಗಳು, 13, ಪು. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
ಯಿನ್, ಜೆ. ಮತ್ತು ಇತರರು. (2023) 'ಸ್ಥೂಲಕಾಯದ ನಿಂಗ್‌ಕ್ಸಿಯಾಂಗ್ ಹಂದಿ-ಪಡೆದ ಮೈಕ್ರೋಬಯೋಟಾವು ನೇರವಾದ DLY ಹಂದಿಗಳಲ್ಲಿ ಸ್ನಾಯುವಿನ ಕೊಬ್ಬಿನಾಮ್ಲ ಶೇಖರಣೆಯನ್ನು ಉತ್ತೇಜಿಸಲು ಕಾರ್ನಿಟೈನ್ ಚಯಾಪಚಯವನ್ನು ಪುನರುಜ್ಜೀವನಗೊಳಿಸುತ್ತದೆ',ಇನ್ನೋವೇಶನ್, 4(5), ಪು. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
ಝಾವೋ, X. ಮತ್ತು ಇತರರು. (2023) 'ಚೀನಾದ ಹೈಹೆ ನದೀಮುಖದ ಮೇಲಿನ ಮತ್ತು ಕೆಳಗಿನ ಪ್ರದೇಶಗಳಲ್ಲಿ ಪ್ರಾತಿನಿಧಿಕ ಜೈವಿಕ/ನಾನ್-ಡಿಗ್ರೇಡಬಲ್ ಪ್ಲಾಸ್ಟಿಕ್ ಮತ್ತು ಪ್ಲಾಸ್ಟಿಕ್ ಅಲ್ಲದ ಶಿಲಾಖಂಡರಾಶಿಗಳ ಸಂಭಾವ್ಯ ಅಪಾಯಗಳ ಕುರಿತು ಮೆಟಾಜೆನೊಮಿಕ್ ಒಳನೋಟಗಳು',ಒಟ್ಟು ಪರಿಸರದ ವಿಜ್ಞಾನ, 887, ಪು. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
