-
BMKMANU S3000_ทรานสคริปโตมเชิงพื้นที่
ทรานสคริปโตมิกส์เชิงพื้นที่เป็นเทคนิคที่ช่วยให้เราสามารถบันทึกและแสดงภาพการแสดงออกของยีนภายในเนื้อเยื่อ ซึ่งมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการทำความเข้าใจปฏิสัมพันธ์ระหว่างเซลล์
มีแพลตฟอร์มที่หลากหลายสำหรับวิธีการนี้ ในเรื่องนี้ BMKGene ได้พัฒนา BMKManu 3000 Spatial Transcriptome Chip ซึ่งเป็นแพลตฟอร์มที่ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพของเทคนิคนี้ โดยสามารถเข้าถึงความละเอียดระดับเซลล์ย่อยและตั้งค่าความละเอียดได้หลายระดับ
ชิปนี้บรรจุจุดข้อมูล 4.2 ล้านจุด โดยใช้เทคโนโลยีที่จดสิทธิบัตรแล้ว ซึ่งประกอบด้วยไมโครเวลล์ที่เรียงตัวเป็นชั้นๆ และบรรจุลูกปัดที่มีโพรบที่มีบาร์โค้ดเฉพาะที่ ด้วยวิธีนี้ หลังจากจับและขยายสัญญาณแล้ว เราจะได้ไลบรารี cDNA ที่อุดมไปด้วยตัวอย่างที่มีบาร์โค้ด ซึ่งเข้ากันได้กับระบบ Illumina
ในส่วนของข้อมูล การผสมผสานระหว่างบาร์โค้ดเชิงพื้นที่และ UMI ช่วยให้มั่นใจได้ถึงความถูกต้องและเฉพาะเจาะจงของข้อมูลที่สร้างขึ้น เมื่อรวมทุกอย่างข้างต้นแล้ว BMKManu จึงมอบการตั้งค่าข้อมูลที่มีความยืดหยุ่นสูงมาก
-
การจัดลำดับอาร์เอ็นเอแบบนิวเคลียสเดี่ยว
การพัฒนาเทคนิคการจับเซลล์เดี่ยวและการสร้างไลบรารีแบบกำหนดเอง ควบคู่กับการลำดับดีเอ็นเอความเร็วสูง ได้ปฏิวัติการศึกษาการแสดงออกของยีนในระดับเซลล์ ความก้าวหน้านี้ช่วยให้สามารถวิเคราะห์ประชากรเซลล์ที่ซับซ้อนได้อย่างลึกซึ้งและครอบคลุมมากขึ้น เอาชนะข้อจำกัดที่เกี่ยวข้องกับการหาค่าเฉลี่ยการแสดงออกของยีนในทุกเซลล์ และรักษาความหลากหลายที่แท้จริงภายในประชากรเหล่านี้ไว้ได้ แม้ว่าการลำดับ RNA ระดับเซลล์เดี่ยว (scRNA-seq) จะมีข้อดีที่ปฏิเสธไม่ได้ แต่ก็พบกับความท้าทายในเนื้อเยื่อบางชนิดที่การสร้างสารละลายเซลล์เดี่ยวทำได้ยากและต้องใช้ตัวอย่างสด ที่ BMKGene เราแก้ไขอุปสรรคนี้โดยนำเสนอการลำดับ RNA จากนิวเคลียสเดี่ยว (snRNA-seq) โดยใช้เทคโนโลยี 10X Genomics Chromium ที่ทันสมัย วิธีการนี้ขยายขอบเขตของตัวอย่างที่เหมาะสมสำหรับการวิเคราะห์ทรานสคริปโตมในระดับเซลล์เดี่ยว
การแยกนิวเคลียสทำได้โดยใช้ชิป 10X Genomics Chromium ที่ล้ำสมัย ซึ่งมีระบบไมโครฟลูอิดิกส์แปดช่องพร้อมจุดตัดสองจุด ภายในระบบนี้ เม็ดเจลที่ประกอบด้วยบาร์โค้ด ไพรเมอร์ เอนไซม์ และนิวเคลียสเดี่ยวจะถูกห่อหุ้มด้วยหยดน้ำมันขนาดนาโนลิตร ก่อตัวเป็นเจลบีดในอิมัลชัน (Gel Bead-in-Emulsion หรือ GEM) หลังจากการก่อตัวของ GEM เซลล์จะสลายตัวและบาร์โค้ดจะถูกปล่อยออกมาภายใน GEM แต่ละอัน จากนั้นโมเลกุล mRNA จะถูกถอดรหัสย้อนกลับเป็น cDNA ซึ่งประกอบด้วยบาร์โค้ด 10X และตัวระบุโมเลกุลเฉพาะ (Unique Molecular Identifiers หรือ UMI) จากนั้น cDNA เหล่านี้จะถูกนำไปสร้างไลบรารีสำหรับการจัดลำดับตามมาตรฐาน ซึ่งช่วยให้สามารถสำรวจโปรไฟล์การแสดงออกของยีนในระดับเซลล์เดี่ยวได้อย่างครอบคลุมและมีประสิทธิภาพ
แพลตฟอร์ม: 10× Genomics Chromium และแพลตฟอร์ม Illumina NovaSeq
